More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0419 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0419  transcriptional reguator, TetR family  100 
 
 		 220 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4757  regulatory protein, TetR  89.5 
 
 		 220 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0842681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  68.49 
 
 		 221 aa  305  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5344  TetR family transcriptional regulator  67.12 
 
 		 223 aa  304  6e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  68.04 
 
 		 221 aa  304  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5169  TetR family transcriptional regulator  68.49 
 
 		 221 aa  304  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5119  TetR family transcriptional regulator  68.04 
 
 		 221 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0462  putative transcriptional regulator  61.86 
 
 		 215 aa  279  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04820  TetR family transcriptional regulator  61.4 
 
 		 215 aa  278  6e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4186  TetR family transcriptional regulator  60.73 
 
 		 245 aa  271  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3571  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 227 aa  202  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.713371  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0099  TetR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 211 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  hitchhiker  0.000212753 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3937  transcriptional regulator, TetR family protein  36.18 
 
 		 220 aa  141  7e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.353211  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0108  TetR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 213 aa  139  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4675  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 215 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3899  TetR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 215 aa  138  6e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3991  TetR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 215 aa  138  6e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0059  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 215 aa  137  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273669  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4284  transcriptional regulator, TetR family  34.13 
 
 		 215 aa  137  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000936887 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4339  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 215 aa  137  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4103  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 215 aa  137  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0350269  normal  0.346351 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4479  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 215 aa  137  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.2045 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3900  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 215 aa  136  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.113348  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2735  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 242 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.329672  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0066  TetR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 215 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000605842  hitchhiker  0.0000133916 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0103  TetR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 225 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.462043 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0267  HTH-type transcriptional regulator, tetR-family  32.5 
 
 		 214 aa  129  5.0000000000000004e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0102  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 218 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.478027 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0388  TetR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 239 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0761  TetR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 239 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1410  TetR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 239 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0318904  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1265  TetR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 239 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1037  TetR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 239 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397518  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1272  TetR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 239 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492888  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 235 aa  125  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 217 aa  124  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002240  transcriptional regulator TetR family  35.14 
 
 		 211 aa  122  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2237  transcriptional regulator, TetR family  34.84 
 
 		 236 aa  122  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1914  transcriptional regulator, TetR family  33.94 
 
 		 239 aa  122  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00128  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 211 aa  122  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1661  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 252 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2273  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 252 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0843228  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2296  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 252 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2311  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 251 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287882  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2189  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 251 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2086  putative transcription regulator protein  34.09 
 
 		 231 aa  121  8e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2030  TetR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 238 aa  121  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0233695  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1857  TetR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 239 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5600  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 252 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1005  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 244 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1105  TetR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 253 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 241 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 		 241 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3614  regulatory protein, TetR  33.17 
 
 		 215 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0129268  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3496  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 223 aa  117  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.591625 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0901  TetR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 236 aa  116  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3529  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270662  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4025  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 219 aa  108  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.300768 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0825  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 222 aa  107  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0205  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 208 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.555741  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4167  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.884497  normal  0.10012 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0214  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 218 aa  103  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705047  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4798  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1491  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 209 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0349  transcriptional regulator, TetR family  28.64 
 
 		 237 aa  99  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5146  transcriptional regulator PhaD  34.13 
 
 		 204 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0551  transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 		 220 aa  97.1  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0535  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 217 aa  97.1  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0588697 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0204  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 191 aa  95.1  8e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0527  TetR family transcriptional regulator  42.48 
 
 		 204 aa  94  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0603321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0458  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 204 aa  92  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1293  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 213 aa  89.7  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5056  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 204 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5006  TetR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 204 aa  88.2  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4880  TetR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 204 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 206 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5798  putative transcriptional regulator  29.61 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66850  TetR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1581  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.223478 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1089  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 227 aa  79  0.00000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.485393  n/a   
 
 
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NC_010505  Mrad2831_5452  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.44369 
 
 
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NC_011138  MADE_01158  transcriptional regulator PhaD  35.09 
 
 		 221 aa  70.5  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.334041  n/a   
 
 
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NC_009511  Swit_4170  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 220 aa  66.6  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0130344  normal  0.052898 
 
 
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NC_013441  Gbro_1828  regulatory protein TetR  34.51 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.790266  n/a   
 
 
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NC_011981  Avi_7032  transcriptional regulator TetR family  30.11 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_4533  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.505005  normal  1 
 
 
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NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  46.3 
 
 		 206 aa  52  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
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NC_009664  Krad_2604  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 195 aa  51.6  0.000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013159  Svir_26800  transcriptional regulator  34.23 
 
 		 184 aa  51.2  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.463482  normal  0.288316 
 
 
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NC_013530  Xcel_3070  transcriptional regulator, TetR family  28.3 
 
 		 216 aa  51.2  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 191 aa  50.1  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
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NC_009767  Rcas_4215  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 269 aa  50.8  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.261755 
 
 
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NC_011721  PCC8801_4458  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 195 aa  50.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  33.77 
 
 		 200 aa  50.1  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
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NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 209 aa  50.1  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
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NC_013595  Sros_9308  putative transcriptional regulator, TetR family  46.94 
 
 		 231 aa  49.7  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0733541  normal  1 
 
 
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NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 205 aa  49.7  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 		 204 aa  49.7  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
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NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 195 aa  49.7  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
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NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 332 aa  49.3  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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