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for query gene Sfri_1841 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1841  transcriptional regulator, TetR family protein  100 
 
 		 195 aa  406  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3670  TetR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 197 aa  203  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411004  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 202 aa  135  5e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1395  TetR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 202 aa  132  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0418723  normal  0.76235 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  34.92 
 
 		 196 aa  130  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0224  transcriptional regulator, TetR-family  34.9 
 
 		 192 aa  129  4.0000000000000003e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0143  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 202 aa  115  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02226  transcriptional regulator, TetR family protein  33.73 
 
 		 196 aa  100  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.972925  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1396  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 193 aa  89  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 193 aa  85.9  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3643  TetR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 193 aa  86.3  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256948 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1088  transcriptional regulator, TetR family protein  29.52 
 
 		 198 aa  85.9  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3062  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 193 aa  84.7  7e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000497782 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2721  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 193 aa  84.3  9e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.236108  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1326  TetR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 193 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115046 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1292  TetR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 193 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1248  TetR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 193 aa  82  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 194 aa  81.3  0.000000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 193 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 213 aa  80.9  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1228  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 193 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2816  transcriptional regulator, TetR family protein  29.82 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 213 aa  80.9  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 213 aa  79  0.00000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1157  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 193 aa  78.6  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3099  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.806996 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0238  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 191 aa  78.2  0.00000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1158  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 193 aa  78.2  0.00000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 193 aa  77.8  0.00000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3393  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 193 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2408  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  25.27 
 
 		 193 aa  75.9  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1229  regulatory protein, TetR  25.43 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4679  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 193 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.136213 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  29.83 
 
 		 195 aa  72  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3704  transcriptional regulator, TetR family  25.28 
 
 		 190 aa  72  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.21281 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 193 aa  70.5  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6374  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 194 aa  70.1  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 214 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 206 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012912  Dd1591_3137  transcriptional regulator, TetR family  31.44 
 
 		 197 aa  68.2  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  24.18 
 
 		 193 aa  67.8  0.00000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0530  hypothetical protein  29.31 
 
 		 198 aa  67.4  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 193 aa  67.4  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 218 aa  67.4  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26140  putative transcriptional regulator  30.72 
 
 		 196 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287141  normal  0.149256 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 208 aa  67  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5058  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 195 aa  67  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  25.67 
 
 		 192 aa  65.1  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  24.86 
 
 		 193 aa  64.7  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3535  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3676  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508637  decreased coverage  0.00105541 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2227  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 209 aa  63.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1106  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  43.06 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  30.12 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 211 aa  62.8  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 222 aa  62.8  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 195 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 		 211 aa  62.8  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4611  transcriptional regulator, TetR family  27.17 
 
 		 371 aa  62.8  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 193 aa  62.8  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1032  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 208 aa  62.8  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3345  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 191 aa  62.4  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3672  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  24.14 
 
 		 193 aa  62.4  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 		 204 aa  62  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 192 aa  62  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4262  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 226 aa  61.6  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12083  transcriptional regulator, TetR family protein  26.21 
 
 		 187 aa  61.2  0.000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0145  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 202 aa  61.6  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.437687  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0959  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 219 aa  61.2  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783426  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 199 aa  61.6  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
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NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  29.31 
 
 		 219 aa  61.2  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 199 aa  61.2  0.000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_0120  transcriptional regulator, TetR family  30.82 
 
 		 227 aa  61.2  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.555065  normal  1 
 
 
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NC_009621  Smed_5330  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 188 aa  60.8  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.733819 
 
 
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NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
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NC_009664  Krad_0493  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 222 aa  61.2  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0117598 
 
 
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NC_010172  Mext_3418  regulatory protein TetR  51.79 
 
 		 222 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.364633  normal  0.510685 
 
 
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NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
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NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  26.28 
 
 		 191 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
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