More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4404 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4404  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 199 aa  404  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0114676  normal  0.191291 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3009  transcriptional regulator, TetR family  38.17 
 
 		 187 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3260  transcriptional regulator, TetR family  38.02 
 
 		 187 aa  121  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2329  TetR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 186 aa  117  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.148714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5866  TetR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 236 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6105  TetR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 201 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93473  normal  0.666323 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6061  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 191 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.660328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6545  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 227 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.129926 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5697  TetR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 227 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949992  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5991  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 244 aa  101  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0553876 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0041  TetR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 192 aa  100  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0730  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 187 aa  100  2e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0872  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 190 aa  98.6  5e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.956466  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  34.97 
 
 		 186 aa  96.7  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1991  transcriptional regulator, TetR family  36.65 
 
 		 188 aa  95.9  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5533  transcriptional regulator, TetR family  32.79 
 
 		 222 aa  89.4  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0981  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 178 aa  89  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3328  regulatory protein, TetR  32.24 
 
 		 187 aa  88.6  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4211  transcriptional regulator, TetR family  29.31 
 
 		 178 aa  88.2  8e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.954356 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1094  transcriptional regulator, TetR family  31.01 
 
 		 168 aa  85.5  5e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0622  transcriptional regulator, TetR family  32.16 
 
 		 181 aa  85.5  5e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7518  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 185 aa  85.1  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5284  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 208 aa  82.8  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0597036  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2349  TetR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 357 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00426882  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3570  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 175 aa  80.5  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00083347  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0052  transcriptional regulator, TetR family  36.25 
 
 		 188 aa  79  0.00000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.612692  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4428  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 187 aa  78.6  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.89429  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2002  TetR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 183 aa  77.4  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.700466  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0827  transcriptional regulator, TetR family  30.16 
 
 		 179 aa  77.4  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.843783  normal  0.883408 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2362  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 179 aa  75.9  0.0000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5248  transcriptional regulator, TetR family  37.42 
 
 		 178 aa  73.2  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1320  TetR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.010897  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8111  putative transcriptional regulator, TetR family  35.91 
 
 		 168 aa  72  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2786  transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 		 190 aa  71.2  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2794  transcriptional regulator, TetR family  28.31 
 
 		 184 aa  70.9  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13730  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 181 aa  70.5  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.839534  normal  0.161793 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2025  transcriptional regulator, TetR family  31.29 
 
 		 196 aa  70.1  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0232401  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1090  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2113  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1067  transcriptional regulator, TetR family  32.56 
 
 		 212 aa  68.6  0.00000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.530116 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1051  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 188 aa  67.8  0.00000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2114  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 183 aa  67.4  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.328011  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3407  transcriptional regulator, TetR family  36.31 
 
 		 178 aa  65.9  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2360  regulatory protein, TetR  28.12 
 
 		 190 aa  64.3  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.173305 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3825  regulatory protein TetR  44.16 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.141016  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4974  transcriptional regulator, TetR family  34.36 
 
 		 186 aa  63.2  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2179  transcriptional regulator, TetR family  25.39 
 
 		 192 aa  62.8  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2152  transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 		 185 aa  62.4  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1114  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 186 aa  62.8  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.213128 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4803  transcriptional regulator, TetR family  39.42 
 
 		 193 aa  60.1  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.539659  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5492  transcriptional regulator, TetR family  37.63 
 
 		 177 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.56711 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0184  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 335 aa  60.1  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000505732  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19020  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3227  transcriptional regulator, TetR family  36.21 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0953  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 184 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.712721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1550  transcriptional regulator, TetR family  43.28 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4488  transcriptional regulator, TetR family  48.33 
 
 		 190 aa  58.2  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.14916  normal  0.0536152 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2175  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  38.39 
 
 		 202 aa  57.4  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5494  transcriptional regulator, TetR family  33.03 
 
 		 141 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.769028  normal  0.39499 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2560  putative transcription regulator protein  29.75 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0102643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0286  TetR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 177 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.945519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4557  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 199 aa  57  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2157  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.105803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  36.79 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0439  transcriptional regulator, TetR family  42.67 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3359  transcriptional regulator, TetR family  54.24 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000478711  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28390  transcriptional regulator  31.71 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0880  transcriptional regulator, TetR family  50.88 
 
 		 181 aa  55.5  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24710  transcriptional regulator, tetR family  42.67 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  26.67 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02650  transcriptional regulator, tetR family  44.83 
 
 		 179 aa  55.1  0.0000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 291 aa  54.7  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3984  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 191 aa  54.3  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.567303 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2832  transcriptional regulator, TetR family  53.06 
 
 		 204 aa  54.7  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  34.88 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 		 206 aa  53.9  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  34.88 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3529  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 224 aa  54.3  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 241 aa  54.3  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4165  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 232 aa  53.9  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367589  normal  0.612517 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2511  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 172 aa  54.3  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 242 aa  54.3  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  34.88 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  34.88 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  34.88 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  34.88 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  48.33 
 
 		 225 aa  53.1  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0538  transcriptional regulator, TetR family  53.7 
 
 		 195 aa  53.5  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1337  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 182 aa  53.1  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0763  TetR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 183 aa  53.1  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.673415  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 235 aa  52.4  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  52 
 
 		 221 aa  52.4  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2411  transcriptional regulator, TetR family  29.08 
 
 		 205 aa  52.8  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.147912 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  52 
 
 		 220 aa  52.8  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2783  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 187 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>