More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5358 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5358  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
196 aa  399  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.25838  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6064  TetR family transcriptional regulator  68.68 
 
 
192 aa  271  6e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4724  regulatory protein, TetR  69.23 
 
 
191 aa  266  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2626  TetR family transcriptional regulator  49.73 
 
 
188 aa  187  9e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2880  TetR family transcriptional regulator  46.96 
 
 
187 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.924779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2810  TetR family transcriptional regulator  46.96 
 
 
187 aa  174  8e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.226856  normal  0.933916 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2384  TetR family transcriptional regulator  46.96 
 
 
187 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2902  TetR family transcriptional regulator  46.41 
 
 
187 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.465511  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3906  TetR family transcriptional regulator  43.58 
 
 
189 aa  157  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0242743  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1392  TetR family transcriptional regulator  40.84 
 
 
216 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.637203  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1617  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
188 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2118  TetR family transcriptional regulator  40.84 
 
 
216 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2503  TetR family transcriptional regulator  40.84 
 
 
216 aa  142  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1974  TetR family transcriptional regulator  43.6 
 
 
188 aa  141  7e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.36617  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3196  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
293 aa  140  9e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.431019  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2643  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
304 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2556  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28320  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
193 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.115035  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5150  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 
204 aa  100  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.491017  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63880  putative transcriptional regulator  33.52 
 
 
186 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3941  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 
222 aa  94.7  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1101  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
188 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.205673  normal  0.0164026 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2116  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
218 aa  92.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0084  TetR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
205 aa  92.4  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6146  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 
195 aa  92  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2320  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
195 aa  92  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3303  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
221 aa  91.3  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.808306 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4582  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 
191 aa  91.7  7e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.278118  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1293  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
199 aa  90.5  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3096  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
213 aa  90.1  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.631067  normal  0.061558 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5130  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
203 aa  90.1  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.943479  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6080  transcriptional regulator, TetR family  38.41 
 
 
199 aa  89  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6328  transcriptional regulator, TetR family  32.79 
 
 
199 aa  88.6  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00138827  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0298  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
198 aa  89  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3233  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 
193 aa  86.3  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.659753 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2526  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
252 aa  85.9  4e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2973  transcriptional regulator, TetR family  34.03 
 
 
211 aa  85.5  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0965425 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8534  transcriptional regulator, TetR family  32.96 
 
 
201 aa  84.3  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4587  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 
199 aa  84  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.358268  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5550  TetR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
190 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3184  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
186 aa  84  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0114  transcriptional regulator, TetR family  34.12 
 
 
197 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13405  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4385  TetR family transcriptional regulator  35.98 
 
 
201 aa  83.2  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0107  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
199 aa  83.2  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267531  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0696  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 
194 aa  83.6  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2897  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
194 aa  82.4  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3577  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
218 aa  81.6  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.702591  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2563  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
192 aa  81.6  0.000000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.227827  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4037  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
185 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0431559  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5678  TetR family transcriptional regulator  33.72 
 
 
200 aa  79.7  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.67022 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0303  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
228 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.402109  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2168  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
188 aa  79.3  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1766  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
196 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0390977  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2276  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
182 aa  79.7  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.14787 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1602  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 
191 aa  79.3  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3406  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
201 aa  78.6  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.507531  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6204  transcriptional regulator, TetR family  37.35 
 
 
199 aa  78.6  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308886  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0035  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
206 aa  78.6  0.00000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00656395  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5087  TetR family transcriptional regulator  35.81 
 
 
196 aa  78.6  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.305126  normal  0.842071 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3648  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
204 aa  78.2  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1758  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 
189 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295684  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3383  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
197 aa  77  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4737  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
209 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.838213 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5341  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
194 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.601109  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5405  TetR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
195 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4799  TetR family transcriptional regulator  34.08 
 
 
195 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.914161 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0652  Transcriptional regulator protein  32.43 
 
 
196 aa  75.9  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2347  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 
194 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462347  normal  0.0620265 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4813  TetR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
195 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.800631  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5456  TetR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
195 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.31437 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3836  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 
192 aa  74.7  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.410307  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3634  regulatory protein, TetR  28.02 
 
 
189 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.247606 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0195  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 
194 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.5282  normal  0.427112 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3545  transcriptional regulator, TetR family  29.47 
 
 
192 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4322  TetR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
198 aa  73.2  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136212  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0427  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 
180 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3608  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
198 aa  72.8  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2017  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
184 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.93886 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2172  transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 
185 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046251 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1426  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 
190 aa  71.2  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.620095 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2057  transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 
191 aa  71.2  0.000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0068  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 
193 aa  71.2  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4903  putative TetR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
200 aa  70.9  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.021531  normal  0.0222673 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5143  transcriptional regulator  31.28 
 
 
200 aa  70.9  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.269687  normal  0.0526166 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2732  TetR family transcriptional regulator  36.25 
 
 
179 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.748169 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0171  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 
189 aa  69.3  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1879  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
179 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6078  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
190 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0977252 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4347  transcriptional regulator, TetR family  28.27 
 
 
190 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3810  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 
191 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2933  transcriptional regulator, TetR family  29.24 
 
 
193 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0101224  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
195 aa  65.9  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6374  putative transcriptional regulator, TetR family  27.41 
 
 
191 aa  65.1  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 
200 aa  65.1  0.0000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2480  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
198 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3493  transcriptional regulator, TetR family  27.57 
 
 
193 aa  65.1  0.0000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.74894  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1969  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
205 aa  64.7  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0320964 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  32.59 
 
 
195 aa  64.7  0.0000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5097  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 
199 aa  64.3  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4221  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
206 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360052  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>