More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0971 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0971  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 200 aa  409  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.325702 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4681  transcriptional regulator  71.43 
 
 		 196 aa  281  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53410  transcriptional regulator  70.41 
 
 		 196 aa  278  4e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.733487  normal  0.037637 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 193 aa  118  7e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 212 aa  111  7.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 212 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 212 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 215 aa  108  6e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  37.23 
 
 		 219 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 186 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 212 aa  103  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  33.15 
 
 		 209 aa  103  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 202 aa  102  4e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 212 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 196 aa  101  9e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 		 214 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 210 aa  99  4e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 211 aa  97.4  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 186 aa  97.4  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 196 aa  97.1  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  31.89 
 
 		 213 aa  96.3  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0480  transcriptional regulator, TetR family  29.83 
 
 		 205 aa  94.7  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.318214 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  35.16 
 
 		 192 aa  94.4  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 198 aa  93.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4221  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 206 aa  92.8  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360052  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0316  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 176 aa  92.4  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3438  transcriptional regulator, TetR family  34.05 
 
 		 190 aa  91.3  9e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.547681  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4292  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 206 aa  91.3  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1606  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 206 aa  90.9  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0686792  normal  0.0717181 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 194 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3100  putative transcriptional regulator  30.81 
 
 		 194 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0187  TetR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 202 aa  90.1  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  29.26 
 
 		 199 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1549  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 199 aa  89.4  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2475  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 197 aa  88.6  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 191 aa  88.6  6e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1797  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 199 aa  88.2  7e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0497705  normal  0.0268872 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 199 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000115862  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1860  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 199 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0204447  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 199 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 199 aa  87.4  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 199 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5954  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 206 aa  86.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.419182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 193 aa  87  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 193 aa  87  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3964  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 206 aa  86.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4403  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 206 aa  86.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1435  TetR family regulatory protein  34.41 
 
 		 219 aa  85.9  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2638  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 210 aa  86.3  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0083  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 219 aa  86.3  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.201393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  28.5 
 
 		 198 aa  85.9  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1674  transcriptional regulator, TetR family  29.84 
 
 		 204 aa  85.5  5e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4778  transcriptional regulator, TetR family  32.49 
 
 		 227 aa  85.1  6e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0545614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3824  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 206 aa  85.1  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.472754 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 200 aa  84.7  8e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18450  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 179 aa  84.7  8e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0765  transcriptional regulator, TetR family protein  30.48 
 
 		 222 aa  84.7  9e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1534  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.239413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  31.93 
 
 		 196 aa  84  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 190 aa  82  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1737  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 199 aa  82  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.151738  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1906  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 199 aa  81.6  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1607  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 199 aa  81.6  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1547  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 199 aa  81.6  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.58457  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25370  Transcriptional regulatory protein, TetR  29.55 
 
 		 209 aa  80.9  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0730  TetR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 214 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  29.79 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4097  transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 		 194 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2203  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 206 aa  79.3  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0627793  hitchhiker  0.000036044 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4476  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 220 aa  79  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000182515 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001314  transcriptional regulator  26.53 
 
 		 199 aa  78.2  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0162  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 201 aa  78.2  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2231  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 194 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558633  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3076  transcriptional regulator, TetR family  26.98 
 
 		 193 aa  77.8  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4749  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 207 aa  77.8  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.590058  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1980  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 206 aa  76.6  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1137  transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 		 209 aa  76.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13929  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1702  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 311 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0016  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 206 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.951687  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0476  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 196 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.146337 
 
 
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NC_004578  PSPTO_2969  hypothetical protein  33.1 
 
 		 162 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0448916  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_2933  regulatory protein, TetR  26.98 
 
 		 193 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316351  normal  1 
 
 
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NC_010465  YPK_1872  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 199 aa  73.9  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0047199  n/a   
 
 
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NC_009784  VIBHAR_05195  transcriptional regulator  27.81 
 
 		 195 aa  73.6  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009438  Sputcn32_0378  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 202 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007974  Rmet_4102  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680562  normal  1 
 
 
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NC_010159  YpAngola_A2564  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 199 aa  73.9  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000186036  normal  1 
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_1763  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 199 aa  73.9  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139552  n/a   
 
 
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NC_010682  Rpic_1045  transcriptional regulator, TetR family  28.79 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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CP001509  ECD_01619  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.31 
 
 		 171 aa  72  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000798557  n/a   
 
 
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NC_012892  B21_01609  hypothetical protein  28.31 
 
 		 171 aa  72  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000476829  n/a   
 
 
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NC_007969  Pcryo_1014  TetR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 212 aa  71.6  0.000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003295  RSc1201  transcription regulator protein  29.29 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.871194 
 
 
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NC_008825  Mpe_A2518  TetR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 221 aa  71.6  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  1 
 
 
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NC_009524  PsycPRwf_1097  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 196 aa  70.5  0.00000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011663  Sbal223_0268  transcriptional regulator, TetR family  28.88 
 
 		 198 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_006349  BMAA1408  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007204  Psyc_1351  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 212 aa  70.5  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009078  BURPS1106A_A0974  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.543907  n/a   
 
 
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