More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0550 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0550  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 199 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1305  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 181 aa  103  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3418  transcriptional regulator protein  32.14 
 
 		 193 aa  99  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0765  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 196 aa  93.2  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.448904  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34730  transcriptional regulator, TetR family  33.83 
 
 		 192 aa  92  6e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.169686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3722  TetR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 189 aa  91.3  8e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6735  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 200 aa  89.7  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1572  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 200 aa  89.7  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6259  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 200 aa  89.7  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0324  transcriptional regulator, TetR family  30.08 
 
 		 192 aa  88.2  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6808  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 200 aa  87.8  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 		 201 aa  87.4  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 		 201 aa  86.7  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 201 aa  85.9  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0127  transcriptional regulator, TetR family  32.33 
 
 		 191 aa  84  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00410003  normal  0.28897 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4534  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 201 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5704  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 201 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.013286 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4644  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0446716 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0394  TetR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 186 aa  83.6  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.509635  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4887  putative TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 191 aa  84  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109337  normal  0.0985913 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5155  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 201 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4512  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.551086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7001  transcriptional regulator, TetR family  36.72 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0008  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1515  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.512381  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1156  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0011  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0135  transcriptional regulator, TetR family  31.3 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0010  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.387363  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0010  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1436  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4974  TetR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 204 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792599  normal  0.404801 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3117  TetR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 204 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.490432 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 188 aa  81.6  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3175  TetR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 201 aa  81.3  0.000000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3018  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 221 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5689  transcriptional regulator, TetR family  30.28 
 
 		 219 aa  80.9  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.784661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2611  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.620771 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1605  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5319  TetR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 208 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 188 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4162  TetR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28340  transcriptional regulator, TetR family  32.56 
 
 		 188 aa  78.6  0.00000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 194 aa  78.2  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5953  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 195 aa  78.2  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0308427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5709  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 195 aa  78.2  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92684  normal  0.162375 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2930  transcriptional regulator, TetR family  30.82 
 
 		 193 aa  77.8  0.00000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.585103  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0010  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 205 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5659  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 194 aa  77.8  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0433662  hitchhiker  0.00993278 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001160  transcriptional regulator  29.31 
 
 		 181 aa  76.6  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3262  TetR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 192 aa  76.3  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00457442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5341  transcriptional regulator, TetR family  31.01 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.087744  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2003  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1385  transcriptional regulator, TetR family  33.88 
 
 		 178 aa  76.3  0.0000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6550  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 200 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124296  normal  0.0144339 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3475  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 197 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.213074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0303  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 200 aa  73.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.130246 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0803  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 174 aa  73.9  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2838  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5297  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 197 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.755351  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2510  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225069  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2760  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 203 aa  73.9  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000891417  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3230  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0704446  hitchhiker  0.00000846551 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2654  TetR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 196 aa  73.2  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0472  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 190 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.010781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0041  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 175 aa  72.8  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1449  transcriptional regulator, TetR family  25.79 
 
 		 203 aa  72.4  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0126985  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1405  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 203 aa  72  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8687  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 176 aa  72  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  29.19 
 
 		 185 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3836  putative transcriptional regulator, TetR family  30.19 
 
 		 179 aa  71.6  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0612117 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 192 aa  71.6  0.000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0481105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5419  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 257 aa  71.6  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1399  transcriptional regulator, TetR family  27.1 
 
 		 197 aa  71.6  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.377036  hitchhiker  0.00124362 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3587  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 206 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0234  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 175 aa  71.2  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  28.05 
 
 		 189 aa  70.9  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4372  transcriptional regulator, TetR family  25.99 
 
 		 187 aa  70.9  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.733694  normal  0.0486392 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0421  transcriptional regulator, TetR family  24.72 
 
 		 189 aa  70.9  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0114693  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 185 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7147  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 179 aa  70.1  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  26.6 
 
 		 189 aa  70.1  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0430  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.469108 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0404  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1679  TetR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 185 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226335 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3097  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.127725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5133  TetR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 195 aa  69.3  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2816  TetR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 192 aa  69.7  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0472  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 206 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2606  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 206 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.613239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0499  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 206 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6222  transcriptional regulator, TetR family  24.54 
 
 		 186 aa  67.8  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.366462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  27.71 
 
 		 191 aa  67.4  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1932  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 210 aa  67.4  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0417  transcriptional regulator, TetR family  27.61 
 
 		 183 aa  67.8  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2965  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 175 aa  67.8  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0193  TetR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 184 aa  67  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4516  TetR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 197 aa  66.6  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125793  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2898  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.881728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2890  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 202 aa  67  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>