More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1543 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_1543  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 236 aa  464  9.999999999999999e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.470889 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2194  regulatory protein, TetR  47.66 
 
 		 218 aa  205  4e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1559  transcriptional regulator, TetR family  46 
 
 		 221 aa  148  6e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.286529  normal  0.011068 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1510  transcriptional regulator, TetR family  48.63 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.116924  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3849  transcriptional regulator, TetR family  41.06 
 
 		 211 aa  146  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.782429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2443  transcriptional regulator, TetR family  44.17 
 
 		 229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0220439  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2186  regulatory protein, TetR  43.52 
 
 		 237 aa  139  4.999999999999999e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0401  transcriptional regulator, TetR family  38.42 
 
 		 245 aa  138  6e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0464223  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4743  transcriptional regulator, TetR family  40.5 
 
 		 213 aa  138  7e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.832036  normal  0.727268 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1059  TetR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 217 aa  132  6e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1060  TetR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 227 aa  131  9e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3736  transcriptional regulator, TetR family  41.76 
 
 		 210 aa  130  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5792  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 216 aa  129  6e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0403  transcriptional regulator, TetR family  39.69 
 
 		 213 aa  122  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.472446  normal  0.522596 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3302  transcriptional regulator, TetR family  38.35 
 
 		 220 aa  115  8.999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0143  TetR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 266 aa  109  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.170765  normal  0.0134311 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5106  putative transcriptional regulator, TetR family  44.24 
 
 		 229 aa  109  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0586714 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4614  transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 222 aa  109  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27910  transcriptional regulator, tetR family  44.3 
 
 		 194 aa  108  7.000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.839534  normal  0.794272 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2647  transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 		 217 aa  106  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4255  transcriptional regulator, TetR family  37.57 
 
 		 223 aa  104  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.228182 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0256  transcriptional regulator, TetR family  34.18 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.968825 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8507  putative transcriptional regulator, TetR family  36.18 
 
 		 199 aa  99.4  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0946  TetR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 223 aa  98.2  9e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.123031  normal  0.934208 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2209  putative transcriptional regulator, TetR family  39.11 
 
 		 202 aa  98.2  9e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.594451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4782  transcriptional regulator, TetR family  32.63 
 
 		 205 aa  95.5  7e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.682663 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4087  transcriptional regulator, TetR family  36.81 
 
 		 228 aa  94.4  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.98142 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4108  regulatory protein TetR  41.77 
 
 		 189 aa  92.4  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0873  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 196 aa  91.3  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.682179 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2402  transcriptional regulator, TetR family  33.18 
 
 		 259 aa  90.5  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0404395  hitchhiker  0.00830545 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2583  TetR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 184 aa  90.1  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3889  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 299 aa  88.6  8e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.110513  normal  0.292317 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2572  transcriptional regulator, TetR family  35.42 
 
 		 208 aa  88.6  8e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0331  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 211 aa  87.8  1e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2165  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 188 aa  87  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.289199  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5011  putative transcriptional regulator, TetR family  36.27 
 
 		 203 aa  86.7  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5811  transcriptional regulator, TetR family  38 
 
 		 222 aa  85.9  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.78864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8965  putative transcriptional regulator, TetR family  38.56 
 
 		 173 aa  85.5  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2344  TetR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 195 aa  85.1  8e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.914652  normal  0.958906 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3012  transcriptional regulator, TetR family  31.16 
 
 		 219 aa  85.1  8e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.367148  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2460  transcriptional regulator TetR family  32.16 
 
 		 231 aa  85.1  9e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.337543  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3313  transcriptional regulator, TetR family  33.69 
 
 		 209 aa  84.3  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0137945 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0551  transcriptional regulator, TetR family  35.35 
 
 		 213 aa  83.6  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6450  putative transcriptional regulator, TetR family  36.49 
 
 		 188 aa  83.2  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000363867  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3643  TetR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 193 aa  83.2  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.259475 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4153  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 201 aa  82  0.000000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2753  transcriptional regulator, TetR family  35.5 
 
 		 197 aa  81.6  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.920315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0257  transcriptional regulator, TetR family  32.22 
 
 		 188 aa  81.3  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0528  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 192 aa  80.5  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1452  transcriptional regulator, TetR family  36.07 
 
 		 199 aa  80.9  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3089  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 194 aa  80.1  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.544244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4122  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.937449  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2145  regulatory protein TetR  51.61 
 
 		 202 aa  79  0.00000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4496  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4583  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.204371 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4879  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.089814 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7965  transcriptional regulator, TetR family  31.66 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5174  putative transcriptional regulator, TetR family  35.64 
 
 		 199 aa  78.2  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0107413  hitchhiker  0.00860579 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3964  regulatory protein, TetR  34.22 
 
 		 174 aa  78.2  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0512  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 201 aa  77.8  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3360  putative transcriptional regulator, TetR family  39.88 
 
 		 195 aa  77  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0575014  normal  0.0807522 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2082  TetR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.707257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1139  TetR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 193 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.564798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1574  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 195 aa  77  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0394993 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2868  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 184 aa  76.3  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0239599 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4423  regulatory protein TetR  35.71 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310024  normal  0.345836 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0570  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 188 aa  75.1  0.0000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5863  transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 		 186 aa  75.1  0.0000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.602897  normal  0.34108 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1492  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 200 aa  75.1  0.0000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.628172 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2182  transcriptional regulator, TetR family  58.33 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5801  regulatory protein TetR  56.72 
 
 		 190 aa  74.7  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.813515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5248  putative transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.66171 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2757  transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 		 179 aa  73.6  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.331612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6635  TetR family transcriptional regulator  54.65 
 
 		 214 aa  73.9  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4348  TetR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 174 aa  73.6  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2557  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 186 aa  73.9  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2714  transcriptional regulator, TetR family  62.5 
 
 		 183 aa  74.3  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000000526113  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2057  putative transcriptional regulator, TetR family  32.34 
 
 		 223 aa  73.9  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334012  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2615  transcriptional regulator, TetR family  36.27 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4327  regulatory protein, TetR  30.11 
 
 		 182 aa  73.2  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.809003  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05498  putative transcription regulator protein  35.04 
 
 		 197 aa  72.4  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.806773 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5119  transcriptional regulator, TetR family  29.75 
 
 		 189 aa  72.4  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.891225  normal  0.419875 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0387  regulatory protein TetR  34.3 
 
 		 211 aa  72.4  0.000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.618226  normal  0.0295427 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1959  transcriptional regulator, TetR family  35.64 
 
 		 213 aa  72  0.000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0909176  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6690  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 250 aa  72  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1919  regulatory protein TetR  36.84 
 
 		 197 aa  72  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.543101  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6201  transcriptional regulator, TetR family  39.88 
 
 		 189 aa  72  0.000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0829103  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0435  TetR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 184 aa  71.6  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4064  regulatory protein TetR  36.65 
 
 		 190 aa  70.9  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1788  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 194 aa  70.5  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2539  TetR family transcriptional regulator  59.65 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.480569  hitchhiker  0.0000324052 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5172  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0767  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 227 aa  70.1  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.148012 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0606  TetR family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 194 aa  69.3  0.00000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.288267  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0619  TetR family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 194 aa  69.3  0.00000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.594999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0597  TetR family transcriptional regulator  52.05 
 
 		 194 aa  69.3  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1648  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 199 aa  68.9  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.298566  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2786  regulatory protein TetR  38.36 
 
 		 243 aa  68.9  0.00000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4437  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 192 aa  68.9  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4328  transcriptional regulator, TetR family  41.41 
 
 		 196 aa  68.9  0.00000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>