284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5875 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5875  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 218 aa  433  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4004  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 209 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0894492  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4323  regulatory protein, TetR  35.33 
 
 		 201 aa  92.8  4e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0245964 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4763  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 201 aa  90.5  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.781145  decreased coverage  0.0000189499 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4557  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 199 aa  89.7  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3584  regulatory protein TetR  32.98 
 
 		 204 aa  85.1  7e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0125026  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1206  regulatory protein TetR  38.04 
 
 		 194 aa  84.7  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.790266  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5436  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 		 205 aa  81.6  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.770498 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16550  transcriptional regulator, TetR family  35.09 
 
 		 207 aa  80.1  0.00000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.882037  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1709  transcriptional regulator, TetR family  33.91 
 
 		 195 aa  79.7  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3227  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 204 aa  74.7  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24710  transcriptional regulator, tetR family  32.39 
 
 		 198 aa  68.9  0.00000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2337  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 214 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0181151 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5205  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 235 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.155344  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5654  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 235 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.346197  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1550  transcriptional regulator, TetR family  28.98 
 
 		 209 aa  62.4  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2329  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 186 aa  62.4  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.148714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4581  TetR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 235 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000712688 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4678  TetR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.288116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12926  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 195 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.394038 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1564  transcriptional regulator, TetR family  36.94 
 
 		 228 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.127259  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2620  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.727172  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2175  TetR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5279  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00504673 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3529  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2273  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 236 aa  56.6  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.702073 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3825  regulatory protein TetR  31.41 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.141016  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2832  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3418  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111441  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3359  transcriptional regulator, TetR family  32.76 
 
 		 192 aa  54.7  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000478711  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1329  transcriptional regulator, TetR family  27 
 
 		 205 aa  54.3  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.851315 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2779  transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 185 aa  54.7  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.441306  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0730  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 187 aa  53.5  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0992  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 226 aa  53.9  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000245295 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4436  transcriptional regulator, TetR family  27.93 
 
 		 202 aa  53.1  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0578844 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 194 aa  52.8  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5248  transcriptional regulator, TetR family  40.28 
 
 		 178 aa  52.8  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0872  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 190 aa  52.4  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.956466  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1090  TetR family transcriptional regulator  45 
 
 		 188 aa  50.8  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1051  TetR family transcriptional regulator  45 
 
 		 188 aa  50.8  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1620  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 196 aa  51.2  0.00001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.0021024  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1778  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 211 aa  50.4  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2310  TetR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 198 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.145827  normal  0.0377448 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1114  transcriptional regulator, TetR family  40.74 
 
 		 186 aa  50.4  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.213128 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3550  TetR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123962  normal  0.200142 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4404  TetR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 199 aa  50.1  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0114676  normal  0.191291 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8152  putative transcriptional regulator, TetR family  33.94 
 
 		 174 aa  50.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.687421 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2908  TetR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 206 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.906058 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3717  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 191 aa  49.7  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4065  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 193 aa  49.3  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 202 aa  49.7  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 202 aa  49.3  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 		 255 aa  49.7  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3009  transcriptional regulator, TetR family  32.53 
 
 		 187 aa  48.9  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3701  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 178 aa  49.3  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.076632  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3570  transcriptional regulator, TetR family  46.15 
 
 		 175 aa  49.3  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00083347  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5284  TetR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 208 aa  48.9  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0597036  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2349  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 357 aa  48.9  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00426882  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0763  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 183 aa  48.9  0.00006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.673415  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1444  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 225 aa  48.5  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0101817  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1944  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 429 aa  48.1  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2838  transcriptional regulator, TetR family  41.82 
 
 		 183 aa  48.1  0.00009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 291 aa  48.1  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4327  regulatory protein, TetR  32.63 
 
 		 182 aa  48.1  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.809003  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2269  putative transcriptional regulator  32 
 
 		 207 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.629172  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0268  TetR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.784596 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5533  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 222 aa  47.4  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0880  transcriptional regulator, TetR family  45.1 
 
 		 181 aa  48.1  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0439  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 180 aa  47.8  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1811  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26760  putative transcriptional regulator  32.97 
 
 		 198 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2801  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3407  transcriptional regulator, TetR family  33.61 
 
 		 178 aa  47.4  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  37.66 
 
 		 210 aa  47.8  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8111  putative transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 168 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 192 aa  47.4  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 215 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2304  TetR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 225 aa  47  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.808365 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5174  putative transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 199 aa  47  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0107413  hitchhiker  0.00860579 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 186 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3328  regulatory protein, TetR  33.77 
 
 		 187 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0936  transcriptional regulator, TetR family protein  37.5 
 
 		 206 aa  47.4  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3252  TetR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 200 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 		 213 aa  47  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4342  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 218 aa  47  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243053 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 226 aa  47  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 196 aa  46.2  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0829  transcriptional regulator, TetR family  41.86 
 
 		 190 aa  46.6  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1461  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 197 aa  46.2  0.0003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0279876 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 216 aa  46.6  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1512  regulatory protein, TetR  33.33 
 
 		 246 aa  46.2  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 206 aa  46.6  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3190  TetR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 202 aa  46.6  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.0000000548437  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3260  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 187 aa  46.6  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5494  transcriptional regulator, TetR family  34.25 
 
 		 141 aa  45.8  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.769028  normal  0.39499 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 192 aa  46.2  0.0004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51850  Transcriptional regulatory protein, TetR family  36.67 
 
 		 186 aa  46.2  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 231 aa  46.2  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0052  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 188 aa  46.2  0.0004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.612692  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0868  transcriptional regulator, TetR family  40.82 
 
 		 222 aa  46.2  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000486929  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>