More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0162 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_0162  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
201 aa  414  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4221  TetR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
206 aa  224  6e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360052  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3964  TetR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
206 aa  221  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4403  TetR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
206 aa  221  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5954  TetR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
206 aa  221  7e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.419182  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  55.73 
 
 
200 aa  220  9e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1606  TetR family transcriptional regulator  56.84 
 
 
206 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0686792  normal  0.0717181 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4292  TetR family transcriptional regulator  56.99 
 
 
206 aa  218  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3824  TetR family transcriptional regulator  56.48 
 
 
206 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.472754 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  53.89 
 
 
194 aa  210  1e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  53.85 
 
 
194 aa  202  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1702  TetR family transcriptional regulator  56.84 
 
 
311 aa  201  6e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2293  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
247 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0121  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
200 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1408  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
200 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0974  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
200 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.543907  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0527  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
200 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.474473  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1493  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
200 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1058  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
200 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3100  putative transcriptional regulator  52.58 
 
 
194 aa  198  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0262  TetR family transcriptional regulator  51.55 
 
 
198 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000117006 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0016  TetR family transcriptional regulator  51.22 
 
 
206 aa  195  3e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.951687  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  52.88 
 
 
200 aa  195  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0476  TetR family transcriptional regulator  47.42 
 
 
196 aa  194  6e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.146337 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0261  TetR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
198 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00036521 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3760  TetR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
198 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2475  TetR family transcriptional regulator  50.76 
 
 
197 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000212819  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1388  regulatory protein, TetR  50.26 
 
 
196 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2231  TetR family transcriptional regulator  49.23 
 
 
194 aa  187  9e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558633  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4468  TetR family transcriptional regulator  47.94 
 
 
198 aa  186  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0268  transcriptional regulator, TetR family  47.15 
 
 
198 aa  182  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0272  TetR family transcriptional regulator  47.15 
 
 
198 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0272  TetR family transcriptional regulator  47.15 
 
 
198 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0264  TetR family transcriptional regulator  47.15 
 
 
198 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0378  TetR family transcriptional regulator  46.73 
 
 
202 aa  181  7e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3076  transcriptional regulator, TetR family  47.42 
 
 
193 aa  179  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0287  TetR family transcriptional regulator  44.62 
 
 
200 aa  179  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  47.67 
 
 
193 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2933  regulatory protein, TetR  46.39 
 
 
193 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316351  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1045  transcriptional regulator, TetR family  48.69 
 
 
222 aa  178  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05195  transcriptional regulator  43.81 
 
 
195 aa  177  9e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1137  transcriptional regulator, TetR family  48.69 
 
 
209 aa  177  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13929  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1201  transcription regulator protein  47.64 
 
 
209 aa  174  6e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  46.67 
 
 
196 aa  166  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001314  transcriptional regulator  41.24 
 
 
199 aa  160  9e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2203  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
206 aa  158  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0627793  hitchhiker  0.000036044 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1014  TetR family transcriptional regulator  44.69 
 
 
212 aa  149  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1763  TetR family transcriptional regulator  43.16 
 
 
199 aa  147  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139552  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1872  TetR family transcriptional regulator  43.16 
 
 
199 aa  147  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0047199  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2564  TetR family transcriptional regulator  43.16 
 
 
199 aa  147  8e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000186036  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 
199 aa  145  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000115862  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 
199 aa  145  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 
199 aa  145  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 
199 aa  145  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 
199 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1549  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 
199 aa  144  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1860  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 
199 aa  144  9e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0204447  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1351  TetR family transcriptional regulator  41.97 
 
 
212 aa  144  1e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1242  transcriptional regulator, TetR-family  38.83 
 
 
190 aa  142  3e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1097  TetR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
196 aa  140  9.999999999999999e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1797  TetR family transcriptional regulator  36.6 
 
 
199 aa  135  5e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0497705  normal  0.0268872 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1607  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
199 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1547  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
199 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.58457  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1906  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
199 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1737  transcriptional regulator, TetR family  37.44 
 
 
199 aa  133  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.151738  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1534  transcriptional regulator, TetR family  36.92 
 
 
199 aa  132  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.239413  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01619  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.05 
 
 
171 aa  122  4e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000798557  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01609  hypothetical protein  39.05 
 
 
171 aa  122  4e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000476829  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  36.87 
 
 
192 aa  108  5e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  34.3 
 
 
198 aa  107  8.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
215 aa  102  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  33.53 
 
 
193 aa  99.8  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  32.96 
 
 
214 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
212 aa  99  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  33.92 
 
 
209 aa  97.8  9e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
211 aa  93.6  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
196 aa  92.8  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
212 aa  92.8  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0316  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
176 aa  91.3  8e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  29.44 
 
 
219 aa  91.3  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
212 aa  91.3  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
212 aa  91.3  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
196 aa  90.5  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  30.68 
 
 
198 aa  90.1  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
186 aa  90.5  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 
193 aa  90.5  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
186 aa  89.7  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal 
 
 
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NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 
213 aa  88.2  7e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_0480  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 
205 aa  87.8  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.318214 
 
 
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NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
212 aa  87.8  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009656  PSPA7_4681  transcriptional regulator  30.3 
 
 
196 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_012560  Avin_25370  Transcriptional regulatory protein, TetR  30.05 
 
 
209 aa  87  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  26.84 
 
 
212 aa  86.7  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 
202 aa  85.1  6e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013440  Hoch_4778  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 
227 aa  84.7  8e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0545614  normal 
 
 
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NC_008463  PA14_53410  transcriptional regulator  29.23 
 
 
196 aa  84.7  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.733487  normal  0.037637 
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_4476  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
220 aa  84  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000182515 
 
 
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NC_012560  Avin_18450  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 
179 aa  80.9  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008576  Mmc1_0795  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
199 aa  80.5  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00985009  normal  0.205797 
 
 
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NC_011666  Msil_1980  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 
206 aa  79.3  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
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