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for query gene Sde_1320 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1320  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 199 aa  413  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1410  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 194 aa  125  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0541  TetR family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 220 aa  121  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1699  transcriptional regulator, TetR family  36.59 
 
 		 205 aa  112  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.502572  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2209  transcriptional regulator, TetR family  36.47 
 
 		 204 aa  106  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1864  transcriptional regulator, TetR family  36.47 
 
 		 204 aa  106  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0665556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0482  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 213 aa  104  7e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 192 aa  91.7  7e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 215 aa  85.1  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 195 aa  82.8  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 194 aa  81.6  0.000000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 196 aa  79.7  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 196 aa  79.3  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2547  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 196 aa  77.4  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.28213  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 212 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 202 aa  76.3  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 197 aa  75.5  0.0000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 193 aa  74.7  0.0000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4778  transcriptional regulator, TetR family  26.37 
 
 		 227 aa  71.2  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0545614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 212 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 212 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02185  transcriptional regulator  24.73 
 
 		 196 aa  70.5  0.00000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.69519  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 193 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 214 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  29.08 
 
 		 219 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
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NC_003910  CPS_4004  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 196 aa  68.2  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.638592  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3312  transcriptional regulator UidR  31.28 
 
 		 198 aa  67.8  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 186 aa  67.8  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2518  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 221 aa  67.4  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  1 
 
 
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NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  25 
 
 		 198 aa  67.8  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 201 aa  66.6  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 186 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C37  transcriptional regulator  30.68 
 
 		 191 aa  66.2  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25370  Transcriptional regulatory protein, TetR  28.92 
 
 		 209 aa  65.5  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2638  TetR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 210 aa  64.7  0.0000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 204 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0765  transcriptional regulator, TetR family protein  26.92 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4476  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 220 aa  64.7  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000182515 
 
 
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NC_011757  Mchl_2113  transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 194 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.508898 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1777  regulatory protein TetR  26.42 
 
 		 195 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.731609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 193 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  23.44 
 
 		 199 aa  62.4  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  22.28 
 
 		 198 aa  61.6  0.000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18450  transcriptional regulator, TetR family  26.88 
 
 		 179 aa  60.8  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  22.94 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  24.32 
 
 		 192 aa  60.1  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2433  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1924  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 189 aa  60.5  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4804  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 201 aa  60.5  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.120851  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 191 aa  60.5  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  23.64 
 
 		 198 aa  59.7  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4057  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 191 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1740  transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.976934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4813  TetR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0111  transcriptional regulator, TetR family  29.78 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.482364  normal  0.0755622 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0232  TetR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 230 aa  58.9  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  25.41 
 
 		 196 aa  58.5  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1734  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 191 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.390922 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4358  regulatory protein, TetR  25.27 
 
 		 220 aa  58.5  0.00000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0888  TetR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0479  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3469  transcriptional regulator, TetR family  25.88 
 
 		 219 aa  58.5  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.930137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0795  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 199 aa  58.5  0.00000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00985009  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 193 aa  58.2  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4679  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 193 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.136213 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2926  TetR family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 188 aa  57.8  0.00000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.529467  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4138  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 203 aa  57.8  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1966  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 188 aa  58.2  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2099  transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2304  transcriptional regulator, TetR family  25.67 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6861  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1106  transcriptional regulator, TetR family  27.71 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3212  transcriptional regulator, TetR family  21.93 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  40.26 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3212  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0020  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 246 aa  57  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.390674  normal  0.0209926 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  40.26 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1980  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6078  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 190 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0977252 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0187  TetR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
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NC_013132  Cpin_6698  transcriptional regulator, TetR family  25.73 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_005945  BAS0897  TetR family transcriptional regulator  21.02 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_0955  TetR family transcriptional regulator  21.02 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007651  BTH_I1974  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.36617  n/a   
 
 
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NC_010623  Bphy_3493  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729173  normal  0.75311 
 
 
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NC_009441  Fjoh_4313  TetR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 600 aa  56.6  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012791  Vapar_3456  transcriptional regulator, TetR family  31.64 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.659534  n/a   
 
 
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NC_007204  Psyc_1351  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008825  Mpe_A0035  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00656395  normal  0.0912126 
 
 
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NC_010571  Oter_3816  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0181155  normal  0.234249 
 
 
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