More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_28390 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_28390  transcriptional regulator  100 
 
 		 195 aa  385  1e-106  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7205  transcriptional regulator, TetR family  41.99 
 
 		 188 aa  125  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.61042  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5020  putative transcriptional regulator, TetR family  44.83 
 
 		 196 aa  124  8.000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294081  normal  0.0543061 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2304  transcriptional regulator, TetR family  44.94 
 
 		 201 aa  122  3e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1453  transcriptional regulator, TetR family  37.08 
 
 		 183 aa  118  7e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4004  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 196 aa  90.5  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.638592  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2948  transcriptional regulator, TetR family  34.71 
 
 		 193 aa  67.4  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000720602  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5016  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000793722  normal  0.491919 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2114  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 193 aa  63.2  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1076  transcriptional regulator, TetR family  38.14 
 
 		 220 aa  62.4  0.000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.66869  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1949  hypothetical protein  25.27 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1965  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 206 aa  61.6  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0526053  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3185  transcriptional regulator, TetR family  25.41 
 
 		 192 aa  60.8  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1938  hypothetical protein  25 
 
 		 186 aa  60.1  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3052  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 183 aa  60.5  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.186092 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3360  TetR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0195  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 194 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.5282  normal  0.427112 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2304  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.808365 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3359  transcriptional regulator, TetR family  46.67 
 
 		 192 aa  58.2  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000478711  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2924  regulatory protein TetR  34.76 
 
 		 204 aa  57.8  0.00000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  34.82 
 
 		 196 aa  57.8  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4071  putative transcriptional regulator, TetR family  30.51 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294777  normal  0.94431 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 194 aa  57  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0676  TetR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 191 aa  57  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.49013  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5185  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5674  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166194  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4561  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.286179  normal  0.0846577 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2116  transcriptional regulator, TetR family  55.32 
 
 		 192 aa  56.2  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  31.25 
 
 		 197 aa  55.8  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2993  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3677  transcriptional regulator, TetR family  24.44 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.503409  normal  0.650375 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0024  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4404  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 199 aa  55.5  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0114676  normal  0.191291 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1277  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0101868  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4813  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 223 aa  54.7  0.0000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0726  regulatory protein TetR  27.72 
 
 		 200 aa  54.7  0.0000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4057  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 191 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01911  putative transcription regulator protein  28.05 
 
 		 191 aa  54.7  0.0000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0303213 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5341  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 194 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.601109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2654  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 196 aa  54.7  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5186  transcriptional regulator, TetR family  48 
 
 		 185 aa  54.7  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.225373  normal  0.188797 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1116  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 209 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.863597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0913  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 186 aa  54.3  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  32.41 
 
 		 222 aa  53.9  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63880  putative transcriptional regulator  27.66 
 
 		 186 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5283  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 208 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261053 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3312  transcriptional regulator UidR  29.37 
 
 		 198 aa  53.9  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1605  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 187 aa  53.9  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1204  transcriptional regulator, TetR family  34.58 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.260768  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4587  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.358268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 199 aa  53.1  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3570  transcriptional regulator, TetR family  34.13 
 
 		 175 aa  53.5  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00083347  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2800  TetR family transcriptional regulator  54.35 
 
 		 224 aa  53.5  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.697977  decreased coverage  0.000162176 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  32.56 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4799  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 195 aa  53.1  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.914161 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  34.67 
 
 		 197 aa  53.9  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4076  putative transcriptional regulator  35.4 
 
 		 204 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462339  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 212 aa  53.1  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 200 aa  52.8  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1543  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 236 aa  52.8  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.470889 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1467  TetR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 192 aa  52.8  0.000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.861342  normal  0.113855 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47240  putative transcriptional regulator  36.96 
 
 		 204 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4094  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 204 aa  53.1  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4327  regulatory protein, TetR  34.18 
 
 		 182 aa  52.8  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.809003  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5096  transcriptional regulator, TetR family  24.6 
 
 		 197 aa  52.8  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.841888  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2601  regulatory protein, TetR  45 
 
 		 224 aa  52.8  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.354794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4358  regulatory protein, TetR  29.02 
 
 		 220 aa  52.8  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2760  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 203 aa  52.4  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000891417  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5293  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 210 aa  52.4  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  34.88 
 
 		 194 aa  52.4  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2650  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 211 aa  52.4  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1060  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 186 aa  52.4  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0130577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 212 aa  52.4  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3299  transcriptional regulator, TetR family  31.17 
 
 		 307 aa  52  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4278  transcriptional regulator, TetR family  52.83 
 
 		 199 aa  52  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2838  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 202 aa  52.4  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0068  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 193 aa  52.4  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2880  TetR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 192 aa  52  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.226546 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 213 aa  52  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  53.49 
 
 		 229 aa  52  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 193 aa  52  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  25.68 
 
 		 199 aa  52  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  35.24 
 
 		 218 aa  51.6  0.000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4464  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 204 aa  52  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0680244 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3750  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 230 aa  52  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22730  transcriptional regulator, TetR family  32.79 
 
 		 216 aa  52  0.000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  27.82 
 
 		 215 aa  51.6  0.000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1133  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 206 aa  51.6  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.660169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4436  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 202 aa  51.6  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0578844 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4342  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 218 aa  51.6  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243053 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2868  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 184 aa  51.6  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0239599 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2720  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 194 aa  51.6  0.000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.532546  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 205 aa  51.2  0.000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 212 aa  51.6  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>