More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6374 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6374  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 194 aa  399  9.999999999999999e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0252  TetR family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 194 aa  177  5.999999999999999e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.867584  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6698  transcriptional regulator, TetR family  42.78 
 
 		 193 aa  166  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3212  TetR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 193 aa  152  2.9999999999999998e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  29.74 
 
 		 193 aa  93.2  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  28.57 
 
 		 195 aa  92.8  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 196 aa  92  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 196 aa  92  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 196 aa  92  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 205 aa  92  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  29.02 
 
 		 193 aa  91.7  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 193 aa  90.5  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 193 aa  86.3  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 195 aa  85.5  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  27.55 
 
 		 192 aa  85.1  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 193 aa  85.5  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  30.93 
 
 		 203 aa  85.1  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 200 aa  84  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3984  transcriptional regulator, TetR family protein  27.51 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 206 aa  82.4  0.000000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 193 aa  82  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1032  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 208 aa  81.6  0.000000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 198 aa  81.3  0.000000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 215 aa  81.3  0.000000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 200 aa  80.5  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 211 aa  80.5  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  27.6 
 
 		 219 aa  80.9  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 197 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 193 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 194 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  24.23 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 210 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 193 aa  80.5  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 213 aa  79.7  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  24.48 
 
 		 212 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 194 aa  79.7  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 213 aa  79.7  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  24.23 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 213 aa  79.3  0.00000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5712  TetR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 204 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  25.54 
 
 		 209 aa  79  0.00000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 201 aa  78.6  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0481  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 211 aa  78.2  0.00000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 222 aa  78.2  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 202 aa  77.8  0.00000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 216 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0620  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 210 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4262  TetR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  27.53 
 
 		 204 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  27.47 
 
 		 193 aa  77  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 194 aa  76.3  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 199 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0493  transcriptional regulator, TetR family  27.69 
 
 		 222 aa  75.5  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0117598 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 193 aa  75.5  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 193 aa  75.1  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  32.28 
 
 		 156 aa  75.1  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0960  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 219 aa  75.5  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.115896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 193 aa  75.1  0.0000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 204 aa  74.7  0.0000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2727  transcriptional regulator, TetR family  32.62 
 
 		 213 aa  74.7  0.0000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0989177  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  26.8 
 
 		 201 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  23.81 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2295  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0120  transcriptional regulator, TetR family  25.64 
 
 		 227 aa  72.8  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.555065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 218 aa  72.4  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 207 aa  72  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 198 aa  72  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2431  TetR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 204 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.547738  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1620  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 205 aa  71.6  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 198 aa  71.6  0.000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1774  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 207 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2386  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 207 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2694  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 203 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357406 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4144  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.188303  normal  0.0621662 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1841  transcriptional regulator, TetR family protein  30.56 
 
 		 195 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  20.83 
 
 		 193 aa  69.3  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3418  regulatory protein TetR  25.89 
 
 		 222 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.364633  normal  0.510685 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0904  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 211 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824382  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3676  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 207 aa  68.9  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508637  decreased coverage  0.00105541 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2762  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 203 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 214 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000004  transcriptional regulator  28.32 
 
 		 191 aa  68.6  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 210 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  27.46 
 
 		 195 aa  67.8  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
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NC_009952  Dshi_1874  putative regulatory protein  25.41 
 
 		 198 aa  67.4  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885441  normal  0.710734 
 
 
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NC_011071  Smal_2765  transcriptional regulator, TetR family  26 
 
 		 196 aa  67.8  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.829891 
 
 
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NC_008228  Patl_3670  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 197 aa  67.8  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411004  n/a   
 
 
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NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 206 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 206 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
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NC_009667  Oant_2227  TetR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 209 aa  67.4  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008391  Bamb_3672  TetR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 188 aa  67  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6904  normal  1 
 
 
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NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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