More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5330 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5330  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 188 aa  380  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.733819 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1478  TetR family transcriptional regulator  55.61 
 
 		 188 aa  199  9.999999999999999e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.182244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4144  TetR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 188 aa  198  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.188303  normal  0.0621662 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3672  TetR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 188 aa  197  9e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6904  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3554  transcriptional regulator, TetR family  42.41 
 
 		 217 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 194 aa  117  7e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 193 aa  102  5e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 193 aa  99.4  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 219 aa  98.6  4e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  32.57 
 
 		 193 aa  97.1  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  32.49 
 
 		 193 aa  96.3  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 198 aa  94.4  9e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 196 aa  94  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 196 aa  94  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 193 aa  93.2  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 194 aa  90.5  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  31.77 
 
 		 192 aa  90.5  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  32.78 
 
 		 204 aa  87  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 193 aa  84.7  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 204 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 196 aa  82.4  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1179  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 198 aa  82.4  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.288888  normal  0.322158 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 193 aa  82  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 198 aa  81.6  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  29.95 
 
 		 195 aa  80.5  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 193 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 195 aa  79.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 207 aa  79  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 193 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 201 aa  77  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0252  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 194 aa  77  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.867584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 205 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 193 aa  77  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 195 aa  75.9  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 193 aa  75.1  0.0000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  29.34 
 
 		 190 aa  75.1  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 196 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 224 aa  74.7  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 204 aa  74.7  0.0000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 198 aa  74.3  0.0000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
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NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 194 aa  73.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
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NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  30.05 
 
 		 201 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007908  Rfer_3140  TetR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 197 aa  73.2  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137738  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  24.21 
 
 		 192 aa  72.4  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 211 aa  72.4  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 195 aa  72.8  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  32.56 
 
 		 198 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 199 aa  72.4  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 211 aa  72  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 211 aa  72  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  26.98 
 
 		 211 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1395  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 196 aa  72  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 215 aa  72  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  26.98 
 
 		 211 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 		 193 aa  72  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1418  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 196 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2964  transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 195 aa  71.2  0.000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0240167  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0530  hypothetical protein  27.91 
 
 		 198 aa  70.9  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2779  transcriptional regulator, TetR family  30.89 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192265  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 198 aa  70.9  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3140  TetR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.263348  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 217 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 208 aa  70.9  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05594  transcriptional regulator  28.74 
 
 		 191 aa  69.7  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1379  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 196 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3101  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 212 aa  70.1  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000004  transcriptional regulator  28.88 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 200 aa  68.9  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3137  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1874  putative regulatory protein  30.17 
 
 		 198 aa  68.6  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885441  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  27.88 
 
 		 203 aa  68.2  0.00000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 216 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  26.34 
 
 		 196 aa  68.2  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 202 aa  67.8  0.00000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4420  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 201 aa  67  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  25.3 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  29.85 
 
 		 210 aa  67  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
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NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 214 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  29.48 
 
 		 197 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011071  Smal_2765  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 196 aa  67.4  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.829891 
 
 
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NC_008543  Bcen2424_3947  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 201 aa  67  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.354968 
 
 
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NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  27.85 
 
 		 191 aa  67  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
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NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 191 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 191 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007912  Sde_0293  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 203 aa  67  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000668888 
 
 
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NC_008146  Mmcs_0833  TetR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 182 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011891  A2cp1_3330  transcriptional regulator, TetR family  31.32 
 
 		 219 aa  66.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008705  Mkms_0851  TetR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 182 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.45674  normal  1 
 
 
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NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  28.27 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004347  SO_1578  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 203 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 193 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A5712  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 204 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 206 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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