More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4057 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4057  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 191 aa  379  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7118  putative transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 		 186 aa  114  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0105564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4649  transcriptional regulator, TetR family  37.99 
 
 		 186 aa  112  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.490512  normal  0.521268 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3452  transcriptional regulator, TetR family  36.26 
 
 		 205 aa  105  5e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0294937  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0275  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 193 aa  103  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.280469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0735  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 212 aa  100  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.177644  normal  0.315987 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5016  transcriptional regulator, TetR family  33.89 
 
 		 191 aa  99  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000793722  normal  0.491919 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4482  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 197 aa  99  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14402  normal  0.0182705 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2114  transcriptional regulator, TetR family  34.59 
 
 		 193 aa  96.3  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2948  transcriptional regulator, TetR family  32.45 
 
 		 193 aa  92  4e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000720602  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4071  putative transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 193 aa  92.4  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294777  normal  0.94431 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1467  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 192 aa  90.5  1e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.861342  normal  0.113855 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0274  transcriptional regulator, TetR family  35.75 
 
 		 193 aa  90.1  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5685  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 193 aa  88.2  6e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5306  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 193 aa  85.1  6e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.635344  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5395  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 193 aa  85.1  6e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.488916  normal  0.171159 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3185  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 192 aa  84.3  9e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6178  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 196 aa  83.2  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5860  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 194 aa  83.2  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5671  transcriptional regulator, TetR family  34.46 
 
 		 190 aa  82.4  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3237  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 193 aa  82.4  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0582489  normal  0.651915 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2720  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 194 aa  79  0.00000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.532546  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2750  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 194 aa  79.7  0.00000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.209675  normal  0.0475693 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2764  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 194 aa  79  0.00000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3287  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 194 aa  79  0.00000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.482502 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 202 aa  79  0.00000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5683  transcriptional regulator, TetR family  32.45 
 
 		 189 aa  79  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 196 aa  78.6  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 196 aa  77.8  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0685  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 192 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0111634 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  24.34 
 
 		 193 aa  75.5  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10198  transcriptional regulator  31.18 
 
 		 194 aa  75.1  0.0000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 190 aa  75.1  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2924  regulatory protein TetR  29.24 
 
 		 204 aa  74.7  0.0000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3009  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 199 aa  74.7  0.0000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.101347  normal  0.721246 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0206  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 205 aa  74.7  0.0000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.611612 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  29.78 
 
 		 196 aa  73.9  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0581  putative transcriptional regulator  32.5 
 
 		 189 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1980  transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 		 206 aa  73.6  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06210  putative transcriptional regulator  31.06 
 
 		 189 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0238159 
 
 
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NC_013440  Hoch_1740  transcriptional regulator, TetR family  35.36 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.976934  normal  1 
 
 
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NC_013422  Hneap_1699  transcriptional regulator, TetR family  27.87 
 
 		 205 aa  73.6  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.502572  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 192 aa  72.8  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 193 aa  72  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 194 aa  71.6  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6284  regulatory protein, TetR  31.18 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_1674  transcriptional regulator, TetR family  31.95 
 
 		 204 aa  70.9  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 214 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 212 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  33.69 
 
 		 185 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 212 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
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NC_011071  Smal_2559  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 191 aa  68.9  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 		 209 aa  68.6  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 212 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4442  TetR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 192 aa  67.8  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
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NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  32.42 
 
 		 201 aa  66.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
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NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 201 aa  66.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  32.8 
 
 		 185 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  31.84 
 
 		 201 aa  67  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1963  TetR family transcriptional regulator  60.78 
 
 		 190 aa  65.1  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.264679 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5150  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 204 aa  65.1  0.0000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.491017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0798  transcriptional regulator, TetR family  28.88 
 
 		 194 aa  64.3  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 186 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0479  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3569  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 217 aa  63.5  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.773564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2209  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 204 aa  63.2  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  28.09 
 
 		 219 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0482  TetR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1864  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0665556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0480  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.318214 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2194  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 203 aa  62  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.285199  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  23.37 
 
 		 198 aa  62  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0973  TetR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.269206  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 188 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0726  regulatory protein TetR  29.14 
 
 		 200 aa  61.2  0.000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 186 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01911  putative transcription regulator protein  28.65 
 
 		 191 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0303213 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3656  TetR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.311417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4358  regulatory protein, TetR  28.96 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4813  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 223 aa  59.7  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 198 aa  60.1  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
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NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
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NC_008576  Mmc1_0541  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007912  Sde_1320  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 199 aa  59.7  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011729  PCC7424_3948  transcriptional regulator, TetR family  36.9 
 
 		 180 aa  59.7  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_013037  Dfer_2110  transcriptional regulator, TetR family  23.56 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0942807  normal  0.362877 
 
 
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NC_010581  Bind_0187  TetR family transcriptional regulator  22.16 
 
 		 202 aa  59.3  0.00000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_5341  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.087744  normal  0.833644 
 
 
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NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 195 aa  58.9  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007493  RSP_1435  TetR family regulatory protein  30.05 
 
 		 219 aa  58.5  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_0083  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 219 aa  58.5  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.201393  normal  1 
 
 
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NC_009667  Oant_2426  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010557  BamMC406_5870  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 209 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010571  Oter_3816  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0181155  normal  0.234249 
 
 
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NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
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