More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3410 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 192 aa  399  9.999999999999999e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  46.6 
 
 		 190 aa  189  2e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3573  transcriptional regulator, TetR family  45.7 
 
 		 195 aa  174  6e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0355911  normal  0.084172 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 215 aa  119  3e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 193 aa  117  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 193 aa  114  8.999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  36.69 
 
 		 193 aa  111  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  36.75 
 
 		 192 aa  110  9e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  35.12 
 
 		 193 aa  107  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  36.05 
 
 		 198 aa  107  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 193 aa  104  8e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  32.74 
 
 		 192 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  33.53 
 
 		 219 aa  99  4e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 194 aa  94.7  7e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  32.67 
 
 		 204 aa  92.8  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 193 aa  92.8  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 		 156 aa  92.4  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 194 aa  92  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0224  transcriptional regulator, TetR-family  30.94 
 
 		 192 aa  92  5e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  29.34 
 
 		 197 aa  91.3  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_2692  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 193 aa  90.9  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.504761 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  31.93 
 
 		 195 aa  90.5  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
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NC_012850  Rleg_3554  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 217 aa  90.9  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  89  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  27.08 
 
 		 209 aa  87.8  8e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 200 aa  87.8  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 218 aa  87.4  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1478  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 188 aa  85.9  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.182244  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 193 aa  84.7  7e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0481  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 211 aa  84.7  8e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 196 aa  84.3  9e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 213 aa  84  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 207 aa  84  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 213 aa  84.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 213 aa  84.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  26.18 
 
 		 193 aa  83.2  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 193 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3643  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 193 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256948 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  29.59 
 
 		 196 aa  82.8  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  30.36 
 
 		 193 aa  82  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3704  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 190 aa  82  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.21281 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1089  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 190 aa  82  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 202 aa  82  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4262  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 226 aa  81.6  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011773  BCAH820_3345  transcriptional regulator, TetR family  28.66 
 
 		 191 aa  81.3  0.000000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 200 aa  81.3  0.000000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 193 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 193 aa  80.5  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  30.63 
 
 		 191 aa  80.5  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1578  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 203 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 191 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 193 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 191 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  26.63 
 
 		 203 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2864  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 203 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037684 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 196 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 202 aa  79.7  0.00000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2694  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 203 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357406 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2762  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 203 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5058  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 195 aa  77.4  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2964  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 195 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0240167  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 195 aa  77  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 204 aa  76.6  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2729  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 196 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621665 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1395  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 196 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0419  transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 217 aa  75.9  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00785696  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000004  transcriptional regulator  29.59 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4144  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 188 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.188303  normal  0.0621662 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 210 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3433  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 193 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.389542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05594  transcriptional regulator  28.99 
 
 		 191 aa  75.1  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1395  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 202 aa  75.1  0.0000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0418723  normal  0.76235 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 206 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 212 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 		 194 aa  74.7  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 214 aa  74.7  0.0000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1418  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 196 aa  74.7  0.0000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 222 aa  74.7  0.0000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3672  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 188 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4047  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 205 aa  74.3  0.0000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.866362  normal  0.450827 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 196 aa  73.9  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 196 aa  73.9  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1396  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 		 198 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
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NC_007954  Sden_1229  regulatory protein, TetR  24.23 
 
 		 235 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
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NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  25.6 
 
 		 206 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009665  Shew185_1379  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 196 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 198 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_2355  TetR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 201 aa  72.8  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
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NC_008345  Sfri_3984  transcriptional regulator, TetR family protein  27.38 
 
 		 211 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013132  Cpin_6698  transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 		 193 aa  72.4  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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