More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4170 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4170  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 220 aa  457  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0130344  normal  0.052898 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0204  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 191 aa  86.7  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4167  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 247 aa  86.3  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.884497  normal  0.10012 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0901  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 236 aa  85.9  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5119  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 221 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 221 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5169  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 221 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 221 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0205  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 208 aa  80.1  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.555741  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3529  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270662  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0349  transcriptional regulator, TetR family  26.7 
 
 		 237 aa  79.7  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4025  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 219 aa  79.3  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.300768 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  28.05 
 
 		 241 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2086  putative transcription regulator protein  27.05 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0551  transcriptional regulator, TetR family  27.05 
 
 		 220 aa  77.4  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0535  TetR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0588697 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3496  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 223 aa  77  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.591625 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 241 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5344  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0462  putative transcriptional regulator  26.79 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04820  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0825  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 222 aa  75.5  0.0000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5452  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 220 aa  75.5  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.44369 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2237  transcriptional regulator, TetR family  26.96 
 
 		 236 aa  74.3  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2030  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 238 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0233695  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1914  transcriptional regulator, TetR family  26.7 
 
 		 239 aa  72  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4186  TetR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 245 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1581  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 223 aa  70.9  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.223478 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3937  transcriptional regulator, TetR family protein  23.9 
 
 		 220 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.353211  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2735  TetR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 242 aa  68.9  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.329672  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1857  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1105  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 253 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1005  TetR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 244 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00128  TetR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1272  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 239 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492888  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0388  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 239 aa  67  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0761  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 239 aa  67  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1410  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 239 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0318904  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5600  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 252 aa  67  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1089  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 227 aa  67  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.485393  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 217 aa  67  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1037  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 239 aa  67  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397518  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2189  TetR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 251 aa  67  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1265  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 239 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2311  TetR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 251 aa  67  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287882  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0419  transcriptional reguator, TetR family  26.54 
 
 		 220 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2296  TetR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1661  TetR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2273  TetR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0843228  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0099  TetR family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  hitchhiker  0.000212753 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4757  regulatory protein, TetR  27.16 
 
 		 220 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0842681 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4798  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0108  TetR family transcriptional regulator  24 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002240  transcriptional regulator TetR family  24.24 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1491  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 209 aa  63.2  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3899  TetR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3991  TetR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0267  HTH-type transcriptional regulator, tetR-family  23.44 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4103  TetR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0350269  normal  0.346351 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4675  TetR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5798  putative transcriptional regulator  32.67 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5146  transcriptional regulator PhaD  31.53 
 
 		 204 aa  58.5  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5006  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5056  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0458  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66850  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4880  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0102  TetR family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.478027 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  20.69 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1293  TetR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 213 aa  56.6  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3900  TetR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.113348  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4729  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4479  TetR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.2045 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3571  TetR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.713371  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0103  TetR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 225 aa  54.7  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.462043 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4284  transcriptional regulator, TetR family  21.92 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000936887 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0059  TetR family transcriptional regulator  21.92 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273669  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4339  TetR family transcriptional regulator  21.92 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2204  putative transcriptional regulator  24.22 
 
 		 212 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25800  TetR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 212 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.2464 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0955  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0527  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 204 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0603321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0066  TetR family transcriptional regulator  21.12 
 
 		 215 aa  53.5  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000605842  hitchhiker  0.0000133916 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1657  regulatory protein, TetR  24.84 
 
 		 220 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.184352 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4148  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190862  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0214  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 218 aa  52.8  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705047  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3822  transcriptional regulator, TetR family  24.84 
 
 		 219 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.526815  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1288  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 215 aa  52.8  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0315957  hitchhiker  0.00536276 
 
 
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NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1638  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 206 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.181149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3792  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 211 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.161831 
 
 
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NC_002947  PP_1968  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 211 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000902359 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6709  TetR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 230 aa  52  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.408759  normal  0.497229 
 
 
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NC_010322  PputGB1_1499  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 211 aa  51.6  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.508077  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_8864  transcriptional regulator, TetR family  27.7 
 
 		 202 aa  50.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 215 aa  51.2  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010501  PputW619_1534  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.114781  normal  0.468022 
 
 
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NC_008740  Maqu_1734  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 207 aa  51.2  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0246488  n/a   
 
 
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