More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3993 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3993  transcriptional regulator, TetR family protein  100 
 
 		 194 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000102791  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 202 aa  115  3e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 193 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 193 aa  106  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 215 aa  105  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1351  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 212 aa  104  9e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  33.33 
 
 		 219 aa  102  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 196 aa  101  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0480  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 205 aa  101  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.318214 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1014  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 212 aa  101  7e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 212 aa  99.4  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 214 aa  99.4  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0316  TetR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 176 aa  98.2  6e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 196 aa  97.4  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1980  transcriptional regulator, TetR family  33.95 
 
 		 206 aa  97.4  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 212 aa  97.4  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0730  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 214 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  30.05 
 
 		 198 aa  96.7  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 212 aa  96.3  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 212 aa  95.1  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 212 aa  95.1  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  30.64 
 
 		 213 aa  94  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 186 aa  92.4  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  30.64 
 
 		 192 aa  92  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4476  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 220 aa  91.7  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000182515 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 186 aa  91.3  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 211 aa  91.3  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53410  transcriptional regulator  29.26 
 
 		 196 aa  91.3  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.733487  normal  0.037637 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1097  TetR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 196 aa  90.9  1e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4102  TetR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 211 aa  89.4  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4681  transcriptional regulator  28.72 
 
 		 196 aa  89  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4778  transcriptional regulator, TetR family  30.68 
 
 		 227 aa  89  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0545614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 210 aa  88.6  5e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0765  transcriptional regulator, TetR family protein  30.23 
 
 		 222 aa  88.2  6e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2475  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 197 aa  87.8  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3438  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 190 aa  87.8  8e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.547681  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4221  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 206 aa  87.8  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1606  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 206 aa  87.4  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0686792  normal  0.0717181 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3100  putative transcriptional regulator  32.34 
 
 		 194 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 194 aa  86.7  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5954  TetR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 206 aa  86.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.419182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3964  TetR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 206 aa  86.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2638  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 210 aa  86.7  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 194 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4403  TetR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 206 aa  86.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25370  Transcriptional regulatory protein, TetR  30.54 
 
 		 209 aa  86.3  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3824  TetR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 206 aa  85.5  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.472754 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18450  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 179 aa  84.7  7e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 		 196 aa  84.7  8e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001314  transcriptional regulator  29.95 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1797  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0497705  normal  0.0268872 
 
 
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NC_010159  YpAngola_A2564  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000186036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1763  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139552  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1872  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0047199  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 193 aa  84.3  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4292  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 206 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0378  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 202 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 198 aa  82.8  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2518  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0268  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 198 aa  82  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007493  RSP_1435  TetR family regulatory protein  30.23 
 
 		 219 aa  82  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 191 aa  81.6  0.000000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2231  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 194 aa  81.6  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558633  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1408  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 200 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0974  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 200 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.543907  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0121  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 200 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0527  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 200 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.474473  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1058  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 200 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1493  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 200 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0264  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 198 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0083  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 219 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.201393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2293  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 247 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0272  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 198 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0272  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 198 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2203  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 206 aa  79  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0627793  hitchhiker  0.000036044 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  29.61 
 
 		 199 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000115862  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1860  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 199 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0204447  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  30.99 
 
 		 200 aa  77  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  29.61 
 
 		 199 aa  77  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05195  transcriptional regulator  27.46 
 
 		 195 aa  77.8  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 199 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 199 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 195 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  24.71 
 
 		 196 aa  77  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 209 aa  77  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0971  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 200 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.325702 
 
 
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NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 199 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal  1 
 
 
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NC_010498  EcSMS35_1549  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 199 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 190 aa  77  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007650  BTH_II1702  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 311 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_004578  PSPTO_3076  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 		 193 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_1674  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 204 aa  75.1  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011149  SeAg_B1737  transcriptional regulator, TetR family  30.48 
 
 		 199 aa  74.7  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.151738  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A1534  transcriptional regulator, TetR family  29.57 
 
 		 199 aa  74.7  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.239413  normal  1 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A1547  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 199 aa  74.7  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.58457  normal  1 
 
 
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NC_011205  SeD_A1906  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 199 aa  74.7  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011083  SeHA_C1607  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 199 aa  74.7  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007908  Rfer_0016  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 206 aa  74.3  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.951687  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_2933  regulatory protein, TetR  28.43 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316351  normal  1 
 
 
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