More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4887 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4887  putative TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 191 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109337  normal  0.0985913 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5709  TetR family transcriptional regulator  63.04 
 
 		 195 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92684  normal  0.162375 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5953  TetR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 195 aa  250  8.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0308427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4512  transcriptional regulator, TetR family  60.22 
 
 		 188 aa  235  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.551086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4644  transcriptional regulator, TetR family  60.22 
 
 		 188 aa  235  2e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0446716 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2654  TetR family transcriptional regulator  53.28 
 
 		 196 aa  142  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1605  transcriptional regulator, TetR family  44.71 
 
 		 187 aa  140  9.999999999999999e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3262  TetR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 192 aa  135  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00457442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4037  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 200 aa  133  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.580741 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2760  TetR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 203 aa  129  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000891417  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2838  TetR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 202 aa  129  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 194 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1333  transcriptional regulator, TetR family  44.27 
 
 		 196 aa  121  8e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 188 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6222  transcriptional regulator, TetR family  36.26 
 
 		 186 aa  120  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.366462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0803  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 174 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  34.88 
 
 		 189 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3836  putative transcriptional regulator, TetR family  41.57 
 
 		 179 aa  112  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0612117 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5659  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 194 aa  112  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0433662  hitchhiker  0.00993278 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 190 aa  111  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5297  TetR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 197 aa  110  9e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.755351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1405  TetR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 203 aa  108  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 188 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3475  TetR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 197 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.213074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4974  TetR family transcriptional regulator  47.01 
 
 		 204 aa  107  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792599  normal  0.404801 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3117  TetR family transcriptional regulator  47.01 
 
 		 204 aa  106  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.490432 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  40.37 
 
 		 185 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3097  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 189 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.127725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4162  TetR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 210 aa  105  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 		 189 aa  104  7e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3018  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 221 aa  104  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  38.37 
 
 		 201 aa  104  9e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  40.12 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3656  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 207 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.311417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2003  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 189 aa  103  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2965  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 175 aa  102  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34730  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 192 aa  102  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.169686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5419  TetR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 257 aa  102  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  37.79 
 
 		 201 aa  102  3e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3175  TetR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 201 aa  102  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0010  TetR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 205 aa  102  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7001  transcriptional regulator, TetR family  44.85 
 
 		 221 aa  102  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0303  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 200 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.130246 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 201 aa  102  5e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0612  TetR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 202 aa  102  5e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0141452  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5704  TetR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 201 aa  101  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.013286 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5319  TetR family transcriptional regulator  45.8 
 
 		 208 aa  101  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4534  TetR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 201 aa  101  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0765  TetR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 196 aa  101  7e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.448904  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5155  TetR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 201 aa  101  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0010  TetR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 205 aa  99.4  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0008  TetR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 205 aa  99.4  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1515  TetR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 205 aa  99.4  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.512381  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0011  TetR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 205 aa  99.4  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0010  TetR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 205 aa  99.4  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.387363  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1156  TetR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 205 aa  99.4  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1436  TetR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 205 aa  99.4  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5341  transcriptional regulator, TetR family  36.93 
 
 		 204 aa  98.2  6e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.087744  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2611  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 228 aa  96.3  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.620771 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0627  transcriptional regulator, TetR family  45.11 
 
 		 191 aa  96.7  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0101  TetR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 204 aa  95.5  4e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1896  transcriptional regulator, TetR family  38.32 
 
 		 196 aa  95.1  5e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.589186 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0865  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 211 aa  94.7  6e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2697  transcriptional regulator, TetR family  40.14 
 
 		 202 aa  94.7  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1932  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 210 aa  94.4  9e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2732  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 222 aa  94.4  9e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0127  transcriptional regulator, TetR family  38.69 
 
 		 191 aa  92.4  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00410003  normal  0.28897 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1039  transcriptional regulator, TetR family  36.88 
 
 		 206 aa  92.4  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68157  normal  0.029552 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0394  TetR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 186 aa  92  4e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.509635  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1305  TetR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 181 aa  91.7  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4516  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 197 aa  91.7  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125793  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7147  transcriptional regulator, TetR family  31.69 
 
 		 179 aa  91.7  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2510  TetR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 181 aa  90.5  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225069  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0425  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 216 aa  90.5  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2884  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 202 aa  90.1  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4372  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 187 aa  90.1  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.733694  normal  0.0486392 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3587  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 206 aa  89.4  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3360  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 197 aa  89.4  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3406  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 188 aa  89.4  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.122321  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0474  transcriptional regulator, TetR family  47.75 
 
 		 234 aa  89.4  3e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3418  transcriptional regulator protein  34.05 
 
 		 193 aa  89.4  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 192 aa  89  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0481105 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2930  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 		 193 aa  88.6  5e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.585103  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001160  transcriptional regulator  35.82 
 
 		 181 aa  88.6  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2832  transcriptional regulator, TetR family  36.2 
 
 		 210 aa  88.2  6e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0324  transcriptional regulator, TetR family  36.96 
 
 		 192 aa  88.2  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4442  TetR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 192 aa  87.8  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28340  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 188 aa  87.8  9e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0417  transcriptional regulator, TetR family  32.28 
 
 		 183 aa  87.4  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2980  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 202 aa  87.4  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1679  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 185 aa  85.9  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226335 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_2801  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 202 aa  86.3  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5133  TetR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 195 aa  85.5  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0406235 
 
 
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NC_010084  Bmul_2898  TetR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.881728  normal  1 
 
 
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NC_009665  Shew185_3089  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 204 aa  84  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007947  Mfla_0472  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 190 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.010781  normal  1 
 
 
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NC_007954  Sden_0550  regulatory protein, TetR  34.15 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010681  Bphyt_3533  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1353  normal  0.182077 
 
 
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NC_009380  Strop_3995  regulatory protein, TetR  36.84 
 
 		 225 aa  83.2  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010551  BamMC406_0430  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.469108 
 
 
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