More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4414 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_4414  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 419 aa  837    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.617294  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3407  TetR family transcriptional regulator  89.95 
 
 		 422 aa  674    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.282297 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0810  TetR family transcriptional regulator  50.37 
 
 		 437 aa  358  8e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4581  TetR family transcriptional regulator  47.63 
 
 		 453 aa  356  3.9999999999999996e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0520678  hitchhiker  0.00576912 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2659  TetR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 418 aa  322  9.999999999999999e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4955  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 424 aa  293  4e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.868884 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1610  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 424 aa  290  3e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 223 aa  79.3  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3068  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 214 aa  75.1  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.493248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 240 aa  71.2  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 209 aa  69.7  0.00000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4066  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 211 aa  68.2  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 260 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 244 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0153  TetR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 210 aa  65.5  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 223 aa  64.3  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 205 aa  62.4  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 246 aa  61.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1261  TetR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 214 aa  60.5  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.100849  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  30.27 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  42.05 
 
 		 213 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 219 aa  59.7  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  43.53 
 
 		 213 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1666  transcriptional regulator, TetR family  25.28 
 
 		 209 aa  58.9  0.0000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2695  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 226 aa  58.5  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  42.35 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0557  TetR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 207 aa  57  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.45 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.45 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2602  transcriptional regulator, TetR family  29.34 
 
 		 214 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157273  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3212  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 211 aa  56.2  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  27.72 
 
 		 252 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 194 aa  55.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6181  transcriptional regulator, TetR family  28.18 
 
 		 202 aa  55.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 192 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 212 aa  55.1  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 196 aa  54.7  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 191 aa  54.7  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47520  putative transcriptional regulator  36.99 
 
 		 197 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1011  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 770 aa  53.9  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1934  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 202 aa  53.9  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0322407  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0949  transcriptional regulator, TetR family  33.77 
 
 		 286 aa  53.1  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0811  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 193 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1156  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 227 aa  52.8  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1538  TetR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 394 aa  53.1  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112139  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1561  TetR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 394 aa  53.1  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.447454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1603  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 189 aa  52.8  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0115969  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 238 aa  52.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3172  TetR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 216 aa  52.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.547125 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 206 aa  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 		 219 aa  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 210 aa  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 216 aa  52.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 231 aa  51.6  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 216 aa  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4015  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 239 aa  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  45 
 
 		 211 aa  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1380  transcriptional regulator, TetR family  25.79 
 
 		 214 aa  52.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000685689  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4221  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 206 aa  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2747  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 233 aa  51.6  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.02505  normal  0.237475 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2922  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 204 aa  51.2  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3199  transcriptional regulator, TetR family  35.63 
 
 		 198 aa  51.2  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0468642  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2710  TetR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 231 aa  50.8  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  25.37 
 
 		 195 aa  50.8  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3294  transcriptional regulator, TetR family  35.63 
 
 		 198 aa  51.2  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.164572  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1893  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 206 aa  50.8  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3581  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 209 aa  51.2  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0992  putative transcriptional regulator of paa operon  26.46 
 
 		 208 aa  51.2  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.332152  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 215 aa  50.8  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1909  transcriptional regulator, TetR family  27.89 
 
 		 209 aa  50.1  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0574085  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 217 aa  49.7  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3290  transcriptional regulator, TetR family  28.71 
 
 		 225 aa  49.7  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.413178  normal  0.0802991 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  35.85 
 
 		 218 aa  48.9  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  32.63 
 
 		 193 aa  49.7  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 211 aa  49.3  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1743  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 244 aa  48.9  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.065917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0707  TetR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 219 aa  49.3  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4569  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 221 aa  49.7  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000147437  normal  0.0336832 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2836  transcriptional regulator, TetR family  48.44 
 
 		 207 aa  49.3  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00562159  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02513  transcriptional regulator, TetR family protein  28.36 
 
 		 214 aa  49.3  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  33.04 
 
 		 223 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  33.04 
 
 		 219 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5186  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 185 aa  48.5  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.225373  normal  0.188797 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7959  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 194 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5087  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 196 aa  48.9  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.305126  normal  0.842071 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 198 aa  48.9  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4222  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 221 aa  48.9  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.42669  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.82 
 
 		 232 aa  48.9  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 211 aa  48.9  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0103  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 225 aa  48.9  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.462043 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4091  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 222 aa  48.9  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0267897 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  28.43 
 
 		 224 aa  48.9  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2546  transcriptional regulator, TetR family  26.8 
 
 		 207 aa  48.5  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4288  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 221 aa  48.9  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.458199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  46.15 
 
 		 209 aa  48.5  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2441  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 193 aa  48.5  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.264842  normal  0.509096 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 232 aa  48.5  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>