More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4737 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_4737  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
209 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.838213 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5272  TetR family transcriptional regulator  95.38 
 
 
173 aa  333  1e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.118742  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3648  TetR family transcriptional regulator  73.89 
 
 
204 aa  304  8.000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2168  TetR family transcriptional regulator  70.62 
 
 
188 aa  261  6.999999999999999e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2933  transcriptional regulator, TetR family  67.91 
 
 
193 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0101224  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2017  TetR family transcriptional regulator  64.71 
 
 
184 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.93886 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2719  regulatory protein, TetR  68.45 
 
 
193 aa  251  6e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.111608  normal  0.97579 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2480  TetR family transcriptional regulator  63.1 
 
 
198 aa  239  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2172  transcriptional regulator, TetR family  62.23 
 
 
185 aa  237  1e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046251 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3184  TetR family transcriptional regulator  61.62 
 
 
186 aa  234  6e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2057  transcriptional regulator, TetR family  62.16 
 
 
191 aa  229  2e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2276  TetR family transcriptional regulator  57.61 
 
 
182 aa  223  2e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.14787 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2005  transcriptional regulator, TetR family  66.84 
 
 
193 aa  218  5e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.848045  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0114  transcriptional regulator, TetR family  57.38 
 
 
197 aa  204  7e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13405  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5143  transcriptional regulator  39.71 
 
 
200 aa  137  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.269687  normal  0.0526166 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0084  TetR family transcriptional regulator  43.81 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2563  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 
192 aa  124  9e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.227827  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5678  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 
200 aa  124  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.67022 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8534  transcriptional regulator, TetR family  38.92 
 
 
201 aa  122  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2347  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
194 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462347  normal  0.0620265 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3493  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 
193 aa  120  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.74894  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0195  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 
194 aa  119  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.5282  normal  0.427112 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0427  transcriptional regulator, TetR family  42.94 
 
 
180 aa  118  7e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4120  transcriptional regulator, TetR family  40.22 
 
 
180 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6000  TetR family transcriptional regulator  41.85 
 
 
180 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513273  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3797  regulatory protein TetR  40.22 
 
 
180 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.350305  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3608  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 
198 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5087  TetR family transcriptional regulator  40.41 
 
 
196 aa  113  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.305126  normal  0.842071 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2973  transcriptional regulator, TetR family  37.2 
 
 
211 aa  109  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0965425 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5405  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
195 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5341  TetR family transcriptional regulator  41.99 
 
 
194 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.601109  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5456  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
195 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.31437 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4799  TetR family transcriptional regulator  41.99 
 
 
195 aa  108  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.914161 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4813  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
195 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.800631  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1404  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 
193 aa  107  9.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3545  transcriptional regulator, TetR family  34.74 
 
 
192 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3836  transcriptional regulator, TetR family  35.26 
 
 
192 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.410307  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2441  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
193 aa  106  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.264842  normal  0.509096 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4322  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
198 aa  105  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136212  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1188  transcriptional regulator, TetR family  34.9 
 
 
193 aa  104  8e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2116  TetR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
218 aa  104  9e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5130  TetR family transcriptional regulator  38.86 
 
 
203 aa  103  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.943479  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0539  TetR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
201 aa  103  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1293  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 
199 aa  100  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4903  putative TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
200 aa  100  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.021531  normal  0.0222673 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3096  TetR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
213 aa  99  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.631067  normal  0.061558 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3303  TetR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
221 aa  99  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.808306 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4962  transcriptional regulator, TetR family  39.32 
 
 
196 aa  98.6  6e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0320648  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1602  transcriptional regulator, TetR family  35.79 
 
 
191 aa  97.8  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3577  TetR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
218 aa  98.2  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.702591  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6374  putative transcriptional regulator, TetR family  39.5 
 
 
191 aa  97.8  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6078  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
190 aa  97.8  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0977252 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1426  transcriptional regulator, TetR family  36.98 
 
 
190 aa  96.3  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.620095 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3233  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 
193 aa  95.5  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.659753 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5110  TetR family transcriptional regulator  35.41 
 
 
205 aa  94  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3941  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
222 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63880  putative transcriptional regulator  34.38 
 
 
186 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5097  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
199 aa  92.8  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4582  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
191 aa  92.4  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.278118  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0107  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
199 aa  92.4  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267531  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2526  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
252 aa  92  6e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51850  Transcriptional regulatory protein, TetR family  34.21 
 
 
186 aa  90.5  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2699  transcriptional regulator, TetR family  37.76 
 
 
197 aa  90.5  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4385  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
201 aa  89.7  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0068  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
193 aa  89  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4347  transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 
190 aa  88.6  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6064  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
192 aa  87.4  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0303  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
228 aa  87  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.402109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0741  regulatory protein, TetR  34.24 
 
 
211 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1766  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
196 aa  85.5  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0390977  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1101  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
188 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.205673  normal  0.0164026 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4681  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
204 aa  85.1  7e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.972531  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6204  transcriptional regulator, TetR family  34.81 
 
 
199 aa  84.7  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308886  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3406  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
201 aa  84  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.507531  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6080  transcriptional regulator, TetR family  35.23 
 
 
199 aa  84  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2995  TetR family transcriptional regulator  42.22 
 
 
205 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0523811 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2320  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
195 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1758  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 
189 aa  81.6  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295684  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5150  TetR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
204 aa  80.1  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.491017  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0171  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 
189 aa  79.3  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0035  TetR family transcriptional regulator  35.91 
 
 
206 aa  79.3  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00656395  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6146  transcriptional regulator, TetR family  31.31 
 
 
195 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1509  TetR family transcriptional regulator  34.05 
 
 
179 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0671702  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1978  TetR family transcriptional regulator  34.05 
 
 
179 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0203016  normal  0.0208763 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5358  transcriptional regulator, TetR family  32.63 
 
 
196 aa  77  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.25838  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3782  TetR family transcriptional regulator  34.05 
 
 
179 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.59056  normal  0.419733 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4037  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
185 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0431559  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0696  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
194 aa  75.9  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4724  regulatory protein, TetR  31.68 
 
 
191 aa  75.5  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3810  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
191 aa  74.7  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5550  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
190 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1541  TetR family transcriptional regulator  32.42 
 
 
179 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.932149  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3634  regulatory protein, TetR  27.59 
 
 
189 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.247606 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1221  transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 
186 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.342861 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1974  TetR family transcriptional regulator  31.74 
 
 
188 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.36617  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2643  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
304 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2556  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
304 aa  72  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3196  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
293 aa  72  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.431019  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28320  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
193 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.115035  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1392  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
216 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.637203  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>