More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0274 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0274  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 193 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008048  Sala_0735  TetR family transcriptional regulator  59.36 
 
 		 212 aa  223  1e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.177644  normal  0.315987 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4482  TetR family transcriptional regulator  53.48 
 
 		 197 aa  192  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14402  normal  0.0182705 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06210  putative transcriptional regulator  37.77 
 
 		 189 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0238159 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0581  putative transcriptional regulator  36.7 
 
 		 189 aa  104  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1467  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 192 aa  103  2e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.861342  normal  0.113855 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7118  putative transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 186 aa  102  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0105564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5016  transcriptional regulator, TetR family  37.22 
 
 		 191 aa  103  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000793722  normal  0.491919 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5870  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 209 aa  101  7e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2114  transcriptional regulator, TetR family  37.78 
 
 		 193 aa  100  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2948  transcriptional regulator, TetR family  34.95 
 
 		 193 aa  99.8  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000720602  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6109  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 209 aa  99.4  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0617571  normal  0.147608 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4057  TetR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 191 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0275  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 193 aa  97.4  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.280469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9229  transcriptional regulator TetR family  36.41 
 
 		 209 aa  96.7  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10198  transcriptional regulator  37.77 
 
 		 194 aa  94  1e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0275  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 193 aa  92.4  3e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3452  transcriptional regulator, TetR family  34.5 
 
 		 205 aa  91.3  8e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0294937  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5671  transcriptional regulator, TetR family  36.09 
 
 		 190 aa  90.5  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4071  putative transcriptional regulator, TetR family  33.89 
 
 		 193 aa  89.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294777  normal  0.94431 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0973  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 215 aa  88.6  5e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.269206  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4649  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 186 aa  88.2  7e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.490512  normal  0.521268 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1740  transcriptional regulator, TetR family  37.06 
 
 		 188 aa  86.7  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.976934  normal  1 
 
 
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NC_012792  Vapar_6178  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 196 aa  83.2  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3287  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 194 aa  83.2  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.482502 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5683  transcriptional regulator, TetR family  35.59 
 
 		 189 aa  82.4  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3185  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2750  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 194 aa  81.6  0.000000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.209675  normal  0.0475693 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3009  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 199 aa  80.5  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.101347  normal  0.721246 
 
 
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NC_008146  Mmcs_2720  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 194 aa  80.9  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.532546  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2764  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 194 aa  80.9  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1963  TetR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 190 aa  78.2  0.00000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.264679 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0726  regulatory protein TetR  31.49 
 
 		 200 aa  77.4  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_4133  transcriptional regulator, TetR family  30.68 
 
 		 193 aa  77  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6399  TetR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 193 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.147882 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5526  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 209 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5890  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 209 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.223104  normal  0.394498 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2924  regulatory protein TetR  34.68 
 
 		 204 aa  75.1  0.0000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_014158  Tpau_2194  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 203 aa  74.7  0.0000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.285199  n/a   
 
 
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NC_009338  Mflv_3237  TetR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 193 aa  72.4  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0582489  normal  0.651915 
 
 
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NC_011071  Smal_2559  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal  1 
 
 
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NC_008577  Shewana3_0685  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 192 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0111634 
 
 
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NC_014158  Tpau_2958  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 186 aa  69.7  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0440878  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_2843  transcriptional regulator, TetR family  37.33 
 
 		 209 aa  69.7  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008726  Mvan_5860  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 194 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013235  Namu_0798  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 194 aa  66.6  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013440  Hoch_4778  transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0545614  normal  1 
 
 
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NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 194 aa  66.2  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
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NC_009077  Mjls_5685  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 193 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009077  Mjls_0206  TetR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.611612 
 
 
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NC_008146  Mmcs_5306  TetR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 193 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.635344  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5395  TetR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 193 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.488916  normal  0.171159 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_002977  MCA0316  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 176 aa  61.6  0.000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003296  RS01911  putative transcription regulator protein  26.84 
 
 		 191 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0303213 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  23.12 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009953  Sare_4813  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 223 aa  59.7  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014230  CA2559_02185  transcriptional regulator  23.3 
 
 		 196 aa  58.9  0.00000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.69519  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  26.97 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 190 aa  58.9  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6284  regulatory protein, TetR  25.81 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0479  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 207 aa  57.8  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  26.82 
 
 		 219 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6222  transcriptional regulator, TetR family  32.74 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.366462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0480  transcriptional regulator, TetR family  24.59 
 
 		 205 aa  56.6  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.318214 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4347  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  27.51 
 
 		 213 aa  57  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1582  transcriptional regulator, TetR family  18.97 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000313158  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2110  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0942807  normal  0.362877 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2838  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2760  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000891417  n/a   
 
 
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NC_009832  Spro_3262  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00457442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 198 aa  55.8  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  25.53 
 
 		 193 aa  55.5  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  28.9 
 
 		 193 aa  55.1  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3418  transcriptional regulator protein  27.37 
 
 		 193 aa  55.1  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 194 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  30.48 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
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NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 194 aa  54.7  0.0000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
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NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 209 aa  54.7  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
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NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 211 aa  54.7  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 196 aa  53.9  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
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NC_011365  Gdia_1674  transcriptional regulator, TetR family  28.88 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
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NC_013132  Cpin_2697  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 202 aa  53.9  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 200 aa  53.9  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
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NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 211 aa  53.9  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
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NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 195 aa  54.3  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_0913  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 186 aa  53.9  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.457382 
 
 
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NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 193 aa  53.5  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
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NC_008255  CHU_0252  TetR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 194 aa  53.1  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.867584  normal  1 
 
 
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NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  24.21 
 
 		 198 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013132  Cpin_7147  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 179 aa  53.1  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  25.89 
 
 		 190 aa  52.8  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_008505  LACR_C37  transcriptional regulator  28.33 
 
 		 191 aa  52.8  0.000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009441  Fjoh_3212  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 193 aa  52.8  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009380  Strop_4358  regulatory protein, TetR  30 
 
 		 220 aa  52.4  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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