More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2329 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2329  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 186 aa  373  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.148714  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_3009  transcriptional regulator, TetR family  56.22 
 
 		 187 aa  201  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3260  transcriptional regulator, TetR family  55.14 
 
 		 187 aa  197  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3328  regulatory protein, TetR  47.17 
 
 		 187 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1991  transcriptional regulator, TetR family  46.91 
 
 		 188 aa  151  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0730  TetR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 187 aa  146  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007614  Nmul_A0041  TetR family transcriptional regulator  45.29 
 
 		 192 aa  146  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007969  Pcryo_0872  TetR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 190 aa  143  1e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.956466  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  43.02 
 
 		 186 aa  142  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.243165 
 
 
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NC_007519  Dde_2349  TetR family transcriptional regulator  42.94 
 
 		 357 aa  129  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00426882  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4404  TetR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 199 aa  117  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0114676  normal  0.191291 
 
 
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NC_011004  Rpal_4428  transcriptional regulator, TetR family  40.96 
 
 		 187 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.89429  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5697  TetR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 227 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949992  n/a   
 
 
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NC_008544  Bcen2424_6061  TetR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 191 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.660328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6545  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 227 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.129926 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5866  TetR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 236 aa  111  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6105  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 201 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93473  normal  0.666323 
 
 
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NC_010087  Bmul_5991  TetR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 244 aa  101  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0553876 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5494  transcriptional regulator, TetR family  61.45 
 
 		 141 aa  97.8  7e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.769028  normal  0.39499 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2786  transcriptional regulator, TetR family  36.94 
 
 		 190 aa  95.1  5e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0827  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 179 aa  92.4  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.843783  normal  0.883408 
 
 
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NC_013216  Dtox_2794  transcriptional regulator, TetR family  34.36 
 
 		 184 aa  85.9  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_5284  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 208 aa  85.1  5e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0597036  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4211  transcriptional regulator, TetR family  29.34 
 
 		 178 aa  80.9  0.000000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.954356 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7518  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 185 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_0981  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 178 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0622  transcriptional regulator, TetR family  29.55 
 
 		 181 aa  78.2  0.00000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013440  Hoch_5533  transcriptional regulator, TetR family  33.15 
 
 		 222 aa  77.8  0.00000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3570  transcriptional regulator, TetR family  36.94 
 
 		 175 aa  77.4  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00083347  n/a   
 
 
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NC_011725  BCB4264_A1094  transcriptional regulator, TetR family  30.72 
 
 		 168 aa  77  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2002  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 183 aa  77  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.700466  n/a   
 
 
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NC_008148  Rxyl_1320  TetR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.010897  n/a   
 
 
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NC_002976  SERP2362  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 179 aa  75.1  0.0000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2511  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 172 aa  74.3  0.0000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1067  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 212 aa  73.6  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.530116 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8111  putative transcriptional regulator, TetR family  35.9 
 
 		 168 aa  68.9  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2157  TetR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 187 aa  67.4  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.105803  normal  1 
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B0953  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 184 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.712721  normal  1 
 
 
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NC_013947  Snas_5248  transcriptional regulator, TetR family  37.82 
 
 		 178 aa  66.6  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4974  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 		 186 aa  66.6  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0603654 
 
 
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NC_009428  Rsph17025_1153  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.23421  normal  1 
 
 
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NC_009667  Oant_2175  TetR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 205 aa  65.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011071  Smal_2025  transcriptional regulator, TetR family  25.75 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0232401  normal  1 
 
 
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NC_009832  Spro_2686  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 181 aa  63.2  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.39833  hitchhiker  0.00361312 
 
 
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NC_008254  Meso_2620  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 194 aa  63.5  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.727172  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_1498  TetR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 189 aa  62.8  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.437225  normal  0.170332 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2801  TetR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 189 aa  62.8  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012792  Vapar_5875  transcriptional regulator, TetR family  40.74 
 
 		 218 aa  62.4  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013093  Amir_2113  transcriptional regulator, TetR family  29.12 
 
 		 182 aa  62.4  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008726  Mvan_3347  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 187 aa  62  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.084846  normal  0.752924 
 
 
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NC_013521  Sked_13730  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 181 aa  62  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.839534  normal  0.161793 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4803  transcriptional regulator, TetR family  38.04 
 
 		 193 aa  61.6  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.539659  n/a   
 
 
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NC_009505  BOV_1051  TetR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 188 aa  61.2  0.000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_004310  BR1090  TetR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 188 aa  61.2  0.000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_5162  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.186575 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2152  transcriptional regulator, TetR family  25.29 
 
 		 185 aa  60.8  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3228  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 194 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00722998  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2970  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2044  transcriptional regulator, TetR family  28.32 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.505226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3236  transcriptional regulator, TetR family  28.32 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0469246  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2838  transcriptional regulator, TetR family  30.12 
 
 		 183 aa  60.1  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2926  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.529467  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3194  transcriptional regulator, TetR family  28.32 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0897  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0856  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 194 aa  59.7  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.257581  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0955  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0880  transcriptional regulator, TetR family  57.41 
 
 		 181 aa  58.9  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3212  transcriptional regulator, TetR family  28.32 
 
 		 188 aa  58.9  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1451  transcriptional regulator, TetR family  28.02 
 
 		 428 aa  58.5  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0401  transcriptional regulator, TetR family  31.45 
 
 		 245 aa  58.2  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0464223  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1116  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 184 aa  58.2  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1114  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.213128 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0538  transcriptional regulator, TetR family  45.9 
 
 		 195 aa  57.8  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1840  transcriptional regulator, TetR family  28.14 
 
 		 415 aa  57  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2783  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2179  transcriptional regulator, TetR family  26.34 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0439  transcriptional regulator, TetR family  51.72 
 
 		 180 aa  57.4  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2560  putative transcription regulator protein  32.26 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0102643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3252  TetR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4711  transcriptional regulator, TetR family  32.94 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.492793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4342  regulatory protein TetR  32.94 
 
 		 186 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.525641  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0987  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.995143  n/a   
 
 
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NC_010505  Mrad2831_0286  TetR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 177 aa  55.1  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.945519  normal  1 
 
 
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NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  37.88 
 
 		 206 aa  54.7  0.0000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009664  Krad_4488  transcriptional regulator, TetR family  44.83 
 
 		 190 aa  54.7  0.0000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.14916  normal  0.0536152 
 
 
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NC_009380  Strop_2360  regulatory protein, TetR  25.9 
 
 		 190 aa  54.7  0.0000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.173305 
 
 
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NC_008699  Noca_1287  regulatory protein, TetR  36.84 
 
 		 234 aa  54.7  0.0000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009667  Oant_1884  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 189 aa  54.3  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.652086  n/a   
 
 
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NC_010725  Mpop_4859  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 186 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.205859 
 
 
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NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.71 
 
 		 213 aa  53.9  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
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NC_008541  Arth_0763  TetR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 183 aa  53.1  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.673415  n/a   
 
 
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NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 202 aa  52.4  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 212 aa  52.4  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
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NC_011758  Mchl_5492  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 177 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.56711 
 
 
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NC_009664  Krad_2479  transcriptional regulator, TetR family  37 
 
 		 230 aa  52.4  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 202 aa  52.4  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 210 aa  52  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
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NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 211 aa  52  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
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NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 215 aa  51.6  0.000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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