More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0391 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  418  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5146  transcriptional regulator PhaD  81.19 
 
 		 204 aa  344  7e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0458  TetR family transcriptional regulator  75.86 
 
 		 204 aa  329  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0527  TetR family transcriptional regulator  81.77 
 
 		 204 aa  321  4e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0603321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66850  TetR family transcriptional regulator  74.75 
 
 		 205 aa  312  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5006  TetR family transcriptional regulator  74.38 
 
 		 204 aa  310  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5798  putative transcriptional regulator  75.25 
 
 		 205 aa  310  6.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5056  TetR family transcriptional regulator  74.88 
 
 		 204 aa  310  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4880  TetR family transcriptional regulator  74.38 
 
 		 204 aa  309  2e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2030  TetR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 238 aa  122  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0233695  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 241 aa  122  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  34.54 
 
 		 241 aa  121  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3496  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 223 aa  120  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.591625 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3529  TetR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 220 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270662  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1491  TetR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 209 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4025  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 219 aa  118  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.300768 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0349  transcriptional regulator, TetR family  39.88 
 
 		 237 aa  117  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4167  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 247 aa  116  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.884497  normal  0.10012 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1857  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1105  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 253 aa  115  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1265  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 239 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1272  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 239 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492888  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1410  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 239 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0318904  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1037  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 239 aa  115  6e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397518  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0388  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 239 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0761  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 239 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0825  TetR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 222 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1005  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 244 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2296  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 252 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1661  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 252 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2273  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 252 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0843228  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2189  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 251 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0901  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 236 aa  108  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2311  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 251 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287882  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5600  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 252 aa  108  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2237  transcriptional regulator, TetR family  29.72 
 
 		 236 aa  107  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 235 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1914  transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 		 239 aa  107  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0535  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 217 aa  107  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0588697 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4798  transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 		 211 aa  106  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0551  transcriptional regulator, TetR family  36.59 
 
 		 220 aa  107  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2086  putative transcription regulator protein  27.83 
 
 		 231 aa  102  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01158  transcriptional regulator PhaD  29.08 
 
 		 221 aa  101  6e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.334041  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3571  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.713371  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3937  transcriptional regulator, TetR family protein  28.91 
 
 		 220 aa  98.6  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.353211  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3900  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 215 aa  98.2  7e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.113348  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4675  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 215 aa  96.7  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3899  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 215 aa  97.1  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3991  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 215 aa  97.1  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4103  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 215 aa  96.3  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0350269  normal  0.346351 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5344  TetR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 223 aa  94.7  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 221 aa  94.7  9e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1581  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 223 aa  94  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.223478 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0066  TetR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 215 aa  94.4  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000605842  hitchhiker  0.0000133916 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4339  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 215 aa  94  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4757  regulatory protein, TetR  32.02 
 
 		 220 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0842681 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0059  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 215 aa  94  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273669  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4479  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 215 aa  94  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.2045 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4284  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 215 aa  94  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000936887 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0099  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 211 aa  93.2  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  hitchhiker  0.000212753 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0267  HTH-type transcriptional regulator, tetR-family  31.25 
 
 		 214 aa  92.4  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5119  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 221 aa  91.3  9e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0214  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 218 aa  90.9  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705047  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 221 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04820  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 215 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0108  TetR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 213 aa  89.4  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0462  putative transcriptional regulator  29.27 
 
 		 215 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5169  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 221 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0102  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 218 aa  88.6  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.478027 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0103  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 225 aa  88.2  7e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.462043 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 217 aa  87.4  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4186  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 245 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0419  transcriptional reguator, TetR family  30.54 
 
 		 220 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3614  regulatory protein, TetR  32.73 
 
 		 215 aa  84  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0129268  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0205  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 208 aa  78.2  0.00000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.555741  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002240  transcriptional regulator TetR family  29.31 
 
 		 211 aa  77.8  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00128  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 211 aa  77.4  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2735  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 242 aa  74.7  0.0000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.329672  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1293  TetR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 213 aa  72  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0204  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 191 aa  68.6  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3466  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 200 aa  67  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1089  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.485393  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0196  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5452  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 220 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.44369 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  30.12 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4170  TetR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 220 aa  58.5  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0130344  normal  0.052898 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1960  transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 		 199 aa  57.8  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 		 223 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9308  putative transcriptional regulator, TetR family  44.07 
 
 		 231 aa  55.8  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0733541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2636  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1833  TetR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal  0.286062 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28060  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.633688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14200  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 227 aa  54.3  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000918467  decreased coverage  0.00704922 
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 195 aa  53.5  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1560  transcriptional regulator, TetR family  27.89 
 
 		 221 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3070  transcriptional regulator, TetR family  35.56 
 
 		 216 aa  53.5  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1986  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0191052  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4094  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 204 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26800  transcriptional regulator  27.94 
 
 		 184 aa  53.5  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.463482  normal  0.288316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>