More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6146 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6146  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
195 aa  388  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2320  TetR family transcriptional regulator  82.56 
 
 
195 aa  322  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2116  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
218 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3303  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
221 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.808306 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1766  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
196 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0390977  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3096  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 
213 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.631067  normal  0.061558 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0035  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 
206 aa  109  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00656395  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6078  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
190 aa  109  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0977252 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1293  TetR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
199 aa  106  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3941  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 
222 aa  105  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4347  transcriptional regulator, TetR family  35.14 
 
 
190 aa  105  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0741  regulatory protein, TetR  37.97 
 
 
211 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0427  transcriptional regulator, TetR family  36.41 
 
 
180 aa  101  7e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6204  transcriptional regulator, TetR family  37.84 
 
 
199 aa  101  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308886  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3545  transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 
192 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3836  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 
192 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.410307  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2973  transcriptional regulator, TetR family  35.14 
 
 
211 aa  100  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0965425 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63880  putative transcriptional regulator  33.16 
 
 
186 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1101  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 
188 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.205673  normal  0.0164026 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3577  TetR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
218 aa  99  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.702591  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5130  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
203 aa  99  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.943479  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4037  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
185 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0431559  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0107  TetR family transcriptional regulator  38.59 
 
 
199 aa  98.2  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267531  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2626  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
188 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0303  TetR family transcriptional regulator  35.18 
 
 
228 aa  96.3  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.402109  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6080  transcriptional regulator, TetR family  38.04 
 
 
199 aa  96.7  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4385  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
201 aa  96.3  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4582  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 
191 aa  95.5  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.278118  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2347  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 
194 aa  95.5  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462347  normal  0.0620265 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1602  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 
191 aa  95.1  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3906  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
189 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0242743  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5550  TetR family transcriptional regulator  39.5 
 
 
190 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1426  transcriptional regulator, TetR family  31.44 
 
 
190 aa  93.2  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.620095 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2057  transcriptional regulator, TetR family  34.22 
 
 
191 aa  93.6  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6000  TetR family transcriptional regulator  39.38 
 
 
180 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513273  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3233  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
193 aa  92.8  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.659753 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1404  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 
193 aa  92.4  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5358  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 
196 aa  92  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.25838  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0696  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
194 aa  92  5e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4120  transcriptional regulator, TetR family  36.41 
 
 
180 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4962  transcriptional regulator, TetR family  37.63 
 
 
196 aa  90.5  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0320648  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5678  TetR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
200 aa  90.5  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.67022 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4903  putative TetR family transcriptional regulator  38.42 
 
 
200 aa  89.4  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.021531  normal  0.0222673 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3797  regulatory protein TetR  35.87 
 
 
180 aa  89  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.350305  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4322  TetR family transcriptional regulator  37.23 
 
 
198 aa  89  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136212  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2441  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
193 aa  88.6  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.264842  normal  0.509096 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5150  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 
204 aa  88.6  5e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.491017  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5087  TetR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
196 aa  88.6  5e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.305126  normal  0.842071 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0195  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
194 aa  87.8  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.5282  normal  0.427112 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6374  putative transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 
191 aa  87.8  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6064  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
192 aa  87.8  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0298  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 
198 aa  84.7  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2526  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
252 aa  84.3  9e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4813  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
195 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.800631  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5405  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
195 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2276  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 
182 aa  83.6  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.14787 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2384  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
187 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5456  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
195 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.31437 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4587  transcriptional regulator, TetR family  33.66 
 
 
199 aa  82.8  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.358268  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51850  Transcriptional regulatory protein, TetR family  34.18 
 
 
186 aa  83.2  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2897  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
194 aa  82.4  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8534  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 
201 aa  82  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4724  regulatory protein, TetR  32.98 
 
 
191 aa  82  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1758  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 
189 aa  81.3  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295684  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6328  transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 
199 aa  80.9  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00138827  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2563  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
192 aa  80.5  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.227827  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2880  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
187 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.924779 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5143  transcriptional regulator  31.21 
 
 
200 aa  79.3  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.269687  normal  0.0526166 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0114  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 
197 aa  79.3  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13405  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2172  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 
185 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046251 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0030  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 
196 aa  79.3  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.100703  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2933  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 
193 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0101224  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0084  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
205 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3634  regulatory protein, TetR  28.42 
 
 
189 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.247606 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2810  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
187 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.226856  normal  0.933916 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4737  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
209 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.838213 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3383  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 
197 aa  78.6  0.00000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3184  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
186 aa  77.4  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0068  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 
193 aa  76.6  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2719  regulatory protein, TetR  35.34 
 
 
193 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.111608  normal  0.97579 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3810  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
191 aa  75.1  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3648  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
204 aa  74.7  0.0000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2902  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
187 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.465511  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5341  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 
194 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.601109  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2480  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
198 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4799  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
195 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.914161 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1188  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 
193 aa  73.6  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3608  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
198 aa  72.8  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1879  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
179 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2168  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
188 aa  71.6  0.000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0171  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 
189 aa  71.6  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 
201 aa  70.1  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
198 aa  70.1  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5110  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
205 aa  70.5  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1541  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 
179 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.932149  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2017  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 
184 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.93886 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2005  transcriptional regulator, TetR family  32.82 
 
 
193 aa  69.3  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.848045  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1221  transcriptional regulator, TetR family  32.96 
 
 
186 aa  68.9  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.342861 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3782  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 
179 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.59056  normal  0.419733 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28320  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
193 aa  68.2  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.115035  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>