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for query gene Pput_2810 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2810  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 187 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.226856  normal  0.933916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2880  TetR family transcriptional regulator  96.79 
 
 		 187 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.924779 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2902  TetR family transcriptional regulator  93.05 
 
 		 187 aa  357  8e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.465511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2384  TetR family transcriptional regulator  87.1 
 
 		 187 aa  329  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2626  TetR family transcriptional regulator  57.84 
 
 		 188 aa  206  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3906  TetR family transcriptional regulator  56.65 
 
 		 189 aa  192  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0242743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6064  TetR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 192 aa  176  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5358  transcriptional regulator, TetR family  46.96 
 
 		 196 aa  174  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.25838  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4724  regulatory protein, TetR  44.81 
 
 		 191 aa  166  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1392  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 216 aa  135  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.637203  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1617  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 188 aa  135  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2503  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 216 aa  135  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2118  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 216 aa  135  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1974  TetR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 188 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.36617  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3196  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 293 aa  134  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.431019  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2643  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2556  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28320  TetR family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 193 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.115035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63880  putative transcriptional regulator  36.02 
 
 		 186 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1758  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 189 aa  102  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295684  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3634  regulatory protein, TetR  29.63 
 
 		 189 aa  99  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.247606 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1101  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 188 aa  97.8  8e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.205673  normal  0.0164026 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3096  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 213 aa  92.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.631067  normal  0.061558 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2116  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 218 aa  90.5  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4582  TetR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 191 aa  89.7  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.278118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3303  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 221 aa  87.8  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.808306 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3941  transcriptional regulator, TetR family  31.35 
 
 		 222 aa  87.8  9e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5550  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 190 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0696  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 194 aa  86.7  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4037  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 185 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0431559  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3577  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 218 aa  84.7  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.702591  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5150  TetR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 204 aa  84  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.491017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4347  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 190 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0068  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 193 aa  83.2  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1293  TetR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 199 aa  83.2  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1426  transcriptional regulator, TetR family  29.57 
 
 		 190 aa  82  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.620095 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6080  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 199 aa  81.6  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5087  TetR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 196 aa  80.5  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.305126  normal  0.842071 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0298  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 198 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3406  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 201 aa  80.1  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.507531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4385  TetR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 201 aa  79.7  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2732  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 179 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.748169 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2320  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 195 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6078  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 190 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0977252 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0741  regulatory protein, TetR  30.73 
 
 		 211 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5130  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.943479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6146  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 195 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3545  transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3810  TetR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 191 aa  78.2  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3836  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 		 192 aa  77.4  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.410307  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6328  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 199 aa  75.9  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00138827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8534  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 201 aa  75.9  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6204  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 199 aa  76.3  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308886  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1879  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 179 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0303  TetR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.402109  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0107  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 199 aa  75.1  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267531  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3233  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 193 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.659753 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1602  transcriptional regulator, TetR family  28.34 
 
 		 191 aa  74.3  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0195  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 194 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.5282  normal  0.427112 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0084  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 205 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2057  transcriptional regulator, TetR family  30.51 
 
 		 191 aa  73.2  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1188  transcriptional regulator, TetR family  31.35 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2526  TetR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 252 aa  72.4  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1999  putative transcriptional regulator  33.89 
 
 		 180 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23590  putative transcriptional regulator  33.89 
 
 		 180 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0142024 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3184  TetR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 186 aa  72.4  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0114  transcriptional regulator, TetR family  30.57 
 
 		 197 aa  72.4  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0652  Transcriptional regulator protein  32.88 
 
 		 196 aa  72  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5456  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 195 aa  72  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.31437 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4799  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 195 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.914161 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5341  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 194 aa  71.2  0.000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.601109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4587  transcriptional regulator, TetR family  34.96 
 
 		 199 aa  71.2  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.358268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2172  transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 		 185 aa  71.2  0.000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046251 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0035  TetR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 206 aa  71.2  0.000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00656395  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1509  TetR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 179 aa  71.2  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0671702  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0171  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 189 aa  70.5  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4813  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.800631  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6374  putative transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5405  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1978  TetR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 179 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0203016  normal  0.0208763 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5143  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 200 aa  70.1  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.269687  normal  0.0526166 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3782  TetR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 179 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.59056  normal  0.419733 
 
 
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NC_009436  Ent638_2276  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 182 aa  69.3  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.14787 
 
 
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NC_010501  PputW619_1541  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 179 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.932149  normal  0.0804871 
 
 
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NC_007974  Rmet_4903  putative TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 200 aa  68.6  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.021531  normal  0.0222673 
 
 
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NC_012912  Dd1591_3493  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 193 aa  68.6  0.00000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.74894  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_2563  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 192 aa  68.6  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.227827  normal  1 
 
 
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NC_008782  Ajs_2168  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 188 aa  68.2  0.00000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011757  Mchl_4120  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 180 aa  67  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 199 aa  66.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
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NC_010172  Mext_3797  regulatory protein TetR  28.49 
 
 		 180 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.350305  normal  1 
 
 
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NC_010725  Mpop_0427  transcriptional regulator, TetR family  27.47 
 
 		 180 aa  65.9  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011666  Msil_2973  transcriptional regulator, TetR family  30.27 
 
 		 211 aa  66.2  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0965425 
 
 
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NC_007348  Reut_B4322  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 198 aa  65.5  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136212  n/a   
 
 
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NC_010510  Mrad2831_6000  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 180 aa  64.3  0.0000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513273  normal  1 
 
 
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NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 201 aa  63.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
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NC_007908  Rfer_1766  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0390977  n/a   
 
 
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NC_007963  Csal_2910  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_014230  CA2559_02185  transcriptional regulator  24.71 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.69519  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_5678  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67022 
 
 
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