More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_3554 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_3554  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 217 aa  435  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1478  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 188 aa  140  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.182244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5330  TetR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 188 aa  137  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.733819 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 194 aa  132  3.9999999999999996e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4144  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 188 aa  129  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.188303  normal  0.0621662 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3672  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 188 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  35.42 
 
 		 193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  36.98 
 
 		 192 aa  108  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 193 aa  107  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 218 aa  105  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  34.55 
 
 		 195 aa  102  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  35.08 
 
 		 219 aa  101  7e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  36.27 
 
 		 193 aa  98.6  7e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 		 198 aa  97.1  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 194 aa  95.9  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 193 aa  95.1  6e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 193 aa  93.6  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  29.02 
 
 		 193 aa  92.8  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 215 aa  92.4  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 192 aa  90.9  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 211 aa  90.1  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 193 aa  89.4  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  34.23 
 
 		 156 aa  87  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 216 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  32.79 
 
 		 204 aa  86.7  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 205 aa  85.1  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 193 aa  84.7  8e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 212 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 196 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0530  hypothetical protein  33.33 
 
 		 198 aa  83.6  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 193 aa  82.4  0.000000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 193 aa  82.8  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 204 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 200 aa  82  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2789  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 206 aa  82.4  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 194 aa  82  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 210 aa  81.6  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.23 
 
 		 210 aa  81.6  0.000000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  29.23 
 
 		 210 aa  81.6  0.000000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 210 aa  81.6  0.000000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 236 aa  81.6  0.000000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 195 aa  81.6  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  29.23 
 
 		 210 aa  81.6  0.000000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  29.23 
 
 		 236 aa  81.6  0.000000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 193 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 236 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5116  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 207 aa  80.9  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2692  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 193 aa  80.5  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.504761 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 210 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 206 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  28.79 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 195 aa  79.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  30.18 
 
 		 190 aa  79  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3573  transcriptional regulator, TetR family  30.38 
 
 		 195 aa  79  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0355911  normal  0.084172 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 213 aa  79  0.00000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 213 aa  79  0.00000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 213 aa  78.6  0.00000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 196 aa  78.2  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 195 aa  77.8  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 204 aa  77.4  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  25.52 
 
 		 193 aa  77.4  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2729  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 196 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621665 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 197 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0143  TetR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 202 aa  77.4  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 224 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1106  transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 		 210 aa  77  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3433  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 193 aa  77  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.389542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0145  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 202 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.437687  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  30.96 
 
 		 203 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1089  TetR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 190 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 217 aa  75.5  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 200 aa  75.5  0.0000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 206 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2779  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 200 aa  75.1  0.0000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3093  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 201 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0252517 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2298  transcriptional regulator, TetR family  34.67 
 
 		 219 aa  74.7  0.0000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 214 aa  74.7  0.0000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8807  putative transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 211 aa  74.7  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3753  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.14772  normal  0.02252 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 199 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 194 aa  73.6  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3137  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 214 aa  73.6  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3140  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  73.2  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.263348  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  28.26 
 
 		 198 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  28.22 
 
 		 211 aa  72.8  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5750  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 193 aa  72.8  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0412881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 211 aa  72.8  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 193 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 211 aa  72.8  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  33.33 
 
 		 201 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0493  TetR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 206 aa  72.4  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>