More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3937 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3937  transcriptional regulator, TetR family protein  100 
 
 		 220 aa  456  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.353211  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3900  TetR family transcriptional regulator  83.1 
 
 		 215 aa  375  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.113348  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4479  TetR family transcriptional regulator  81.69 
 
 		 215 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.2045 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4675  TetR family transcriptional regulator  79.81 
 
 		 215 aa  369  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0059  TetR family transcriptional regulator  81.22 
 
 		 215 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273669  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4284  transcriptional regulator, TetR family  81.22 
 
 		 215 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000936887 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4339  TetR family transcriptional regulator  81.22 
 
 		 215 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3899  TetR family transcriptional regulator  78.87 
 
 		 215 aa  362  3e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3991  TetR family transcriptional regulator  78.87 
 
 		 215 aa  362  3e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4103  TetR family transcriptional regulator  78.4 
 
 		 215 aa  360  9e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0350269  normal  0.346351 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0108  TetR family transcriptional regulator  73.56 
 
 		 213 aa  326  2.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0099  TetR family transcriptional regulator  73.79 
 
 		 211 aa  320  9.000000000000001e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  hitchhiker  0.000212753 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0102  TetR family transcriptional regulator  69.67 
 
 		 218 aa  316  2e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.478027 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0066  TetR family transcriptional regulator  68.25 
 
 		 215 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000605842  hitchhiker  0.0000133916 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  65.89 
 
 		 217 aa  308  5e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0103  TetR family transcriptional regulator  66.82 
 
 		 225 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.462043 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3614  regulatory protein, TetR  66.2 
 
 		 215 aa  300  8.000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0129268  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0267  HTH-type transcriptional regulator, tetR-family  44.55 
 
 		 214 aa  198  7e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002240  transcriptional regulator TetR family  41.67 
 
 		 211 aa  181  6e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00128  TetR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 211 aa  179  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2735  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 242 aa  177  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.329672  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0214  TetR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 218 aa  175  6e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705047  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4757  regulatory protein, TetR  38 
 
 		 220 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0842681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0462  putative transcriptional regulator  37.97 
 
 		 215 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04820  TetR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 215 aa  141  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4186  TetR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 245 aa  142  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0419  transcriptional reguator, TetR family  36.18 
 
 		 220 aa  141  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3571  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 227 aa  141  7e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.713371  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 235 aa  135  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 221 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0901  TetR family transcriptional regulator  39.63 
 
 		 236 aa  132  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5119  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 221 aa  131  9e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 221 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5169  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5344  TetR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 223 aa  129  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1914  transcriptional regulator, TetR family  39.02 
 
 		 239 aa  128  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2237  transcriptional regulator, TetR family  39.02 
 
 		 236 aa  128  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2086  putative transcription regulator protein  37.8 
 
 		 231 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2030  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 238 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0233695  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  37.95 
 
 		 241 aa  125  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 241 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1272  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 239 aa  119  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492888  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1410  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 239 aa  119  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0318904  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1037  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 239 aa  119  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397518  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1265  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 239 aa  119  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0761  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 239 aa  119  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0388  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 239 aa  119  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2189  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2296  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5600  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 252 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1661  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2311  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287882  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2273  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0843228  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1005  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 244 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3496  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 223 aa  115  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.591625 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1857  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1105  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0349  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 237 aa  112  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3529  TetR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 220 aa  111  7.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270662  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0825  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0205  TetR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 208 aa  108  6e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.555741  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4025  TetR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 219 aa  105  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.300768 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0551  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 220 aa  105  7e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0535  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 217 aa  104  8e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0588697 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4167  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.884497  normal  0.10012 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1491  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 209 aa  99.8  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 206 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5146  transcriptional regulator PhaD  28.5 
 
 		 204 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66850  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 205 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0204  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 191 aa  97.4  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4880  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 204 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1089  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 227 aa  95.9  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.485393  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1581  TetR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 223 aa  95.9  5e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.223478 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5006  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 204 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5056  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 204 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1293  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 213 aa  94  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5798  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 205 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0527  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 204 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0603321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0458  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 204 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5452  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 220 aa  92  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.44369 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4798  transcriptional regulator, TetR family  28.44 
 
 		 211 aa  87  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01158  transcriptional regulator PhaD  34.15 
 
 		 221 aa  81.6  0.000000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.334041  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4170  TetR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 220 aa  70.1  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0130344  normal  0.052898 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  40.28 
 
 		 206 aa  62  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4404  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1828  regulatory protein TetR  28.47 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.790266  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 291 aa  58.5  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28060  transcriptional regulator  26.99 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.633688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  32.22 
 
 		 217 aa  54.7  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 324 aa  53.5  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0683  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 211 aa  53.5  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4458  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0279  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0658  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.67 
 
 		 213 aa  53.1  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0763  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.756053  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0732  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 210 aa  52.8  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2309  transcriptional regulator, TetR family  37.97 
 
 		 197 aa  52.8  0.000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.160392  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1960  transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 199 aa  52.8  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3710  regulatory protein, TetR  32.67 
 
 		 230 aa  52  0.000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>