More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2433 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2433  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 211 aa  427  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2546  TetR family transcriptional regulator  58.55 
 
 		 213 aa  229  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.768933 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2426  TetR family transcriptional regulator  59.26 
 
 		 205 aa  223  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1486  TetR family transcriptional regulator  63.54 
 
 		 201 aa  209  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.260636  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0136  TetR family transcriptional regulator  63.54 
 
 		 201 aa  209  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563717  normal  0.436061 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0020  TetR family transcriptional regulator  52.33 
 
 		 246 aa  186  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.390674  normal  0.0209926 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  32.64 
 
 		 197 aa  85.1  7e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 211 aa  71.2  0.000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4004  TetR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 196 aa  70.9  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.638592  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1329  transcriptional regulator, TetR family  26 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.851315 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 193 aa  67.8  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 195 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4778  transcriptional regulator, TetR family  31.96 
 
 		 227 aa  67  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0545614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2547  TetR family transcriptional regulator  22.63 
 
 		 196 aa  67  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.28213  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2209  transcriptional regulator, TetR family  26.96 
 
 		 204 aa  67  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 212 aa  67.4  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0765  transcriptional regulator, TetR family protein  25.91 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  27.11 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4813  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1699  transcriptional regulator, TetR family  24 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.502572  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2304  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 213 aa  62  0.000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3836  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 192 aa  62  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.410307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 213 aa  62  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0527  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 198 aa  62  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.18684  normal  0.990571 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 194 aa  61.6  0.000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 190 aa  60.8  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1702  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 311 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1320  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4292  TetR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4358  regulatory protein, TetR  26.92 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4097  transcriptional regulator, TetR family  32.92 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  24.47 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0121  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4749  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.590058  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0527  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.474473  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  24.88 
 
 		 193 aa  59.7  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1408  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1493  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0974  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.543907  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0541  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1058  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4863  transcriptional regulator, TetR family  39.36 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2293  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 247 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1797  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 199 aa  59.7  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0497705  normal  0.0268872 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0052  transcriptional regulator, TetR family  30.34 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.612692  normal  0.466149 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  27.14 
 
 		 199 aa  58.9  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000115862  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0480  transcriptional regulator, TetR family  27.43 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.318214 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 199 aa  58.9  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1864  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0665556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  27.14 
 
 		 199 aa  58.9  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3824  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 206 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.472754 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 199 aa  58.9  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  26.87 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  27.46 
 
 		 214 aa  58.2  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 196 aa  58.2  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1549  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 199 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0482  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1674  transcriptional regulator, TetR family  34.88 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4138  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 203 aa  57.8  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2786  transcriptional regulator, TetR family  39.53 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0419  transcriptional regulator, TetR family  28.24 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00785696  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0795  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 199 aa  57.8  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00985009  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 186 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4724  regulatory protein, TetR  28.69 
 
 		 191 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1255  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2099  transcriptional regulator, TetR family  26.88 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1045  transcriptional regulator, TetR family  28.09 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4476  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 220 aa  57  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000182515 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2320  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 195 aa  57  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3545  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  38.54 
 
 		 223 aa  56.2  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  26.28 
 
 		 219 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1860  TetR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0204447  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 186 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3312  transcriptional regulator UidR  48 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5016  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 191 aa  56.2  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000793722  normal  0.491919 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2269  putative transcriptional regulator  38 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.629172  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1097  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5358  transcriptional regulator, TetR family  31.01 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.25838  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1137  transcriptional regulator, TetR family  28.09 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13929  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3816  TetR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0181155  normal  0.234249 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2638  TetR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  28.35 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0888  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26760  putative transcriptional regulator  38 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4221  TetR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360052  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>