More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0324 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0324  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 192 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6808  TetR family transcriptional regulator  80.1 
 
 		 200 aa  315  2e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1572  TetR family transcriptional regulator  63.16 
 
 		 200 aa  234  7e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6259  TetR family transcriptional regulator  63.16 
 
 		 200 aa  234  7e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6735  TetR family transcriptional regulator  63.16 
 
 		 200 aa  234  7e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6550  transcriptional regulator, TetR family  54.35 
 
 		 200 aa  222  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124296  normal  0.0144339 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3418  transcriptional regulator protein  39.49 
 
 		 193 aa  117  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0765  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 196 aa  103  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.448904  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3722  TetR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 189 aa  101  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 201 aa  96.7  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 201 aa  96.3  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1305  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 181 aa  95.1  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 201 aa  93.6  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0193  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 184 aa  93.6  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  34.57 
 
 		 190 aa  92.4  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0135  transcriptional regulator, TetR family  34.08 
 
 		 181 aa  90.9  1e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  34.41 
 
 		 185 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  35.75 
 
 		 185 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4037  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 200 aa  89  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.580741 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4887  putative TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 191 aa  88.2  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109337  normal  0.0985913 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0550  regulatory protein, TetR  30.08 
 
 		 199 aa  88.2  7e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2654  TetR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 196 aa  87.4  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2003  transcriptional regulator, TetR family  31.02 
 
 		 189 aa  87.4  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1393  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 205 aa  86.3  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011992  Dtpsy_1157  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 194 aa  87  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0870204  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0865  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 211 aa  85.9  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3089  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 204 aa  86.3  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3232  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 204 aa  85.5  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0612  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 202 aa  85.1  6e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0141452  n/a   
 
 
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NC_013521  Sked_34730  transcriptional regulator, TetR family  33.73 
 
 		 192 aa  84.7  7e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.169686  normal  1 
 
 
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NC_007952  Bxe_B3018  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 221 aa  84.7  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010557  BamMC406_5709  TetR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 195 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92684  normal  0.162375 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5953  TetR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 195 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0308427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0394  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 186 aa  84  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.509635  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5419  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 257 aa  83.2  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001160  transcriptional regulator  31.39 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 189 aa  83.6  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3656  TetR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.311417  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  29.51 
 
 		 189 aa  82.8  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1605  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 187 aa  82  0.000000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7001  transcriptional regulator, TetR family  32.75 
 
 		 221 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1385  transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 		 178 aa  82  0.000000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2884  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 202 aa  82  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 194 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_2801  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 202 aa  81.3  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009092  Shew_1679  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 185 aa  81.3  0.000000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226335 
 
 
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NC_013159  Svir_28340  transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 		 188 aa  80.9  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4644  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 188 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0446716 
 
 
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NC_007948  Bpro_1405  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 203 aa  80.5  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
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NC_010678  Rpic_4512  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 188 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.551086  normal  1 
 
 
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NC_010002  Daci_5659  TetR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 194 aa  80.1  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0433662  hitchhiker  0.00993278 
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_2760  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 203 aa  79.3  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000891417  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_5133  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 195 aa  79.3  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2838  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 202 aa  79.3  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1932  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010086  Bmul_5319  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 208 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010501  PputW619_3097  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 189 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.127725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2980  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 202 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7147  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 179 aa  77  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2611  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.620771 
 
 
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NC_007643  Rru_A2816  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 192 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 192 aa  75.9  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0481105 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2697  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 202 aa  75.5  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3262  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 192 aa  75.1  0.0000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00457442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4974  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 204 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792599  normal  0.404801 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4162  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 210 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0472  TetR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 190 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.010781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3117  TetR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.490432 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0010  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4828  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 207 aa  72.4  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0127  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 		 191 aa  72.4  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00410003  normal  0.28897 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2965  TetR family transcriptional regulator  22.6 
 
 		 175 aa  72  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0303  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 200 aa  72  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.130246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6222  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 186 aa  72  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.366462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3995  regulatory protein, TetR  31.52 
 
 		 225 aa  72  0.000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3701  transcriptional regulator of TetR family protein  31.15 
 
 		 206 aa  72  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2930  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 193 aa  71.6  0.000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.585103  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4534  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 201 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5704  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 201 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.013286 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5155  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 201 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2510  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 181 aa  70.9  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225069  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3406  TetR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.122321  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1089  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 212 aa  70.1  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1333  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 196 aa  69.7  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2890  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 202 aa  70.1  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5257  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 194 aa  68.9  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4792  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 184 aa  68.9  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.165855  normal  0.419651 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0008  TetR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1515  TetR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.512381  n/a   
 
 
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NC_011312  VSAL_I1527  HTH-type transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 185 aa  68.6  0.00000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.718491  n/a   
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B3175  TetR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 201 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009075  BURPS668_A0010  TetR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009079  BMA10247_A0011  TetR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009078  BURPS1106A_A0010  TetR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.387363  n/a   
 
 
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NC_008784  BMASAVP1_1156  TetR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008835  BMA10229_1436  TetR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007651  BTH_I2940  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 215 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010681  Bphyt_3533  transcriptional regulator, TetR family  28.25 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1353  normal  0.182077 
 
 
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NC_013037  Dfer_0803  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 174 aa  67.8  0.00000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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