More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0161 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0161  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1684  TetR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 227 aa  161  8.000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4362  TetR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 228 aa  159  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0699129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3099  TetR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 222 aa  146  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.296713  normal  0.219943 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1704  TetR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 285 aa  135  4e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0517004  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0556  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 228 aa  118  6e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3421  transcriptional regulator, TetR family  30.16 
 
 		 205 aa  103  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1498  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 183 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.548232  normal  0.295378 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4328  transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 		 477 aa  94.4  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0701267  normal  0.0216349 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4438  transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 		 477 aa  94.4  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.829211  normal  0.875845 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6386  regulatory protein, TetR  26.01 
 
 		 510 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6831  TetR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.1423  normal  0.362364 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4168  TetR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 244 aa  69.3  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0511823  normal  0.17991 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6843  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 236 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.163651  normal  0.317864 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4623  TetR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.317667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5031  TetR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 258 aa  65.1  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0201359  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5829  TetR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 258 aa  65.1  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4350  TetR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 225 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1093  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0694796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0706  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.25715 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6862  TetR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000147849  normal  0.19991 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2766  regulatory protein, TetR  28.48 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.597397  hitchhiker  0.0084658 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  25.45 
 
 		 207 aa  54.3  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  29.01 
 
 		 207 aa  53.5  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1335  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 194 aa  53.1  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0959  TetR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 225 aa  52.4  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 223 aa  52  0.000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2375  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 184 aa  51.6  0.000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.90143  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 212 aa  51.6  0.000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2260  transcriptional regulator, TetR family  36.07 
 
 		 201 aa  50.8  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0104994  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3943  transcriptional regulator, TetR family  30.23 
 
 		 218 aa  50.4  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.938406  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2089  transcriptional regulator, TetR family  29.77 
 
 		 184 aa  50.4  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.850407  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3570  transcriptional regulator, TetR family  40.35 
 
 		 175 aa  50.1  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00083347  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0987  regulatory protein TetR  32.41 
 
 		 192 aa  50.1  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.383045  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9308  putative transcriptional regulator, TetR family  33.75 
 
 		 231 aa  49.3  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0733541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 317 aa  49.3  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 201 aa  49.3  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  22.36 
 
 		 295 aa  49.3  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3685  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 199 aa  48.9  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 318 aa  48.9  0.00006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 316 aa  48.9  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1492  putative transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 		 216 aa  48.9  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7097  TetR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 206 aa  48.9  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 318 aa  48.9  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5380  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 197 aa  48.9  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.768843  normal  0.61228 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1647  transcriptional regulator, TetR family  29.58 
 
 		 197 aa  48.9  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 198 aa  48.9  0.00006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 318 aa  48.9  0.00006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 318 aa  48.9  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 316 aa  48.9  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 316 aa  48.9  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  22.03 
 
 		 288 aa  48.9  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1926  transcriptional regulator EefR  23.73 
 
 		 188 aa  48.5  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0902915  hitchhiker  0.0000000455593 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1837  transcriptional regulator EefR  23.73 
 
 		 188 aa  48.5  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000033131 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0925  TetR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 207 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3988  regulatory protein, TetR  28.24 
 
 		 233 aa  47.8  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.100564  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 		 241 aa  48.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4896  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 222 aa  47.8  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 194 aa  47.8  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7104  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5169  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 196 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767063 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4876  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 208 aa  47.4  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0224524  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1637  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 227 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0178246  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3227  transcriptional regulator, TetR family  27.14 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5174  putative transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 199 aa  47.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0107413  hitchhiker  0.00860579 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1623  transcriptional regulator, TetR family  25.53 
 
 		 205 aa  47.4  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2511  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 172 aa  47.4  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 198 aa  46.6  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5992  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 199 aa  46.6  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.396143  normal  0.47391 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 218 aa  46.6  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2751  putative transcriptional regulator, TetR family  27.13 
 
 		 229 aa  46.6  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0359606 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2179  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 192 aa  46.6  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3850  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 207 aa  46.6  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.349935 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1139  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 220 aa  46.6  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0501486 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0835  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 201 aa  46.6  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.861936  normal  0.897725 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  24.38 
 
 		 263 aa  46.2  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2620  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 194 aa  46.2  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.727172  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0595  TetR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 218 aa  46.2  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2007  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 		 221 aa  46.2  0.0004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.175096  normal  0.641587 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2235  transcriptional regulator, TetR family  29.46 
 
 		 235 aa  45.8  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170733  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 272 aa  46.2  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4436  transcriptional regulator, TetR family  27.21 
 
 		 202 aa  45.8  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0578844 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3554  transcriptional regulator, TetR family  36.23 
 
 		 219 aa  46.2  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.725934  normal  0.0606309 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2779  transcriptional regulator, TetR family  25.81 
 
 		 185 aa  45.8  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.441306  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4876  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 209 aa  45.8  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4820  transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 		 203 aa  45.8  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.353068 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1359  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 218 aa  45.8  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1173  TetR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 189 aa  45.8  0.0005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 193 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 193 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2194  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 193 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.789913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2337  TetR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 191 aa  45.4  0.0006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000766652  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3641  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 206 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0507549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 226 aa  45.4  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 201 aa  45.4  0.0006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3524  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 187 aa  45.8  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 232 aa  45.8  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1799  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 206 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  0.822653 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>