More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6109 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6109  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 209 aa  421  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0617571  normal  0.147608 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5870  TetR family transcriptional regulator  98.09 
 
 		 209 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0275  TetR family transcriptional regulator  91.71 
 
 		 193 aa  355  1.9999999999999998e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9229  transcriptional regulator TetR family  84.13 
 
 		 209 aa  352  2e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5526  TetR family transcriptional regulator  81.25 
 
 		 209 aa  314  8e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5890  TetR family transcriptional regulator  81.25 
 
 		 209 aa  314  8e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.223104  normal  0.394498 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2843  transcriptional regulator, TetR family  86.83 
 
 		 209 aa  303  1.0000000000000001e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6399  TetR family transcriptional regulator  81.77 
 
 		 193 aa  294  6e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.147882 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0973  TetR family transcriptional regulator  49.74 
 
 		 215 aa  149  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.269206  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0275  TetR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 193 aa  99  5e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.280469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4133  transcriptional regulator, TetR family  34.05 
 
 		 193 aa  95.5  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0274  transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 193 aa  91.7  8e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06210  putative transcriptional regulator  36.02 
 
 		 189 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0238159 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5683  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 189 aa  86.3  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1740  transcriptional regulator, TetR family  35.67 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.976934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0735  TetR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 212 aa  82.8  0.000000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.177644  normal  0.315987 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2948  transcriptional regulator, TetR family  32.56 
 
 		 193 aa  82  0.000000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000720602  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5016  transcriptional regulator, TetR family  31.95 
 
 		 191 aa  81.3  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000793722  normal  0.491919 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3185  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 192 aa  80.1  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0581  putative transcriptional regulator  32.07 
 
 		 189 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2114  transcriptional regulator, TetR family  33.92 
 
 		 193 aa  79.3  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10198  transcriptional regulator  31.98 
 
 		 194 aa  78.6  0.00000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2750  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 194 aa  78.2  0.00000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.209675  normal  0.0475693 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0726  regulatory protein TetR  32.16 
 
 		 200 aa  77.8  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2720  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 194 aa  77  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.532546  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0685  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0111634 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3452  transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 		 205 aa  77  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0294937  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2764  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 194 aa  77  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3287  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 194 aa  75.5  0.0000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.482502 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3009  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 199 aa  74.7  0.0000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.101347  normal  0.721246 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1467  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 192 aa  74.3  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.861342  normal  0.113855 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0206  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 205 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.611612 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7118  putative transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 186 aa  72  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0105564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4482  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 197 aa  71.2  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14402  normal  0.0182705 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5671  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 		 190 aa  70.5  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4649  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 186 aa  68.6  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.490512  normal  0.521268 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 202 aa  68.2  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0798  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 194 aa  67.4  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 191 aa  68.2  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2924  regulatory protein TetR  33.14 
 
 		 204 aa  66.2  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1582  transcriptional regulator, TetR family  25.42 
 
 		 194 aa  65.9  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000313158  n/a   
 
 
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NC_003296  RS01911  putative transcription regulator protein  28.8 
 
 		 191 aa  65.5  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0303213 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  25.76 
 
 		 198 aa  65.5  0.0000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6178  transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 		 196 aa  65.9  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3237  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 193 aa  65.5  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0582489  normal  0.651915 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 194 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0795  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 199 aa  63.9  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00985009  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3100  putative transcriptional regulator  26.34 
 
 		 194 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2559  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  31.18 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0287  TetR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 200 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 192 aa  62.4  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 193 aa  62  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2293  TetR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 247 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 		 214 aa  61.6  0.000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 196 aa  61.6  0.000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1329  transcriptional regulator, TetR family  28.26 
 
 		 205 aa  61.6  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.851315 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0974  TetR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.543907  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0527  TetR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.474473  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1058  TetR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0121  TetR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1408  TetR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1702  TetR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6080  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 199 aa  60.8  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5860  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 194 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1493  TetR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1963  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 190 aa  60.1  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.264679 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C37  transcriptional regulator  23.86 
 
 		 191 aa  60.5  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2475  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 198 aa  59.7  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5685  TetR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 193 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0216  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 175 aa  59.3  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4347  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 190 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0162  TetR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3993  transcriptional regulator, TetR family protein  31.5 
 
 		 194 aa  58.2  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000102791  n/a   
 
 
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NC_014158  Tpau_2958  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 186 aa  57.8  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0440878  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_0730  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_4071  putative transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 193 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294777  normal  0.94431 
 
 
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NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  29.55 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
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NC_011365  Gdia_1674  transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008825  Mpe_A0035  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 206 aa  57.4  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00656395  normal  0.0912126 
 
 
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NC_007908  Rfer_0303  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 228 aa  57  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.402109  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_2933  regulatory protein, TetR  26.94 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316351  normal  1 
 
 
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NC_011312  VSAL_I1242  transcriptional regulator, TetR-family  21.59 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010622  Bphy_2347  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 194 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462347  normal  0.0620265 
 
 
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NC_007954  Sden_1388  regulatory protein, TetR  23.03 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009832  Spro_2203  TetR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0627793  hitchhiker  0.000036044 
 
 
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NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  29.55 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
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NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
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NC_010333  Caul_5380  TetR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.768843  normal  0.61228 
 
 
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NC_009524  PsycPRwf_1097  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010335  Caul_5102  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  33.06 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_002977  MCA0316  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 176 aa  55.5  0.0000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009436  Ent638_1797  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 199 aa  55.5  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0497705  normal  0.0268872 
 
 
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NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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