More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_5462 on replicon NC_008061
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
212 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
212 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
186 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  92.92 
 
 
212 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  90.09 
 
 
212 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  84.83 
 
 
211 aa  347  6e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  93.01 
 
 
186 aa  346  2e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  71.05 
 
 
212 aa  273  1.0000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  58.85 
 
 
213 aa  265  2.9999999999999995e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  63.82 
 
 
212 aa  255  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  61.76 
 
 
214 aa  250  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  57.82 
 
 
210 aa  245  3e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2638  TetR family transcriptional regulator  55.92 
 
 
210 aa  245  4e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0765  transcriptional regulator, TetR family protein  53.14 
 
 
222 aa  228  6e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  58.16 
 
 
219 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18450  transcriptional regulator, TetR family  59.22 
 
 
179 aa  225  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25370  Transcriptional regulatory protein, TetR  56.99 
 
 
209 aa  223  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0083  TetR family transcriptional regulator  56.63 
 
 
219 aa  209  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.201393  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1435  TetR family regulatory protein  56.63 
 
 
219 aa  207  6e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4476  TetR family transcriptional regulator  49.5 
 
 
220 aa  207  7e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000182515 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1674  transcriptional regulator, TetR family  55.5 
 
 
204 aa  201  6e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0730  TetR family transcriptional regulator  43.78 
 
 
214 aa  192  3e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4749  TetR family transcriptional regulator  44.71 
 
 
207 aa  192  4e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.590058  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2969  hypothetical protein  56.86 
 
 
162 aa  181  7e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0448916  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  44.68 
 
 
215 aa  179  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4778  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 
227 aa  179  4e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0545614  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  45.11 
 
 
193 aa  178  4.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  47.34 
 
 
196 aa  178  5.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  44.97 
 
 
196 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  42.62 
 
 
198 aa  166  2.9999999999999998e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  44.15 
 
 
193 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2518  TetR family transcriptional regulator  48.88 
 
 
221 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0480  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 
205 aa  138  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.318214 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  40.11 
 
 
192 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 
209 aa  131  6e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  34.9 
 
 
198 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 
191 aa  125  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  35.36 
 
 
202 aa  124  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0187  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 
202 aa  119  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4292  TetR family transcriptional regulator  39.43 
 
 
206 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4221  TetR family transcriptional regulator  38.29 
 
 
206 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360052  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1014  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
212 aa  112  4.0000000000000004e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3438  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 
190 aa  112  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.547681  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3824  TetR family transcriptional regulator  39.43 
 
 
206 aa  111  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.472754 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1201  transcription regulator protein  37.56 
 
 
209 aa  111  8.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  39.43 
 
 
194 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4681  transcriptional regulator  37.57 
 
 
196 aa  108  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0971  TetR family transcriptional regulator  37.57 
 
 
200 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.325702 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1351  TetR family transcriptional regulator  35.36 
 
 
212 aa  108  9.000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1388  regulatory protein, TetR  36.16 
 
 
196 aa  107  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5954  TetR family transcriptional regulator  37.71 
 
 
206 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.419182  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1606  TetR family transcriptional regulator  36.57 
 
 
206 aa  106  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0686792  normal  0.0717181 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3964  TetR family transcriptional regulator  37.71 
 
 
206 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  37.22 
 
 
200 aa  106  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4403  TetR family transcriptional regulator  37.71 
 
 
206 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2475  TetR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
197 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000212819  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2231  TetR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
194 aa  106  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558633  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53410  transcriptional regulator  36.46 
 
 
196 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.733487  normal  0.037637 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1980  transcriptional regulator, TetR family  31.35 
 
 
206 aa  105  5e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0316  TetR family transcriptional regulator  35.63 
 
 
176 aa  104  8e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1534  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 
199 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.239413  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1607  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 
199 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  34.66 
 
 
193 aa  103  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1906  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 
199 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1547  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 
199 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.58457  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1797  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
199 aa  102  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0497705  normal  0.0268872 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4102  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
211 aa  102  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680562  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001314  transcriptional regulator  32.95 
 
 
199 aa  102  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1737  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 
199 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.151738  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 
199 aa  101  7e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000115862  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
199 aa  101  7e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
199 aa  101  7e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 
199 aa  101  7e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3100  putative transcriptional regulator  37.71 
 
 
194 aa  101  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  32.42 
 
 
199 aa  101  9e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 
190 aa  101  9e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1860  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
199 aa  100  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0204447  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1549  TetR family transcriptional regulator  32.42 
 
 
199 aa  100  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1137  transcriptional regulator, TetR family  35.05 
 
 
209 aa  97.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13929  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  36.21 
 
 
200 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1045  transcriptional regulator, TetR family  36.26 
 
 
222 aa  96.7  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2203  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
206 aa  96.3  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0627793  hitchhiker  0.000036044 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0268  transcriptional regulator, TetR family  35.39 
 
 
198 aa  95.9  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0016  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
206 aa  95.9  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.951687  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
194 aa  95.5  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 
196 aa  95.1  7e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1097  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
196 aa  94.7  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4097  transcriptional regulator, TetR family  31.38 
 
 
194 aa  94.4  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0287  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
200 aa  93.6  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0272  TetR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
198 aa  93.2  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0272  TetR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
198 aa  93.2  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0264  TetR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
198 aa  93.2  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05195  transcriptional regulator  33.14 
 
 
195 aa  92.8  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2293  TetR family transcriptional regulator  36.16 
 
 
247 aa  92  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0162  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
201 aa  91.7  8e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0476  TetR family transcriptional regulator  32.57 
 
 
196 aa  91.3  9e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.146337 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0378  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
202 aa  90.9  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0974  TetR family transcriptional regulator  36.16 
 
 
200 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.543907  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0121  TetR family transcriptional regulator  36.16 
 
 
200 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1702  TetR family transcriptional regulator  36.16 
 
 
311 aa  90.9  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>