More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0303 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0303  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
228 aa  463  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.402109  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1293  TetR family transcriptional regulator  75 
 
 
199 aa  302  2.0000000000000002e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6204  transcriptional regulator, TetR family  74.87 
 
 
199 aa  285  5.999999999999999e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308886  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0107  TetR family transcriptional regulator  73.47 
 
 
199 aa  278  4e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267531  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4385  TetR family transcriptional regulator  70.44 
 
 
201 aa  273  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6080  transcriptional regulator, TetR family  68.34 
 
 
199 aa  260  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0035  TetR family transcriptional regulator  57.59 
 
 
206 aa  203  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00656395  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3096  TetR family transcriptional regulator  44.57 
 
 
213 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.631067  normal  0.061558 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3941  transcriptional regulator, TetR family  43.43 
 
 
222 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2116  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
218 aa  131  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3303  TetR family transcriptional regulator  39.64 
 
 
221 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.808306 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0741  regulatory protein, TetR  39.01 
 
 
211 aa  126  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3577  TetR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
218 aa  126  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.702591  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5130  TetR family transcriptional regulator  43.53 
 
 
203 aa  120  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.943479  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2563  TetR family transcriptional regulator  38.15 
 
 
192 aa  119  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.227827  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1766  TetR family transcriptional regulator  35.91 
 
 
196 aa  115  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0390977  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8534  transcriptional regulator, TetR family  37.3 
 
 
201 aa  113  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4347  transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 
190 aa  112  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0427  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 
180 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2320  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
195 aa  108  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2973  transcriptional regulator, TetR family  37.79 
 
 
211 aa  106  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0965425 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0084  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 
205 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6146  transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 
195 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0696  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
194 aa  102  5e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63880  putative transcriptional regulator  36.61 
 
 
186 aa  101  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6078  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 
190 aa  101  9e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0977252 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3184  TetR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
186 aa  100  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4582  TetR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
191 aa  101  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.278118  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2526  TetR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
252 aa  100  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3233  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
193 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.659753 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5150  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
204 aa  100  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.491017  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1426  transcriptional regulator, TetR family  36.09 
 
 
190 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.620095 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2276  TetR family transcriptional regulator  36.31 
 
 
182 aa  99.4  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.14787 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2480  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
198 aa  99  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3383  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
197 aa  98.6  8e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2719  regulatory protein, TetR  36.07 
 
 
193 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.111608  normal  0.97579 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3797  regulatory protein TetR  35.36 
 
 
180 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.350305  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4120  transcriptional regulator, TetR family  35.36 
 
 
180 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6000  TetR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
180 aa  95.9  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513273  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1101  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
188 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.205673  normal  0.0164026 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4037  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 
185 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0431559  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3493  transcriptional regulator, TetR family  31.49 
 
 
193 aa  95.9  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.74894  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2017  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 
184 aa  95.1  8e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.93886 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3545  transcriptional regulator, TetR family  33.73 
 
 
192 aa  94.7  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0114  transcriptional regulator, TetR family  32.62 
 
 
197 aa  94.4  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13405  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4737  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 
209 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.838213 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3836  transcriptional regulator, TetR family  32.42 
 
 
192 aa  93.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.410307  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5087  TetR family transcriptional regulator  37.99 
 
 
196 aa  94  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.305126  normal  0.842071 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0195  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
194 aa  92.8  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.5282  normal  0.427112 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4962  transcriptional regulator, TetR family  34.72 
 
 
196 aa  92.8  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0320648  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2168  TetR family transcriptional regulator  37.78 
 
 
188 aa  92.8  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4903  putative TetR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
200 aa  92.4  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.021531  normal  0.0222673 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2172  transcriptional regulator, TetR family  31.67 
 
 
185 aa  91.7  8e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046251 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3648  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
204 aa  90.9  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1602  transcriptional regulator, TetR family  33.53 
 
 
191 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6374  putative transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 
191 aa  90.5  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2933  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 
193 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0101224  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2441  TetR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
193 aa  90.1  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.264842  normal  0.509096 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5405  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
195 aa  89.7  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5550  TetR family transcriptional regulator  35.91 
 
 
190 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1404  transcriptional regulator, TetR family  37.02 
 
 
193 aa  89.7  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4813  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
195 aa  89.7  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.800631  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1188  transcriptional regulator, TetR family  33.88 
 
 
193 aa  88.2  8e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5456  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
195 aa  88.2  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.31437 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2057  transcriptional regulator, TetR family  32.42 
 
 
191 aa  87.8  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4322  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
198 aa  86.7  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136212  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5097  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 
199 aa  86.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2347  TetR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
194 aa  86.3  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462347  normal  0.0620265 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0171  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
189 aa  86.3  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0539  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
201 aa  85.9  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3406  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
201 aa  84.3  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.507531  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51850  Transcriptional regulatory protein, TetR family  32 
 
 
186 aa  84  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5678  TetR family transcriptional regulator  35.39 
 
 
200 aa  84  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.67022 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6328  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 
199 aa  82.4  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00138827  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2699  transcriptional regulator, TetR family  36.98 
 
 
197 aa  82  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3634  regulatory protein, TetR  29.47 
 
 
189 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.247606 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1758  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 
189 aa  81.6  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295684  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5341  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
194 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.601109  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1879  TetR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
179 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4587  transcriptional regulator, TetR family  33.72 
 
 
199 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.358268  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3608  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 
198 aa  81.3  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5358  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 
196 aa  80.5  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.25838  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4799  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
195 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.914161 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4724  regulatory protein, TetR  29.02 
 
 
191 aa  79.3  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28320  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
193 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.115035  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2810  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
187 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.226856  normal  0.933916 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2384  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
187 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7959  putative transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 
194 aa  77  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2880  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
187 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.924779 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0652  Transcriptional regulator protein  32.12 
 
 
196 aa  77.4  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5143  transcriptional regulator  31.87 
 
 
200 aa  77.4  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.269687  normal  0.0526166 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0030  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
196 aa  76.3  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.100703  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2902  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 
187 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.465511  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2005  transcriptional regulator, TetR family  36.29 
 
 
193 aa  73.9  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.848045  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0298  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
198 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3782  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
179 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.59056  normal  0.419733 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6064  TetR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
192 aa  73.2  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1541  TetR family transcriptional regulator  32.94 
 
 
179 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.932149  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1509  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
179 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0671702  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2995  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
205 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0523811 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>