More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3708 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 217 aa  450  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3614  regulatory protein, TetR  73.81 
 
 		 215 aa  324  6e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0129268  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3900  TetR family transcriptional regulator  70.89 
 
 		 215 aa  322  2e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.113348  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4479  TetR family transcriptional regulator  70.42 
 
 		 215 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.2045 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0059  TetR family transcriptional regulator  70.42 
 
 		 215 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273669  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4284  transcriptional regulator, TetR family  70.42 
 
 		 215 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000936887 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4339  TetR family transcriptional regulator  70.42 
 
 		 215 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0066  TetR family transcriptional regulator  68.37 
 
 		 215 aa  317  7.999999999999999e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000605842  hitchhiker  0.0000133916 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4675  TetR family transcriptional regulator  69.01 
 
 		 215 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3899  TetR family transcriptional regulator  70 
 
 		 215 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3991  TetR family transcriptional regulator  70 
 
 		 215 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4103  TetR family transcriptional regulator  70 
 
 		 215 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0350269  normal  0.346351 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0108  TetR family transcriptional regulator  68.57 
 
 		 213 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3937  transcriptional regulator, TetR family protein  65.89 
 
 		 220 aa  308  5e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.353211  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0103  TetR family transcriptional regulator  67.3 
 
 		 225 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.462043 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0102  TetR family transcriptional regulator  66.51 
 
 		 218 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.478027 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0099  TetR family transcriptional regulator  63.94 
 
 		 211 aa  287  8e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  hitchhiker  0.000212753 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00128  TetR family transcriptional regulator  44.61 
 
 		 211 aa  190  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0267  HTH-type transcriptional regulator, tetR-family  42.92 
 
 		 214 aa  187  7e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002240  transcriptional regulator TetR family  45.31 
 
 		 211 aa  185  6e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2735  TetR family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 242 aa  180  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.329672  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0214  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 218 aa  169  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705047  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4186  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 245 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 221 aa  134  8e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 221 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4757  regulatory protein, TetR  35.1 
 
 		 220 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0842681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0462  putative transcriptional regulator  39.62 
 
 		 215 aa  131  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04820  TetR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 215 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5169  TetR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 221 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5119  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3571  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 227 aa  127  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.713371  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5344  TetR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 223 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0419  transcriptional reguator, TetR family  34.17 
 
 		 220 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2030  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 238 aa  122  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0233695  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0901  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 		 241 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1265  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1410  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0318904  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0761  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0388  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1037  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397518  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 241 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1272  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492888  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2086  putative transcription regulator protein  37.04 
 
 		 231 aa  114  8.999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1914  transcriptional regulator, TetR family  37.65 
 
 		 239 aa  114  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2237  transcriptional regulator, TetR family  37.65 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1005  TetR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 244 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2296  TetR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 252 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5600  TetR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 252 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2189  TetR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 251 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1661  TetR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 252 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2311  TetR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 251 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287882  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2273  TetR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 252 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0843228  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1857  TetR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 239 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1105  TetR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 253 aa  111  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0205  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 208 aa  108  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.555741  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3529  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 220 aa  105  6e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270662  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3496  TetR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 223 aa  102  5e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.591625 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0825  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1491  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 209 aa  99.4  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4025  TetR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 219 aa  99  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.300768 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0349  transcriptional regulator, TetR family  33.96 
 
 		 237 aa  98.6  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0551  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 220 aa  97.1  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0535  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 217 aa  97.1  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0588697 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5798  putative transcriptional regulator  30.92 
 
 		 205 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0204  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 191 aa  92.4  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4167  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 247 aa  90.9  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.884497  normal  0.10012 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5146  transcriptional regulator PhaD  32.1 
 
 		 204 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4880  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 204 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5006  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 204 aa  89  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0458  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 204 aa  89  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66850  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 205 aa  89  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 206 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4798  transcriptional regulator, TetR family  33.54 
 
 		 211 aa  87  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1293  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 213 aa  85.5  5e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5056  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 204 aa  85.1  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0527  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 204 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0603321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1581  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.223478 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01158  transcriptional regulator PhaD  33.77 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.334041  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1089  TetR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 227 aa  79  0.00000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.485393  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5452  TetR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 220 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.44369 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4170  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 220 aa  67  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0130344  normal  0.052898 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  48.39 
 
 		 206 aa  61.6  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1960  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 199 aa  55.5  0.0000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2527  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 194 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.490074  normal  0.267005 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4458  transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 		 195 aa  54.7  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0556  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 228 aa  54.3  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 192 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4404  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 213 aa  54.7  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0196  transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 		 200 aa  53.1  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28060  transcriptional regulator  25.99 
 
 		 204 aa  53.1  0.000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.633688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9308  putative transcriptional regulator, TetR family  49.06 
 
 		 231 aa  52.8  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0733541  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  34.62 
 
 		 213 aa  52.8  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0353  transcriptional regulator, TetR family  43.4 
 
 		 191 aa  52.4  0.000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000439096  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 278 aa  52  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 278 aa  52  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 278 aa  52  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0726  transcriptional regulator, TetR family  27.01 
 
 		 203 aa  52  0.000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>