More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5119 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5119  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  99.09 
 
 		 221 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5169  TetR family transcriptional regulator  97.73 
 
 		 221 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  96.36 
 
 		 221 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5344  TetR family transcriptional regulator  81.36 
 
 		 223 aa  374  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4186  TetR family transcriptional regulator  68.95 
 
 		 245 aa  310  6.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4757  regulatory protein, TetR  68.49 
 
 		 220 aa  310  7.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0842681 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0419  transcriptional reguator, TetR family  68.04 
 
 		 220 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0462  putative transcriptional regulator  66.05 
 
 		 215 aa  302  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04820  TetR family transcriptional regulator  66.05 
 
 		 215 aa  302  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3571  TetR family transcriptional regulator  47 
 
 		 227 aa  209  3e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.713371  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2735  TetR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 242 aa  145  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.329672  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4675  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 215 aa  141  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0066  TetR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 215 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000605842  hitchhiker  0.0000133916 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3899  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 215 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3991  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 215 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0099  TetR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 211 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  hitchhiker  0.000212753 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4103  TetR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 215 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0350269  normal  0.346351 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0267  HTH-type transcriptional regulator, tetR-family  34.8 
 
 		 214 aa  137  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0108  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 213 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002240  transcriptional regulator TetR family  38.38 
 
 		 211 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4339  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 215 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4284  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 215 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000936887 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0059  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 215 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273669  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00128  TetR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 211 aa  135  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4479  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 215 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.2045 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3900  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 215 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.113348  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3937  transcriptional regulator, TetR family protein  33.17 
 
 		 220 aa  131  9e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.353211  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 235 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0102  TetR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 218 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.478027 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 217 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4167  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.884497  normal  0.10012 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0103  TetR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 225 aa  129  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.462043 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1272  TetR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 239 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492888  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0388  TetR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 239 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1265  TetR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 239 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1410  TetR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 239 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0318904  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0761  TetR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 239 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1037  TetR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 239 aa  124  9e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397518  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0901  TetR family transcriptional regulator  39.63 
 
 		 236 aa  124  9e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2086  putative transcription regulator protein  39.63 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2030  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 238 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0233695  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  36.32 
 
 		 241 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4025  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 219 aa  124  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.300768 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 241 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2189  TetR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 251 aa  123  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1005  TetR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 244 aa  123  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2296  TetR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 252 aa  123  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1661  TetR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 252 aa  123  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2311  TetR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 251 aa  123  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287882  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2273  TetR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 252 aa  123  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0843228  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3496  TetR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 223 aa  123  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.591625 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5600  TetR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 252 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2237  transcriptional regulator, TetR family  38.41 
 
 		 236 aa  119  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1857  TetR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 239 aa  119  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1914  transcriptional regulator, TetR family  38.41 
 
 		 239 aa  119  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1105  TetR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 253 aa  119  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3529  TetR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 220 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270662  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3614  regulatory protein, TetR  31.4 
 
 		 215 aa  116  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0129268  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0349  transcriptional regulator, TetR family  37.2 
 
 		 237 aa  112  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0825  TetR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 222 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0214  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 218 aa  106  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705047  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0204  TetR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 191 aa  106  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1491  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  105  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0205  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 208 aa  104  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.555741  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0535  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 217 aa  101  9e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0588697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0551  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4798  transcriptional regulator, TetR family  35.76 
 
 		 211 aa  99.4  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0527  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 204 aa  98.2  8e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0603321  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5146  transcriptional regulator PhaD  32.55 
 
 		 204 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5056  TetR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 204 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0458  TetR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 204 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4880  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 204 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5006  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 204 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66850  TetR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 205 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5798  putative transcriptional regulator  32.39 
 
 		 205 aa  91.7  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 206 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1581  TetR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 223 aa  88.6  6e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.223478 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5452  TetR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 220 aa  82.8  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.44369 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4170  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 220 aa  82.4  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0130344  normal  0.052898 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1089  TetR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 227 aa  81.6  0.000000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.485393  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1293  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 213 aa  81.6  0.000000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313328  normal  1 
 
 
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NC_011138  MADE_01158  transcriptional regulator PhaD  34.51 
 
 		 221 aa  72.8  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.334041  n/a   
 
 
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NC_011981  Avi_7032  transcriptional regulator TetR family  32.99 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_5186  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 185 aa  55.8  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.225373  normal  0.188797 
 
 
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NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  46.88 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
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NC_010322  PputGB1_2147  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 193 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576982  hitchhiker  0.00198138 
 
 
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NC_013172  Bfae_02650  transcriptional regulator, tetR family  33.73 
 
 		 179 aa  52.8  0.000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008254  Meso_2620  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 194 aa  52.8  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.727172  n/a   
 
 
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NC_008541  Arth_0763  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 183 aa  52.4  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.673415  n/a   
 
 
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NC_013441  Gbro_1828  regulatory protein TetR  34.21 
 
 		 207 aa  52.4  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.790266  n/a   
 
 
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NC_011830  Dhaf_1960  transcriptional regulator, TetR family  27.71 
 
 		 199 aa  52  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013165  Shel_28060  transcriptional regulator  44.23 
 
 		 204 aa  51.6  0.000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.633688  normal  1 
 
 
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NC_013947  Snas_5248  transcriptional regulator, TetR family  35.56 
 
 		 178 aa  51.2  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 332 aa  51.6  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  41.82 
 
 		 204 aa  50.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A3312  transcriptional regulator UidR  35.21 
 
 		 198 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009511  Swit_4218  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 202 aa  50.4  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.135159  normal  1 
 
 
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NC_013174  Jden_0111  transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 		 207 aa  50.1  0.00003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.482364  normal  0.0755622 
 
 
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NC_011726  PCC8801_2369  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 212 aa  50.1  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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