More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2110 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2110  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 200 aa  407  1e-113  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0942807  normal  0.362877 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2862  TetR family transcriptional regulator  52.33 
 
 		 202 aa  209  3e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00162474  hitchhiker  0.00695972 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3375  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 196 aa  199  3e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4533  transcriptional regulator, TetR family  48.45 
 
 		 198 aa  191  5e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0169871 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5004  transcriptional regulator, TetR family  47.67 
 
 		 194 aa  180  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0270987  normal  0.0251839 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5582  TetR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 198 aa  156  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  37.44 
 
 		 199 aa  148  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 198 aa  137  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 201 aa  136  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3291  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 195 aa  132  3e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4537  transcriptional regulator, TetR family  34.03 
 
 		 197 aa  120  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.340013  normal  0.0119033 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3677  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 196 aa  118  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.503409  normal  0.650375 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5096  transcriptional regulator, TetR family  38.01 
 
 		 197 aa  118  4.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.841888  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2392  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 198 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0101662  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02185  transcriptional regulator  30.89 
 
 		 196 aa  113  2.0000000000000002e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.69519  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1013  transcriptional regulator, TetR family  33.71 
 
 		 196 aa  107  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000810233  n/a   
 
 
-
 
NC_007323  GBAA_pXO2_0055  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 196 aa  107  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.727514  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3448  transcriptional regulator, TetR family  33.71 
 
 		 196 aa  105  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3208  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 196 aa  106  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000777782  n/a   
 
 
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NC_006578  pBT9727_0042  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 196 aa  106  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3140  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 196 aa  105  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.404836  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3453  transcriptional regulator, TetR family  32.57 
 
 		 196 aa  103  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0161587  hitchhiker  4.69207e-17 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3234  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 196 aa  103  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1893  transcriptional regulator, TetR family  32.57 
 
 		 196 aa  103  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0175452  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3487  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 196 aa  103  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.418737  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3462  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 196 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00233938  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 194 aa  95.5  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3689  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 213 aa  83.6  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 195 aa  78.6  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  23.71 
 
 		 197 aa  78.6  0.00000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 206 aa  76.6  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_7205  transcriptional regulator, TetR family  25.65 
 
 		 188 aa  75.5  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.61042  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 188 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1467  TetR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.861342  normal  0.113855 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4813  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3566  transcriptional regulator, TetR family  23.81 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2948  transcriptional regulator, TetR family  26.26 
 
 		 193 aa  72.8  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000720602  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7118  putative transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 186 aa  72.4  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0105564  normal  1 
 
 
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NC_011894  Mnod_0811  transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 193 aa  71.2  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0275  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 193 aa  70.5  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.280469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 190 aa  70.5  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 218 aa  70.5  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008786  Veis_1032  TetR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 208 aa  69.7  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
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NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
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NC_013530  Xcel_2304  transcriptional regulator, TetR family  24.6 
 
 		 201 aa  70.5  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2210  TetR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 185 aa  68.6  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.540344 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4358  regulatory protein, TetR  24.23 
 
 		 220 aa  68.9  0.00000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 202 aa  68.6  0.00000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 214 aa  68.2  0.00000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  27.12 
 
 		 209 aa  68.2  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 213 aa  68.2  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2547  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 196 aa  67.8  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.28213  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  23.66 
 
 		 192 aa  67.8  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_1649  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 192 aa  67.8  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.279043 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5020  putative transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 196 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294081  normal  0.0543061 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1699  transcriptional regulator, TetR family  25.4 
 
 		 205 aa  66.6  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.502572  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1903  transcriptional regulator, TetR family  25.91 
 
 		 192 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0461172  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5683  transcriptional regulator, TetR family  27.62 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_2508  transcriptional regulator, TetR family  27.74 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3984  transcriptional regulator, TetR family protein  25.13 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  28.82 
 
 		 203 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0541  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 220 aa  65.1  0.0000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06210  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 		 189 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0238159 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0482  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5083  transcriptional regulator, TetR family  25.12 
 
 		 193 aa  63.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5016  transcriptional regulator, TetR family  23.04 
 
 		 191 aa  64.3  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000793722  normal  0.491919 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0476  TetR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 196 aa  64.7  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.146337 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2559  transcriptional regulator, TetR family  27.55 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3452  transcriptional regulator, TetR family  27.55 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0294937  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1777  regulatory protein TetR  29.1 
 
 		 195 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.731609  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3076  transcriptional regulator, TetR family  22.75 
 
 		 193 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 194 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2502  transcriptional regulator, TetR family  42.37 
 
 		 291 aa  63.2  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1963  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 190 aa  63.2  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.264679 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2113  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 194 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.508898 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 193 aa  63.2  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2750  TetR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 194 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.209675  normal  0.0475693 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1980  TetR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 187 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2762  transcriptional regulator, TetR family  25.39 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.598965  normal  0.857853 
 
 
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NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 189 aa  62.4  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1734  transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 		 191 aa  62.4  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.390922 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 195 aa  62.4  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
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NC_008705  Mkms_2764  TetR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 194 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2720  TetR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 194 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.532546  n/a   
 
 
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NC_011071  Smal_2003  transcriptional regulator, TetR family  27.57 
 
 		 189 aa  62.4  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
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NC_007005  Psyr_2933  regulatory protein, TetR  22.28 
 
 		 193 aa  62  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316351  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_2270  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 189 aa  62  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007406  Nwi_3052  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 183 aa  62  0.000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.186092 
 
 
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NC_014210  Ndas_2114  transcriptional regulator, TetR family  26.02 
 
 		 193 aa  62  0.000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009338  Mflv_3287  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 194 aa  61.6  0.000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.482502 
 
 
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NC_011725  BCB4264_A3194  transcriptional regulator, TetR family  22.16 
 
 		 188 aa  61.6  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011761  AFE_2209  transcriptional regulator, TetR family  25.24 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 193 aa  61.6  0.000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
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NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 208 aa  61.6  0.000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
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NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  24.4 
 
 		 192 aa  61.6  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
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