232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3102 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_3102  regulatory protein TetR  100 
 
 
187 aa  365  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.44802  normal  0.6435 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3422  transcriptional regulator, TetR family  93.58 
 
 
187 aa  327  9e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.296256  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3295  transcriptional regulator, TetR family  79.56 
 
 
185 aa  265  4e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.457543 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2134  transcriptional regulator, TetR family  64.32 
 
 
186 aa  235  3e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1060  transcriptional regulator, TetR family  60 
 
 
186 aa  218  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0130577  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4264  TetR family transcriptional regulator  62.43 
 
 
181 aa  218  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1297  transcriptional regulator, TetR family  62.43 
 
 
182 aa  216  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0913  transcriptional regulator, TetR family  61.11 
 
 
186 aa  214  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1146  TetR family transcriptional regulator  65.22 
 
 
194 aa  206  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7842  TetR family transcriptional regulator  61.76 
 
 
182 aa  200  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341573  normal  0.515425 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0676  TetR family transcriptional regulator  58.47 
 
 
191 aa  194  6e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.49013  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0043  transcriptional regulator, TetR family  48.02 
 
 
188 aa  140  9.999999999999999e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3948  transcriptional regulator, TetR family  39.77 
 
 
180 aa  132  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3052  TetR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
183 aa  88.2  6e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.186092 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2948  transcriptional regulator, TetR family  32.54 
 
 
193 aa  72.8  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000720602  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1649  TetR family transcriptional regulator  26.84 
 
 
192 aa  68.9  0.00000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.279043 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2270  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 
189 aa  66.2  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  25.27 
 
 
193 aa  64.3  0.0000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48190  putative transcriptional regulator  26.74 
 
 
186 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0114913  normal  0.0538885 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3237  TetR family transcriptional regulator  29.34 
 
 
193 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0582489  normal  0.651915 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7118  putative transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 
186 aa  59.3  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0105564  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2209  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 
204 aa  59.3  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 
215 aa  58.9  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 
195 aa  58.9  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1963  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
190 aa  58.2  0.00000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.264679 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3185  transcriptional regulator, TetR family  25.6 
 
 
192 aa  57  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5683  transcriptional regulator, TetR family  34.19 
 
 
189 aa  57  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1864  transcriptional regulator, TetR family  32.58 
 
 
204 aa  55.8  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0665556  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2559  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 
191 aa  55.5  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4649  transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 
186 aa  55.5  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.490512  normal  0.521268 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  29.34 
 
 
193 aa  54.7  0.0000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5860  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
194 aa  54.7  0.0000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0148  transcriptional regulator  22.47 
 
 
179 aa  54.7  0.0000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1699  transcriptional regulator, TetR family  30.15 
 
 
205 aa  53.9  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.502572  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3452  transcriptional regulator, TetR family  28.24 
 
 
205 aa  53.5  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0294937  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5306  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 
193 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.635344  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5395  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 
193 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.488916  normal  0.171159 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
202 aa  52  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3845  TetR family transcriptional regulator  23.76 
 
 
197 aa  52  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  23.7 
 
 
196 aa  51.6  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
220 aa  51.6  0.000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6178  transcriptional regulator, TetR family  29.24 
 
 
196 aa  51.6  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4071  putative transcriptional regulator, TetR family  27.71 
 
 
193 aa  51.6  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294777  normal  0.94431 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1255  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
200 aa  51.2  0.000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0795  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
199 aa  51.2  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00985009  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5685  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
193 aa  51.2  0.000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0122  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 
204 aa  50.4  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.288839  decreased coverage  0.00195597 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2924  regulatory protein TetR  27.22 
 
 
204 aa  50.8  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 
212 aa  50.8  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 
216 aa  50.8  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 
212 aa  50.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3993  transcriptional regulator, TetR family protein  26.71 
 
 
194 aa  50.1  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000102791  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1740  transcriptional regulator, TetR family  30.64 
 
 
188 aa  49.7  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.976934  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0059  TetR family transcriptional regulator  21.28 
 
 
186 aa  50.1  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0445  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 
209 aa  49.3  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  decreased coverage  0.00376288 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0275  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
193 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.280469  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28390  transcriptional regulator  28.14 
 
 
195 aa  49.3  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3212  TetR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
193 aa  49.7  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1410  TetR family transcriptional regulator  21.55 
 
 
194 aa  48.9  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0482  TetR family transcriptional regulator  42.17 
 
 
213 aa  48.5  0.00006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5110  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
205 aa  48.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
211 aa  48.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  23.63 
 
 
196 aa  48.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6374  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 
194 aa  48.1  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0685  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 
192 aa  48.1  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0111634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4533  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 
198 aa  47.8  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0169871 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0882  transcriptional regulator, TetR family  45.83 
 
 
233 aa  47.4  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1567  TetR family transcriptional regulator  26.89 
 
 
202 aa  47.4  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.246189  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  50 
 
 
234 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7851  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 
165 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5150  TetR family transcriptional regulator  31.66 
 
 
204 aa  47.4  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.491017  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 
206 aa  47.8  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51850  Transcriptional regulatory protein, TetR family  29.26 
 
 
186 aa  47  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1320  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 
199 aa  47  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2816  transcriptional regulator, TetR family protein  29.9 
 
 
188 aa  47  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  38.75 
 
 
210 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1632  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 
239 aa  47  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5016  transcriptional regulator, TetR family  30.87 
 
 
191 aa  46.6  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000793722  normal  0.491919 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3456  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 
196 aa  46.2  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.659534  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0141  nucleoid occlusion protein  25.44 
 
 
219 aa  46.2  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.102052  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02185  transcriptional regulator  27.84 
 
 
196 aa  45.8  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.69519  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
192 aa  45.8  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1467  TetR family transcriptional regulator  22.91 
 
 
192 aa  46.2  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.861342  normal  0.113855 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10198  transcriptional regulator  27.22 
 
 
194 aa  45.8  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2798  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
251 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.358212  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4482  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 
197 aa  45.8  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14402  normal  0.0182705 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25370  transcriptional regulator  33.53 
 
 
204 aa  45.4  0.0004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.422708  normal  0.650807 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4420  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
201 aa  45.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5671  transcriptional regulator, TetR family  28.05 
 
 
190 aa  45.8  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3947  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
201 aa  45.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.354968 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2547  TetR family transcriptional regulator  22.01 
 
 
196 aa  45.4  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.28213  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3581  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
185 aa  45.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.428867  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2110  transcriptional regulator, TetR family  48.08 
 
 
200 aa  45.4  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0942807  normal  0.362877 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0331  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 
209 aa  45.4  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
198 aa  45.4  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0735  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 
212 aa  45.4  0.0005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.177644  normal  0.315987 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2638  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 
210 aa  45.4  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
210 aa  45.4  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6284  regulatory protein, TetR  24.02 
 
 
195 aa  45.1  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 
201 aa  45.1  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>