More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4186 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4186  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 245 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04820  TetR family transcriptional regulator  74.42 
 
 		 215 aa  325  3e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0462  putative transcriptional regulator  73.95 
 
 		 215 aa  325  5e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5119  TetR family transcriptional regulator  68.95 
 
 		 221 aa  310  9e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5169  TetR family transcriptional regulator  69.41 
 
 		 221 aa  310  1e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  68.49 
 
 		 221 aa  308  5e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  68.04 
 
 		 221 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5344  TetR family transcriptional regulator  64.38 
 
 		 223 aa  297  1e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4757  regulatory protein, TetR  61.64 
 
 		 220 aa  281  9e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0842681 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0419  transcriptional reguator, TetR family  60.73 
 
 		 220 aa  271  6e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3571  TetR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 227 aa  229  4e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.713371  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4675  TetR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 215 aa  150  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3899  TetR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 215 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3991  TetR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 215 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4103  TetR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 215 aa  150  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0350269  normal  0.346351 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0102  TetR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 218 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.478027 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1410  TetR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0318904  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1037  TetR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397518  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0388  TetR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1272  TetR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492888  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1265  TetR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0761  TetR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1005  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 244 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5600  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 252 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2189  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 251 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1661  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 252 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2311  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 251 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287882  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2296  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 252 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2273  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 252 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0843228  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0059  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 215 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273669  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4339  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 215 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4284  transcriptional regulator, TetR family  36.23 
 
 		 215 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000936887 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4479  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 215 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.2045 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0066  TetR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 215 aa  142  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000605842  hitchhiker  0.0000133916 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3937  transcriptional regulator, TetR family protein  35.86 
 
 		 220 aa  142  7e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.353211  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002240  transcriptional regulator TetR family  39.13 
 
 		 211 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 217 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1857  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 239 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3900  TetR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 215 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.113348  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1105  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 253 aa  138  6e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2086  putative transcription regulator protein  36.54 
 
 		 231 aa  138  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2030  TetR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0233695  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0108  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 213 aa  137  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0103  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 225 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.462043 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00128  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 211 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2735  TetR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 242 aa  135  7.000000000000001e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.329672  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 241 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 241 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1914  transcriptional regulator, TetR family  36.06 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2237  transcriptional regulator, TetR family  36.06 
 
 		 236 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0901  TetR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 236 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0267  HTH-type transcriptional regulator, tetR-family  35.47 
 
 		 214 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0099  TetR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 211 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  hitchhiker  0.000212753 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4167  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.884497  normal  0.10012 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3614  regulatory protein, TetR  37.7 
 
 		 215 aa  125  5e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0129268  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3496  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 223 aa  125  7e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.591625 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3529  TetR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 220 aa  123  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270662  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4025  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 219 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.300768 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1491  TetR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 209 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0204  TetR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 191 aa  113  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0535  TetR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 217 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0588697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0551  transcriptional regulator, TetR family  35.12 
 
 		 220 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4798  transcriptional regulator, TetR family  38.36 
 
 		 211 aa  109  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0349  transcriptional regulator, TetR family  34.97 
 
 		 237 aa  108  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0825  TetR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 222 aa  106  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0214  TetR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 218 aa  104  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705047  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0205  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 208 aa  100  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.555741  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5146  transcriptional regulator PhaD  33.01 
 
 		 204 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66850  TetR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 205 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5452  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 220 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.44369 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5798  putative transcriptional regulator  48.51 
 
 		 205 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0527  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 204 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0603321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0458  TetR family transcriptional regulator  45.22 
 
 		 204 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5006  TetR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 204 aa  92  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1293  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 213 aa  91.7  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4880  TetR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 204 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1089  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 227 aa  90.9  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.485393  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5056  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 204 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 206 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1581  TetR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.223478 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01158  transcriptional regulator PhaD  37.61 
 
 		 221 aa  77.8  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.334041  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4170  TetR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 220 aa  71.2  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0130344  normal  0.052898 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7032  transcriptional regulator TetR family  36.56 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011721  PCC8801_4458  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 195 aa  59.3  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  24.85 
 
 		 213 aa  55.8  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
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NC_013159  Svir_26800  transcriptional regulator  33.09 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.463482  normal  0.288316 
 
 
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NC_011126  HY04AAS1_0353  transcriptional regulator, TetR family  41.82 
 
 		 191 aa  53.5  0.000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000439096  n/a   
 
 
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NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  44.62 
 
 		 206 aa  53.1  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
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NC_011666  Msil_1985  transcriptional regulator, TetR family  40.62 
 
 		 206 aa  50.4  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 193 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.382346 
 
 
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NC_010322  PputGB1_2147  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 193 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576982  hitchhiker  0.00198138 
 
 
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NC_008541  Arth_0763  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 183 aa  50.8  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.673415  n/a   
 
 
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NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 207 aa  50.8  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  23.67 
 
 		 213 aa  51.2  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_9308  putative transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 231 aa  49.7  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0733541  normal  1 
 
 
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NC_010678  Rpic_3806  transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 		 209 aa  49.7  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.238661 
 
 
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NC_012857  Rpic12D_3919  transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 		 209 aa  49.7  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.738583 
 
 
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NC_013441  Gbro_1828  regulatory protein TetR  38.6 
 
 		 207 aa  49.7  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.790266  n/a   
 
 
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NC_013216  Dtox_2636  transcriptional regulator, TetR family  23.67 
 
 		 198 aa  49.7  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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