More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2558 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 190 aa  394  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  64.55 
 
 		 196 aa  258  3e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0480  transcriptional regulator, TetR family  35.45 
 
 		 205 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.318214 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 192 aa  128  4.0000000000000003e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 198 aa  128  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0187  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 202 aa  124  7e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1980  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 206 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 215 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  31.38 
 
 		 193 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 196 aa  115  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  33.87 
 
 		 209 aa  111  5e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5102  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 203 aa  111  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 202 aa  107  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  28.12 
 
 		 198 aa  105  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 212 aa  105  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 196 aa  103  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 212 aa  102  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25370  Transcriptional regulatory protein, TetR  32.6 
 
 		 209 aa  102  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 212 aa  101  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 212 aa  101  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 		 198 aa  100  9e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 213 aa  100  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 186 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 186 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 212 aa  99.4  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  33.52 
 
 		 219 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0316  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 176 aa  97.8  8e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0083  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 219 aa  95.1  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.201393  normal  1 
 
 
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NC_008345  Sfri_0765  transcriptional regulator, TetR family protein  29.12 
 
 		 222 aa  95.1  6e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007493  RSP_1435  TetR family regulatory protein  32.77 
 
 		 219 aa  94.7  8e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010676  Bphyt_4097  transcriptional regulator, TetR family  30.21 
 
 		 194 aa  94  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 211 aa  94  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
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NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  33.53 
 
 		 197 aa  93.2  2e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
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NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 212 aa  92.8  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3438  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 190 aa  92  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.547681  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 193 aa  92  4e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4778  transcriptional regulator, TetR family  31.09 
 
 		 227 aa  90.5  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0545614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 193 aa  90.1  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0730  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 214 aa  89.4  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 195 aa  89  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18450  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 179 aa  89  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 191 aa  88.6  5e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 210 aa  88.2  6e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013422  Hneap_1699  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 205 aa  87  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.502572  n/a   
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_4476  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 220 aa  86.3  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000182515 
 
 
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NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  29.12 
 
 		 214 aa  85.9  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_1674  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 204 aa  85.5  5e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007005  Psyr_2933  regulatory protein, TetR  29.51 
 
 		 193 aa  84.3  9e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316351  normal  1 
 
 
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NC_003295  RSc1201  transcription regulator protein  30.73 
 
 		 209 aa  83.2  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.871194 
 
 
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NC_008825  Mpe_A2518  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  1 
 
 
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NC_009831  Ssed_3643  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 193 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256948 
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 205 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4102  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680562  normal  1 
 
 
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NC_009439  Pmen_0971  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 200 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.325702 
 
 
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NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 199 aa  82  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4681  transcriptional regulator  31.15 
 
 		 196 aa  82  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1045  transcriptional regulator, TetR family  29.57 
 
 		 222 aa  81.3  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 196 aa  80.9  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1137  transcriptional regulator, TetR family  29.57 
 
 		 209 aa  80.5  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13929  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3566  transcriptional regulator, TetR family  30.34 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1549  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 199 aa  80.1  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 192 aa  80.5  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 201 aa  79.3  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  24.86 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000115862  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  24.86 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  24.32 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3076  transcriptional regulator, TetR family  27.87 
 
 		 193 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1860  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 199 aa  77.8  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0204447  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 194 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  26.67 
 
 		 200 aa  77  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53410  transcriptional regulator  30.6 
 
 		 196 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.733487  normal  0.037637 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 		 219 aa  76.3  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  32.7 
 
 		 193 aa  77  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3212  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 193 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2638  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 210 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2969  hypothetical protein  31.72 
 
 		 162 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0448916  n/a   
 
 
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NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
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NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 202 aa  75.5  0.0000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
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NC_009439  Pmen_4057  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 191 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007954  Sden_1229  regulatory protein, TetR  24.69 
 
 		 235 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 193 aa  75.1  0.0000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
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NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 198 aa  74.7  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
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NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  27.67 
 
 		 198 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_5016  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 191 aa  73.2  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000793722  normal  0.491919 
 
 
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NC_013530  Xcel_2304  transcriptional regulator, TetR family  28.09 
 
 		 201 aa  73.2  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007650  BTH_II1702  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 311 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B1606  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 206 aa  72  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0686792  normal  0.0717181 
 
 
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NC_007912  Sde_0361  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.23201  normal  1 
 
 
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NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  26.82 
 
 		 196 aa  72.4  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
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NC_009079  BMA10247_A1493  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 200 aa  71.2  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_006349  BMAA1408  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 200 aa  71.2  0.000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008784  BMASAVP1_0527  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 200 aa  71.2  0.000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.474473  n/a   
 
 
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NC_009078  BURPS1106A_A0974  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 200 aa  71.2  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.543907  n/a   
 
 
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NC_008835  BMA10229_0121  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 200 aa  71.2  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009075  BURPS668_A1058  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 200 aa  71.2  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009436  Ent638_1797  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 199 aa  71.2  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0497705  normal  0.0268872 
 
 
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