More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3418 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3418  transcriptional regulator protein  100 
 
 		 193 aa  404  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1572  TetR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 200 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6735  TetR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 200 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008544  Bcen2424_6259  TetR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 200 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0324  transcriptional regulator, TetR family  39.49 
 
 		 192 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010571  Oter_0765  TetR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 196 aa  115  3e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.448904  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 201 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 201 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6808  TetR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 200 aa  108  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 201 aa  108  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6550  transcriptional regulator, TetR family  32.78 
 
 		 200 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124296  normal  0.0144339 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  36.02 
 
 		 185 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 185 aa  100  9e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0550  regulatory protein, TetR  32.14 
 
 		 199 aa  99  4e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0394  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 186 aa  98.2  6e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.509635  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4037  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 200 aa  94  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.580741 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3722  TetR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 189 aa  94  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 		 189 aa  93.6  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1932  TetR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 210 aa  91.3  7e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 192 aa  89.7  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0481105 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4887  putative TetR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 191 aa  89.4  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109337  normal  0.0985913 
 
 
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NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 189 aa  89  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4516  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 197 aa  88.2  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125793  n/a   
 
 
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NC_011071  Smal_2003  transcriptional regulator, TetR family  29.57 
 
 		 189 aa  87.8  9e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1305  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 181 aa  87  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3262  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 192 aa  87.4  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00457442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 191 aa  87.4  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2654  TetR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 196 aa  86.7  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6222  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 186 aa  85.9  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.366462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2884  TetR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 202 aa  85.5  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1393  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 205 aa  85.5  5e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3656  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 207 aa  85.1  5e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.311417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5419  TetR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 257 aa  85.1  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0041  TetR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 175 aa  85.1  5e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3097  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 189 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.127725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2801  TetR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 202 aa  84.7  7e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4512  transcriptional regulator, TetR family  34.27 
 
 		 188 aa  84  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.551086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2816  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 192 aa  84  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4644  transcriptional regulator, TetR family  34.27 
 
 		 188 aa  84  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0446716 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3701  transcriptional regulator of TetR family protein  33.73 
 
 		 206 aa  84  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1089  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 212 aa  82.8  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0472  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 190 aa  82.4  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.010781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0303  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 200 aa  82.4  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.130246 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28340  transcriptional regulator, TetR family  28.41 
 
 		 188 aa  82  0.000000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595085  normal  1 
 
 
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NC_003910  CPS_2510  TetR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225069  n/a   
 
 
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NC_009092  Shew_1679  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 185 aa  82  0.000000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226335 
 
 
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NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 194 aa  81.6  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014158  Tpau_2930  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 193 aa  81.3  0.000000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.585103  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777364 
 
 
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NC_011992  Dtpsy_1157  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 194 aa  80.9  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0870204  n/a   
 
 
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NC_009997  Sbal195_3232  TetR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 204 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 190 aa  80.5  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_010002  Daci_5659  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 194 aa  79.3  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0433662  hitchhiker  0.00993278 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3566  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 187 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730164  normal  1 
 
 
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NC_013457  VEA_001160  transcriptional regulator  31.9 
 
 		 181 aa  78.6  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009664  Krad_0127  transcriptional regulator, TetR family  29.12 
 
 		 191 aa  78.6  0.00000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00410003  normal  0.28897 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3089  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 204 aa  78.2  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009620  Smed_4442  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 192 aa  77.4  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_2760  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 203 aa  77.4  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000891417  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2980  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 202 aa  77  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2838  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 202 aa  77.4  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5319  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 208 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5709  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 195 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92684  normal  0.162375 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8687  transcriptional regulator, TetR family  32.3 
 
 		 176 aa  77  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5953  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 195 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0308427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0193  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 184 aa  76.3  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7147  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 179 aa  75.5  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2611  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 228 aa  74.7  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.620771 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2732  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 222 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5133  TetR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 195 aa  74.7  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1605  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 187 aa  74.3  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1385  transcriptional regulator, TetR family  26.85 
 
 		 178 aa  73.6  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2832  transcriptional regulator, TetR family  29.55 
 
 		 210 aa  73.6  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3836  putative transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 179 aa  73.2  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0612117 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1449  transcriptional regulator, TetR family  29.75 
 
 		 203 aa  73.6  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0126985  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0101  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2697  transcriptional regulator, TetR family  34.23 
 
 		 202 aa  72.8  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3175  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 201 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4372  transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 187 aa  72.8  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.733694  normal  0.0486392 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0417  transcriptional regulator, TetR family  31.29 
 
 		 183 aa  72  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1039  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 206 aa  72  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68157  normal  0.029552 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08110  transcriptional regulator  31.67 
 
 		 198 aa  71.6  0.000000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.792237 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5704  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 201 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.013286 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0234  TetR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 175 aa  71.2  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3117  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 204 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.490432 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5155  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 201 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4974  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 204 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792599  normal  0.404801 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4792  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 184 aa  70.5  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.165855  normal  0.419651 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2299  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 201 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.633617  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0010  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 205 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2965  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 175 aa  70.5  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0421  transcriptional regulator, TetR family  26.83 
 
 		 189 aa  70.1  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0114693  n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_1399  transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 197 aa  70.1  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.377036  hitchhiker  0.00124362 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4162  TetR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4534  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 201 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0865  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_5689  transcriptional regulator, TetR family  30.19 
 
 		 219 aa  70.5  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.784661  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_0135  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 181 aa  69.7  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012791  Vapar_1333  transcriptional regulator, TetR family  32.78 
 
 		 196 aa  69.3  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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