More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1333 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1333  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 196 aa  382  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2654  TetR family transcriptional regulator  65.26 
 
 		 196 aa  217  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2760  TetR family transcriptional regulator  51.5 
 
 		 203 aa  185  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000891417  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2838  TetR family transcriptional regulator  51.5 
 
 		 202 aa  185  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3262  TetR family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 192 aa  180  9.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00457442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1605  transcriptional regulator, TetR family  55.56 
 
 		 187 aa  179  2.9999999999999997e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5659  TetR family transcriptional regulator  50.89 
 
 		 194 aa  158  5e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0433662  hitchhiker  0.00993278 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4512  transcriptional regulator, TetR family  48.4 
 
 		 188 aa  150  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.551086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4644  transcriptional regulator, TetR family  48.4 
 
 		 188 aa  150  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0446716 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4887  putative TetR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 191 aa  140  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109337  normal  0.0985913 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5709  TetR family transcriptional regulator  47.09 
 
 		 195 aa  138  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92684  normal  0.162375 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5953  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 195 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0308427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4037  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 200 aa  122  5e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.580741 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 		 190 aa  122  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3836  putative transcriptional regulator, TetR family  42.59 
 
 		 179 aa  115  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0612117 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0010  TetR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 205 aa  114  6e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 194 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4162  TetR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 210 aa  112  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5319  TetR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 208 aa  109  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 188 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3117  TetR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 204 aa  105  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.490432 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4974  TetR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 204 aa  105  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792599  normal  0.404801 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0008  TetR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 205 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1515  TetR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 205 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.512381  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0011  TetR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 205 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0010  TetR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 205 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1436  TetR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 205 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0010  TetR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 205 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.387363  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1156  TetR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 205 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 189 aa  104  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5133  TetR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 195 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3018  TetR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 221 aa  102  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0612  TetR family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 202 aa  102  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0141452  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 189 aa  102  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7001  transcriptional regulator, TetR family  38.95 
 
 		 221 aa  102  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0417  transcriptional regulator, TetR family  40.96 
 
 		 183 aa  102  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3360  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 197 aa  101  9e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1305  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 181 aa  100  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3175  TetR family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 201 aa  100  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2003  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 		 189 aa  99.8  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0627  transcriptional regulator, TetR family  46.38 
 
 		 191 aa  100  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4534  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 201 aa  99  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5704  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 201 aa  99.4  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.013286 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5155  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 201 aa  98.6  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 192 aa  98.2  7e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0481105 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5341  transcriptional regulator, TetR family  37.57 
 
 		 204 aa  97.1  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.087744  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34730  transcriptional regulator, TetR family  40.58 
 
 		 192 aa  97.8  1e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.169686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3097  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 189 aa  95.5  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.127725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  38.8 
 
 		 185 aa  94  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28340  transcriptional regulator, TetR family  34.64 
 
 		 188 aa  94.4  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4516  TetR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 197 aa  92.8  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125793  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 188 aa  92.8  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3995  regulatory protein, TetR  35.76 
 
 		 225 aa  92.4  4e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1405  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 203 aa  91.7  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1039  transcriptional regulator, TetR family  38.41 
 
 		 206 aa  90.9  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68157  normal  0.029552 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  37.43 
 
 		 185 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001160  transcriptional regulator  31.75 
 
 		 181 aa  90.1  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0472  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 190 aa  89  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.010781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2697  transcriptional regulator, TetR family  39.47 
 
 		 202 aa  89  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2510  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 181 aa  88.2  6e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225069  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2832  transcriptional regulator, TetR family  39.26 
 
 		 210 aa  88.2  7e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1932  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 210 aa  87.4  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  39.41 
 
 		 201 aa  87  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  37.95 
 
 		 191 aa  86.7  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0394  TetR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 186 aa  87  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.509635  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1157  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 		 194 aa  86.3  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0870204  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0865  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 211 aa  86.3  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  38.82 
 
 		 201 aa  85.5  4e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0135  transcriptional regulator, TetR family  36.22 
 
 		 181 aa  85.9  4e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6222  transcriptional regulator, TetR family  30.98 
 
 		 186 aa  85.5  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.366462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0765  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 196 aa  85.1  5e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.448904  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1896  transcriptional regulator, TetR family  34.5 
 
 		 196 aa  85.5  5e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.589186 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 201 aa  85.1  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2890  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 202 aa  84.7  8e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5419  TetR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 257 aa  84.3  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0303  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 200 aa  84.3  9e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.130246 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2965  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 175 aa  84  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7147  transcriptional regulator, TetR family  32.94 
 
 		 179 aa  83.2  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1572  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3475  TetR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 197 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.213074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6735  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5297  TetR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 197 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.755351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6259  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2930  transcriptional regulator, TetR family  36.75 
 
 		 193 aa  83.6  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.585103  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0193  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 184 aa  82.4  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03760  transcriptional regulator, TetR family  43.61 
 
 		 201 aa  82.4  0.000000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.599281  normal  0.484799 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0101  TetR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5689  transcriptional regulator, TetR family  37.2 
 
 		 219 aa  82.4  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.784661  normal  1 
 
 
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NC_009664  Krad_0127  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 191 aa  82.4  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00410003  normal  0.28897 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_2884  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 202 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010551  BamMC406_0430  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.469108 
 
 
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NC_013093  Amir_0421  transcriptional regulator, TetR family  44.14 
 
 		 189 aa  81.6  0.000000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0114693  n/a   
 
 
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NC_008390  Bamb_0404  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008060  Bcen_2606  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 206 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.613239  n/a   
 
 
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NC_008542  Bcen2424_0499  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 206 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_006348  BMA2807  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 214 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012856  Rpic12D_0324  transcriptional regulator, TetR family  29.5 
 
 		 192 aa  81.3  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008836  BMA10229_A1735  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 214 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009080  BMA10247_3169  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 214 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008785  BMASAVP1_A0031  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 214 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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