More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2789 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2789  transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  417  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2762  transcriptional regulator, TetR family  57.22 
 
 		 207 aa  223  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.598965  normal  0.857853 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2508  transcriptional regulator, TetR family  62.57 
 
 		 206 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1032  TetR family transcriptional regulator  50.25 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4420  TetR family transcriptional regulator  48.74 
 
 		 201 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3947  TetR family transcriptional regulator  48.74 
 
 		 201 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.354968 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2210  TetR family transcriptional regulator  53.01 
 
 		 185 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.540344 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3753  TetR family transcriptional regulator  47 
 
 		 207 aa  164  8e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.14772  normal  0.02252 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3581  TetR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 185 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.428867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0145  TetR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 202 aa  148  6e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.437687  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 218 aa  134  7.000000000000001e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 205 aa  125  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 216 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  36.41 
 
 		 212 aa  119  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6453  TetR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 198 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6688  TetR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 198 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6285  TetR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 198 aa  111  9e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.42646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  34.86 
 
 		 209 aa  105  5e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 196 aa  104  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 193 aa  103  3e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 192 aa  102  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 200 aa  101  7e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 222 aa  101  9e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 207 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 195 aa  99  5e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2779  transcriptional regulator, TetR family  33.66 
 
 		 200 aa  99  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3137  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 211 aa  97.4  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 202 aa  96.7  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 		 199 aa  95.1  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 195 aa  94.7  8e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  31.63 
 
 		 197 aa  92.8  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1620  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 205 aa  92.4  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 193 aa  92  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 199 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 193 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 193 aa  90.9  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3984  transcriptional regulator, TetR family protein  32.16 
 
 		 211 aa  90.9  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 206 aa  90.1  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  29.69 
 
 		 193 aa  89.7  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 201 aa  89.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 196 aa  89.4  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 196 aa  89.4  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 213 aa  89.7  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 193 aa  89  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 193 aa  88.6  6e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_3310  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 205 aa  87.4  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0639272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 213 aa  87.4  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 213 aa  87.4  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 194 aa  86.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  34.01 
 
 		 195 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0493  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 		 222 aa  87  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0117598 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 193 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 211 aa  86.3  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  31.77 
 
 		 204 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  31.12 
 
 		 201 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3101  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 212 aa  85.9  4e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 217 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 204 aa  85.9  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 224 aa  85.1  7e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 204 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  30.24 
 
 		 203 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 211 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 		 194 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  27.67 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 194 aa  83.2  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  30.37 
 
 		 195 aa  83.2  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 210 aa  82.8  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.09 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  27.09 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  27.09 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3554  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 217 aa  82.4  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 236 aa  82  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  27.09 
 
 		 236 aa  82  0.000000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  25.49 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 198 aa  81.6  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0110  transcriptional regulator, TetR family  34.46 
 
 		 193 aa  81.6  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  25.49 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
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NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 236 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
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NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 214 aa  81.3  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2227  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 209 aa  80.9  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009620  Smed_3676  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 207 aa  80.9  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508637  decreased coverage  0.00105541 
 
 
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NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  32.64 
 
 		 198 aa  80.9  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
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NC_009952  Dshi_1874  putative regulatory protein  31.47 
 
 		 198 aa  80.5  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885441  normal  0.710734 
 
 
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NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 200 aa  79.7  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 193 aa  79.3  0.00000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013093  Amir_0419  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00785696  n/a   
 
 
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NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 		 193 aa  78.6  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 194 aa  78.6  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
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NC_009456  VC0395_0530  hypothetical protein  29.17 
 
 		 198 aa  78.2  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 206 aa  78.2  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_0120  transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 227 aa  77.8  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.555065  normal  1 
 
 
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NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 156 aa  77.4  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_010678  Rpic_4611  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 371 aa  77.4  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013521  Sked_25370  transcriptional regulator  33.7 
 
 		 204 aa  77  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.422708  normal  0.650807 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 206 aa  77  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
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