More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_33680 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_33680  transcriptional regulator  100 
 
 		 200 aa  392  1e-108  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.737103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2927  regulatory protein, TetR  41.36 
 
 		 208 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.260742  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3069  transcriptional regulator, TetR family  40.89 
 
 		 208 aa  144  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0746648  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 208 aa  119  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26140  putative transcriptional regulator  38.22 
 
 		 196 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287141  normal  0.149256 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2295  TetR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 195 aa  112  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 222 aa  112  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1620  TetR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 205 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2431  TetR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 204 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.547738  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  37.17 
 
 		 195 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  38.07 
 
 		 195 aa  110  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5712  TetR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 204 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  35.39 
 
 		 210 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 206 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 214 aa  103  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 201 aa  102  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 214 aa  102  5e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1106  transcriptional regulator, TetR family  37.43 
 
 		 210 aa  102  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 206 aa  102  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 199 aa  102  5e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 204 aa  101  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1774  TetR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 207 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2386  TetR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 207 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 206 aa  101  9e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 206 aa  101  9e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 207 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0904  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 211 aa  100  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824382  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3137  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 211 aa  100  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 207 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 207 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3310  transcriptional regulator, TetR family  36.65 
 
 		 205 aa  99.8  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0639272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 224 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8807  putative transcriptional regulator, TetR family  37.06 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  37.11 
 
 		 199 aa  100  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 210 aa  99  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 217 aa  99  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 196 aa  98.6  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 195 aa  98.2  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3093  TetR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 201 aa  97.8  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0252517 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 		 193 aa  97.8  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3140  TetR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 197 aa  96.3  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137738  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  31.79 
 
 		 203 aa  96.3  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3418  regulatory protein TetR  38.89 
 
 		 222 aa  95.9  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.364633  normal  0.510685 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  39.72 
 
 		 201 aa  95.9  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 204 aa  95.1  6e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0960  TetR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 219 aa  95.1  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.115896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3330  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 219 aa  94.7  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3244  transcriptional regulator, TetR family  39.27 
 
 		 221 aa  94.4  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 196 aa  94  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 193 aa  94.4  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  39.01 
 
 		 204 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2779  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 200 aa  92.8  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2227  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  92  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0620  TetR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 210 aa  92  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2545  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 194 aa  90.5  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 204 aa  90.1  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0833  TetR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 182 aa  90.1  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0851  TetR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 182 aa  90.1  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.45674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 202 aa  90.1  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  35.42 
 
 		 194 aa  89.4  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 198 aa  89.4  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5842  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 188 aa  89.4  3e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.25935  normal  0.516433 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 194 aa  89.4  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2765  transcriptional regulator, TetR family  35.26 
 
 		 196 aa  88.6  5e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.829891 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3140  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 221 aa  89  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.263348  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  88.2  6e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 209 aa  87.8  9e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 198 aa  87.8  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2298  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 219 aa  87.4  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3984  transcriptional regulator, TetR family protein  29.53 
 
 		 211 aa  87.4  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  37.09 
 
 		 197 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 211 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 211 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3676  TetR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 207 aa  86.7  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508637  decreased coverage  0.00105541 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  31.49 
 
 		 205 aa  87  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 211 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 211 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  36.47 
 
 		 194 aa  87  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 198 aa  86.3  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 211 aa  85.9  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4612  transcriptional regulator, TetR family  39.16 
 
 		 196 aa  85.5  5e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.657053 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2189  transcriptional regulator, TetR family  36.18 
 
 		 202 aa  84.7  8e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 222 aa  84.7  9e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25370  transcriptional regulator  41.5 
 
 		 204 aa  84.3  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.422708  normal  0.650807 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 216 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1179  transcriptional regulator, TetR family  32.83 
 
 		 198 aa  84  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.288888  normal  0.322158 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0851  TetR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 182 aa  84  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.780744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3753  TetR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 207 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.14772  normal  0.02252 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 212 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  32.22 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.33 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  28.33 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 236 aa  82  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 236 aa  82  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5169  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 236 aa  82  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 210 aa  81.6  0.000000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>