223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2560 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2560  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 209 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0102643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5162  TetR family transcriptional regulator  58.03 
 
 		 193 aa  206  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.186575 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2389  TetR family transcriptional regulator  63.04 
 
 		 200 aa  202  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.979129  normal  0.861655 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5284  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 208 aa  78.2  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0597036  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2620  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 194 aa  75.1  0.0000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.727172  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1051  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1090  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2114  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 183 aa  72.8  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.328011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5533  transcriptional regulator, TetR family  29.58 
 
 		 222 aa  70.5  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1320  TetR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.010897  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4211  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 178 aa  68.2  0.00000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.954356 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2794  transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 		 184 aa  68.2  0.00000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1451  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2175  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 205 aa  67.8  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1153  TetR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 189 aa  67.8  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.23421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1840  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 415 aa  66.6  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2362  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 179 aa  65.5  0.0000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0622  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 181 aa  64.7  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2511  transcriptional regulator, TetR family  44.3 
 
 		 172 aa  63.5  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1094  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 168 aa  62.4  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3570  transcriptional regulator, TetR family  32.37 
 
 		 175 aa  62  0.000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00083347  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2002  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 183 aa  60.8  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.700466  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1498  TetR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 189 aa  61.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.437225  normal  0.170332 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5279  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00504673 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4711  transcriptional regulator, TetR family  34.06 
 
 		 186 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.492793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2801  TetR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 189 aa  60.1  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4342  regulatory protein TetR  34.06 
 
 		 186 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.525641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0981  TetR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 178 aa  59.7  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4859  transcriptional regulator, TetR family  32.34 
 
 		 186 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.205859 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4404  TetR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 199 aa  59.3  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0114676  normal  0.191291 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47610  putative transcriptional regulator  27.88 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0827  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 179 aa  58.5  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.843783  normal  0.883408 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2838  transcriptional regulator, TetR family  37.88 
 
 		 183 aa  58.5  0.00000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2329  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 186 aa  58.2  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.148714  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3260  transcriptional regulator, TetR family  35.16 
 
 		 187 aa  57.8  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4107  transcriptional regulator  28.49 
 
 		 187 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.198218  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  44.12 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3009  transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 		 187 aa  55.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0880  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1067  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.530116 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2686  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 181 aa  55.5  0.0000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.39833  hitchhiker  0.00361312 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13730  transcriptional regulator, TetR family  36.07 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.839534  normal  0.161793 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0763  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 183 aa  55.1  0.0000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.673415  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2349  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 357 aa  54.7  0.0000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00426882  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5492  transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 177 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.56711 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1991  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 188 aa  53.1  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3701  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 178 aa  53.1  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.076632  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2113  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 182 aa  53.1  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8965  putative transcriptional regulator, TetR family  28.91 
 
 		 173 aa  52.8  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1114  transcriptional regulator, TetR family  32.54 
 
 		 186 aa  52.4  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.213128 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2940  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 188 aa  52.4  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.333542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1884  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 189 aa  52  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.652086  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8111  putative transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 168 aa  52  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2152  transcriptional regulator, TetR family  32.73 
 
 		 185 aa  51.2  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5248  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 178 aa  50.8  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  35.21 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  29.55 
 
 		 186 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0778  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 192 aa  50.8  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2482  transcriptional regulator, TetR family  30.63 
 
 		 230 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2783  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 187 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  46.15 
 
 		 216 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3984  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 191 aa  50.1  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.567303 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0235  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 225 aa  49.7  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1359  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 218 aa  50.1  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  46.15 
 
 		 216 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0914  transcriptional regulatory protein  36.71 
 
 		 210 aa  48.9  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.626019  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0658  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 195 aa  48.9  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.609022  normal  0.929409 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0124  transcriptional regulator, TetR family  26.71 
 
 		 298 aa  48.9  0.00006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0280  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 196 aa  48.5  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0161  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 221 aa  48.5  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  38.55 
 
 		 193 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 214 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1116  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 184 aa  47.4  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5205  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 235 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.155344  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1049  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 230 aa  47.4  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4581  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 235 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000712688 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5654  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 235 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.346197  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5420  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 202 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.66162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2394  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 		 188 aa  47  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.469906  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0850  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 209 aa  46.6  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0204358 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1704  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 285 aa  46.6  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0517004  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4974  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 186 aa  46.6  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3501  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 209 aa  46.6  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.191946  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3227  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 204 aa  46.2  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70970  transcriptional regulator BetI  32.93 
 
 		 197 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.790986 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4865  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 209 aa  46.6  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6159  transcriptional regulator BetI  32.93 
 
 		 197 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1825  TetR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 198 aa  46.2  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0820  putative transcription regulator protein  33.33 
 
 		 225 aa  46.2  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4803  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 		 193 aa  45.8  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.539659  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3328  regulatory protein, TetR  29.9 
 
 		 187 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31090  transcriptional regulator, tetR family  41.86 
 
 		 177 aa  46.2  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.565118  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 218 aa  45.8  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0815  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 207 aa  45.8  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3347  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 187 aa  46.2  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.084846  normal  0.752924 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1734  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 207 aa  46.2  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0246488  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1137  transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 193 aa  45.8  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0872  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 190 aa  45.8  0.0005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.956466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2360  regulatory protein, TetR  39.58 
 
 		 190 aa  45.4  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.173305 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>