More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3672 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3672  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 188 aa  370  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4144  TetR family transcriptional regulator  97.34 
 
 		 188 aa  364  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.188303  normal  0.0621662 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1478  TetR family transcriptional regulator  61.17 
 
 		 188 aa  217  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.182244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5330  TetR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 188 aa  197  9e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.733819 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 194 aa  131  6.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3554  transcriptional regulator, TetR family  40.1 
 
 		 217 aa  128  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 		 198 aa  99.8  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 194 aa  98.2  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  38.27 
 
 		 201 aa  95.5  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 219 aa  92.8  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 218 aa  92.4  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 		 193 aa  92  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  33.86 
 
 		 193 aa  90.9  9e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  36.73 
 
 		 204 aa  90.5  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 199 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 193 aa  90.1  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 192 aa  89  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 224 aa  88.2  6e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 204 aa  87.8  7e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  36.08 
 
 		 200 aa  87.4  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 202 aa  87.4  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2779  transcriptional regulator, TetR family  39.8 
 
 		 200 aa  86.7  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 193 aa  85.5  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  25.91 
 
 		 193 aa  85.5  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 196 aa  85.1  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 196 aa  85.1  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 216 aa  85.1  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 206 aa  85.1  5e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 205 aa  85.1  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 198 aa  84.7  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 212 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  32.83 
 
 		 206 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 207 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 207 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 214 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 207 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 193 aa  84  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8807  putative transcriptional regulator, TetR family  34.54 
 
 		 211 aa  83.2  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 210 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  34.39 
 
 		 195 aa  82.4  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0833  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 182 aa  81.6  0.000000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0851  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 182 aa  81.6  0.000000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.45674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 217 aa  81.6  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 206 aa  81.3  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
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NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 195 aa  81.3  0.000000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 214 aa  80.9  0.000000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
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NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 		 193 aa  80.5  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 199 aa  80.9  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
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NC_007643  Rru_A0145  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 202 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.437687  n/a   
 
 
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NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 195 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 206 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 192 aa  79.7  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 204 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  26.84 
 
 		 190 aa  79.3  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
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NC_009077  Mjls_0851  TetR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 182 aa  79  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.780744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1620  TetR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 205 aa  78.6  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  29.9 
 
 		 203 aa  78.2  0.00000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 201 aa  77.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
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NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  31.96 
 
 		 194 aa  77.8  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05594  transcriptional regulator  31.4 
 
 		 191 aa  77.8  0.00000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_1179  transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 		 198 aa  77.4  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.288888  normal  0.322158 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1032  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0796  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 203 aa  76.6  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.091153  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 196 aa  76.6  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  24.61 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3984  transcriptional regulator, TetR family protein  29.08 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1106  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2789  transcriptional regulator  33.68 
 
 		 206 aa  76.6  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B3093  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 201 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0252517 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000004  transcriptional regulator  30.81 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2765  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 196 aa  75.9  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.829891 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 214 aa  75.5  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2295  TetR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 204 aa  75.1  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3676  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 207 aa  74.7  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508637  decreased coverage  0.00105541 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3140  TetR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 197 aa  75.1  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137738  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 213 aa  75.1  0.0000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2431  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 204 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.547738  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 213 aa  75.1  0.0000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 200 aa  74.7  0.0000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4420  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 201 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3947  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 201 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.354968 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3140  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 221 aa  74.7  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.263348  n/a   
 
 
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NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 192 aa  74.7  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 211 aa  74.3  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
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NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 213 aa  73.9  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_0097  TetR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009667  Oant_2227  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 208 aa  73.9  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 211 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
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NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 		 211 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008255  CHU_0252  TetR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 194 aa  73.2  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.867584  normal  1 
 
 
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NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 211 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
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NC_010511  M446_3753  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.14772  normal  0.02252 
 
 
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