94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2940 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2940  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 188 aa  375  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.333542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3984  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 191 aa  98.6  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.567303 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1116  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 184 aa  88.2  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47610  putative transcriptional regulator  34.55 
 
 		 186 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0778  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 192 aa  77.8  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0124  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 298 aa  74.7  0.0000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4107  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 187 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.198218  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1840  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 415 aa  68.2  0.00000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1451  transcriptional regulator, TetR family  29.57 
 
 		 428 aa  66.2  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5492  transcriptional regulator, TetR family  29.12 
 
 		 177 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.56711 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0541  transcriptional regulator, TetR family  38.28 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2389  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 200 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.979129  normal  0.861655 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2114  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 183 aa  57.4  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.328011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2192  transcriptional regulator, TetR family  28.02 
 
 		 191 aa  57.4  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1051  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2686  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 181 aa  56.6  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.39833  hitchhiker  0.00361312 
 
 
-
 
NC_004310  BR1090  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1884  TetR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 189 aa  55.8  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.652086  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2175  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0286  TetR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 177 aa  54.7  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.945519  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2490  transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 200 aa  52  0.000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.375188  normal  0.286749 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2783  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 187 aa  52  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2560  putative transcription regulator protein  27.39 
 
 		 209 aa  52  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0102643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2157  TetR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 187 aa  51.2  0.000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.105803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4211  transcriptional regulator, TetR family  22.41 
 
 		 178 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.954356 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0953  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 184 aa  50.1  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.712721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4859  transcriptional regulator, TetR family  28.75 
 
 		 186 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.205859 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0981  TetR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 178 aa  50.1  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  38.82 
 
 		 196 aa  48.5  0.00006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2504  putative transcriptional regulator, TetR family  36.78 
 
 		 188 aa  46.6  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.228654 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4342  regulatory protein TetR  33.64 
 
 		 186 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.525641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13730  transcriptional regulator, TetR family  27.87 
 
 		 181 aa  47  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.839534  normal  0.161793 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1094  transcriptional regulator, TetR family  22.16 
 
 		 168 aa  47  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4711  transcriptional regulator, TetR family  33.64 
 
 		 186 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.492793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20280  transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 213 aa  47  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.612683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 227 aa  46.2  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1515  TetR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 205 aa  45.4  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.512381  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0008  TetR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 205 aa  45.4  0.0005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1320  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 203 aa  45.4  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.010897  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0011  TetR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 205 aa  45.4  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0010  TetR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 205 aa  45.4  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.387363  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0010  TetR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 205 aa  45.4  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1436  TetR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 205 aa  45.4  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1156  TetR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 205 aa  45.4  0.0005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2511  transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 172 aa  45.1  0.0006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1666  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 209 aa  45.1  0.0007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0010  TetR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 205 aa  45.1  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0658  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 195 aa  44.7  0.0008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.609022  normal  0.929409 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1153  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 189 aa  44.7  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.23421  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5257  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 194 aa  44.3  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5480  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 199 aa  43.9  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191465 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1498  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 189 aa  43.9  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.437225  normal  0.170332 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2801  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 189 aa  43.9  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3360  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 197 aa  43.9  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2813  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 215 aa  43.1  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 217 aa  43.1  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 205 aa  43.5  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0161  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 		 206 aa  43.5  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7518  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 185 aa  43.1  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2007  transcriptional regulator, TetR family  29.15 
 
 		 221 aa  43.1  0.003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.175096  normal  0.641587 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6061  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 191 aa  42.7  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.660328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1774  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 231 aa  43.1  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.277997  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5697  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 227 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949992  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1985  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 		 206 aa  42.7  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6545  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 227 aa  42.7  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.129926 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0483  transcriptional regulator BetI  35.56 
 
 		 196 aa  43.1  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0827  transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 		 179 aa  43.1  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.843783  normal  0.883408 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2973  transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 		 198 aa  42.4  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2371  transcriptional regulator, TetR family  36.21 
 
 		 202 aa  42.4  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 219 aa  42.4  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1806  transcriptional regulator, TetR family  29.51 
 
 		 207 aa  42.4  0.004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.382485 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 198 aa  42.4  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  32.94 
 
 		 196 aa  42.4  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5284  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 208 aa  42  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0597036  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2620  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 194 aa  42  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.727172  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0424  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 201 aa  41.6  0.006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.315635  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  32.22 
 
 		 193 aa  42  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3859  TetR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 211 aa  41.6  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3809  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 224 aa  41.6  0.006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4510  transcriptional regulator BetI  32.94 
 
 		 194 aa  41.6  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5035  transcriptional regulator BetI  32.94 
 
 		 194 aa  41.6  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.496722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2205  TetR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 202 aa  41.6  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.270822 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0319  malto-oligosyltrehalose synthase  30.23 
 
 		 913 aa  41.6  0.007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2686  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 196 aa  41.6  0.007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4414  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 419 aa  41.6  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.617294  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1790  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 209 aa  41.6  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2329  TetR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 186 aa  41.6  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.148714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2413  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 195 aa  41.2  0.008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.311533 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2794  transcriptional regulator, TetR family  20.57 
 
 		 184 aa  41.2  0.009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2832  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 210 aa  41.2  0.01  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4162  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 210 aa  41.2  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31090  transcriptional regulator, tetR family  32.76 
 
 		 177 aa  40.8  0.01  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.565118  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4974  transcriptional regulator, TetR family  29.37 
 
 		 186 aa  41.2  0.01  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  28.41 
 
 		 203 aa  41.2  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>