More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3824 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3824  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  425  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.472754 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4292  TetR family transcriptional regulator  97.09 
 
 		 206 aa  411  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5954  TetR family transcriptional regulator  89.81 
 
 		 206 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.419182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3964  TetR family transcriptional regulator  89.81 
 
 		 206 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4403  TetR family transcriptional regulator  89.81 
 
 		 206 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1606  TetR family transcriptional regulator  87.86 
 
 		 206 aa  376  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0686792  normal  0.0717181 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4221  TetR family transcriptional regulator  83.5 
 
 		 206 aa  360  1e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0121  TetR family transcriptional regulator  66.84 
 
 		 200 aa  258  4e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1408  TetR family transcriptional regulator  66.84 
 
 		 200 aa  258  4e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1493  TetR family transcriptional regulator  66.84 
 
 		 200 aa  258  4e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1058  TetR family transcriptional regulator  66.84 
 
 		 200 aa  258  4e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0527  TetR family transcriptional regulator  66.84 
 
 		 200 aa  258  4e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.474473  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0974  TetR family transcriptional regulator  66.84 
 
 		 200 aa  258  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.543907  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2293  TetR family transcriptional regulator  66.84 
 
 		 247 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1702  TetR family transcriptional regulator  68.95 
 
 		 311 aa  258  6e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  60.61 
 
 		 200 aa  244  6e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0162  TetR family transcriptional regulator  56.48 
 
 		 201 aa  215  2.9999999999999998e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  57.67 
 
 		 200 aa  212  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2475  TetR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 197 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  56.15 
 
 		 194 aa  210  1e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  55.03 
 
 		 194 aa  201  4e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3100  putative transcriptional regulator  56.02 
 
 		 194 aa  201  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2933  regulatory protein, TetR  50.8 
 
 		 193 aa  201  6e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  52.41 
 
 		 193 aa  199  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3076  transcriptional regulator, TetR family  50.53 
 
 		 193 aa  197  7e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  51.08 
 
 		 196 aa  194  6e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0268  transcriptional regulator, TetR family  49.73 
 
 		 198 aa  191  8e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0272  TetR family transcriptional regulator  49.2 
 
 		 198 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0272  TetR family transcriptional regulator  49.2 
 
 		 198 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0264  TetR family transcriptional regulator  49.2 
 
 		 198 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0261  TetR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 198 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00036521 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3760  TetR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 198 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0287  TetR family transcriptional regulator  47.87 
 
 		 200 aa  187  7e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0378  TetR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 202 aa  185  5e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0262  TetR family transcriptional regulator  48.69 
 
 		 198 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000117006 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05195  transcriptional regulator  44.62 
 
 		 195 aa  181  9.000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0476  TetR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 196 aa  180  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.146337 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4468  TetR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 198 aa  179  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1201  transcription regulator protein  47.47 
 
 		 209 aa  176  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0016  TetR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.951687  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1045  transcriptional regulator, TetR family  47.47 
 
 		 222 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1137  transcriptional regulator, TetR family  47.47 
 
 		 209 aa  175  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13929  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2231  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 194 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1388  regulatory protein, TetR  44.5 
 
 		 196 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2203  TetR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 206 aa  172  3.9999999999999995e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0627793  hitchhiker  0.000036044 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1763  TetR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 199 aa  168  5e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139552  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1872  TetR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 199 aa  168  5e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0047199  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2564  TetR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 199 aa  168  5e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000186036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1351  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 212 aa  164  9e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1014  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 212 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001314  transcriptional regulator  41.29 
 
 		 199 aa  161  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1549  TetR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 199 aa  159  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  40.7 
 
 		 199 aa  158  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  40.2 
 
 		 199 aa  157  9e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000115862  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 199 aa  157  9e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 199 aa  157  9e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  40.2 
 
 		 199 aa  157  9e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1860  TetR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 199 aa  154  7e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0204447  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1607  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 199 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1547  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 199 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.58457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1906  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 199 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1534  transcriptional regulator, TetR family  39.7 
 
 		 199 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.239413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1737  transcriptional regulator, TetR family  39.59 
 
 		 199 aa  150  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.151738  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1797  TetR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 199 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0497705  normal  0.0268872 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1097  TetR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 196 aa  139  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01619  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.94 
 
 		 171 aa  135  5e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000798557  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01609  hypothetical protein  40.94 
 
 		 171 aa  135  5e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000476829  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1242  transcriptional regulator, TetR-family  37.7 
 
 		 190 aa  135  6.0000000000000005e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 212 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 186 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 212 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  32.58 
 
 		 198 aa  107  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 186 aa  104  8e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0316  TetR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 176 aa  100  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 211 aa  99.8  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 215 aa  96.3  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1980  transcriptional regulator, TetR family  31.12 
 
 		 206 aa  94.4  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 212 aa  94  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  33.52 
 
 		 219 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 196 aa  93.6  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 		 213 aa  91.7  7e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 		 214 aa  90.5  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  90.5  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 202 aa  89.4  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4778  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 227 aa  88.2  8e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0545614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 198 aa  87.8  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008825  Mpe_A2518  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 221 aa  85.5  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0971  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 200 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.325702 
 
 
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NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 196 aa  85.1  7e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012560  Avin_25370  Transcriptional regulatory protein, TetR  32.73 
 
 		 209 aa  82  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 210 aa  81.3  0.000000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  32.02 
 
 		 209 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
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NC_009656  PSPA7_4681  transcriptional regulator  31.91 
 
 		 196 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_0187  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 202 aa  79.7  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
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NC_011365  Gdia_1674  transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 		 204 aa  80.5  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 191 aa  80.1  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_3993  transcriptional regulator, TetR family protein  32.83 
 
 		 194 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000102791  n/a   
 
 
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