More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0111 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_0111  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 207 aa  421  1e-117  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.482364  normal  0.0755622 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1745  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 216 aa  99  4e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1726  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 216 aa  99  4e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.379747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1792  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 216 aa  99  4e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.651799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2044  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 223 aa  94  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.133815 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0541  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 220 aa  71.2  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1727  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 225 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.113561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1746  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 225 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1793  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 225 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.639819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0482  TetR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 194 aa  64.3  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 256 aa  62  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2249  transcriptional regulator, TetR family  35.23 
 
 		 228 aa  61.6  0.000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.115177  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2110  transcriptional regulator, TetR family  25.94 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0942807  normal  0.362877 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  50.91 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 240 aa  60.5  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 246 aa  60.1  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  24.5 
 
 		 198 aa  59.7  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1699  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.502572  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5093  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 233 aa  59.3  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0355233 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1320  TetR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 199 aa  58.9  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 210 aa  58.2  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0557  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 332 aa  57.8  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 195 aa  57  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2209  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1864  transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0665556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1697  hypothetical protein  24.87 
 
 		 199 aa  56.6  0.0000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.280342 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1410  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  32.43 
 
 		 222 aa  55.5  0.0000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5186  transcriptional regulator, TetR family  45.61 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.225373  normal  0.188797 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2460  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.315446  normal  0.37249 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3550  putative transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 374 aa  55.1  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0101342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3008  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 280 aa  55.1  0.0000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  38.66 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3722  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 202 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.869277  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3795  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 202 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796114  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4194  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01891  transcription regulator protein  49.06 
 
 		 219 aa  54.7  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139537  normal  0.638618 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  45.16 
 
 		 251 aa  54.7  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  27.17 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2939  transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 		 360 aa  53.9  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0355871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3734  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 202 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0165853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4304  TetR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 202 aa  53.9  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.148025  normal  0.676238 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  47.54 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2048  TetR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 249 aa  54.3  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28480  transcriptional regulator  44.62 
 
 		 326 aa  53.5  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.552525 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1805  transcriptional regulator UidR  26.67 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.947665  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4215  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 269 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.261755 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3312  transcriptional regulator UidR  28.22 
 
 		 198 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4433  putative transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.304497  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1028  transcriptional regulator, TetR family  41.94 
 
 		 200 aa  53.1  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0479484  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 195 aa  53.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1826  transcriptional regulator UidR  26.67 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44980  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 216 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3827  putative transcriptional regulator  42.37 
 
 		 216 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0764  transcriptional regulator, TetR family  29.87 
 
 		 204 aa  53.5  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000222329 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01587  DNA-binding transcriptional repressor  27.16 
 
 		 196 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2024  transcriptional regulator, TetR family  28.29 
 
 		 192 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.180766  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01577  hypothetical protein  27.16 
 
 		 196 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.98021  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3445  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 208 aa  53.1  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1467  transcriptional regulator, TetR family  39.73 
 
 		 217 aa  52.8  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 212 aa  52.8  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2117  transcriptional regulator, TetR family  46.97 
 
 		 362 aa  52.8  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.583843  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 202 aa  53.1  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2330  transcriptional regulator UidR  27.16 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2012  TetR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 196 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.952906  normal  0.615913 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0085  TetR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.0016021  decreased coverage  0.0000722764 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3846  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 206 aa  53.1  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213396  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0670  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 227 aa  52.8  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.591564 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0795  TetR family transcriptional regulator  45 
 
 		 199 aa  52.8  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00985009  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1581  transcriptional regulator UidR  28.29 
 
 		 192 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1693  transcriptional regulator UidR  27.16 
 
 		 196 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03740  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 221 aa  52.8  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4955  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 424 aa  53.1  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.868884 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3620  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 203 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02063  putative transcription regulator transcription regulator protein  35.62 
 
 		 224 aa  52.8  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0495626  normal  0.936254 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3860  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 203 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.526451  normal  0.667209 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  40.62 
 
 		 219 aa  52.8  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4876  transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 		 209 aa  52.8  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 200 aa  52.8  0.000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 226 aa  52.8  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4295  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 203 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1574  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 203 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00597987  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2014  TetR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 196 aa  52.4  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0449612  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1968  TetR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 196 aa  52.4  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0105465  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>