224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4025 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_4025  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 219 aa  451  1.0000000000000001e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.300768 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3529  TetR family transcriptional regulator  90.74 
 
 		 220 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270662  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3496  TetR family transcriptional regulator  86.76 
 
 		 223 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.591625 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0825  TetR family transcriptional regulator  81.48 
 
 		 222 aa  362  3e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0349  transcriptional regulator, TetR family  71.3 
 
 		 237 aa  324  6e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0551  transcriptional regulator, TetR family  68.18 
 
 		 220 aa  304  6e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0535  TetR family transcriptional regulator  68.66 
 
 		 217 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0588697 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4167  TetR family transcriptional regulator  67.77 
 
 		 247 aa  301  3.0000000000000004e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.884497  normal  0.10012 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1581  TetR family transcriptional regulator  54.59 
 
 		 223 aa  223  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.223478 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1410  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 239 aa  190  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0318904  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1037  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 239 aa  190  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397518  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0761  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 239 aa  190  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1265  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 239 aa  190  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1272  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 239 aa  190  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492888  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0388  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 239 aa  190  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1005  TetR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 244 aa  187  8e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5600  TetR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 252 aa  186  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1661  TetR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 252 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2273  TetR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 252 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0843228  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2296  TetR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 252 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1857  TetR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 239 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2311  TetR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 251 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287882  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  40.93 
 
 		 241 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1105  TetR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 253 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2189  TetR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 251 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 241 aa  185  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2030  TetR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 238 aa  184  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0233695  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2086  putative transcription regulator protein  43.56 
 
 		 231 aa  182  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 235 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0901  TetR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 236 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2237  transcriptional regulator, TetR family  41.58 
 
 		 236 aa  177  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1914  transcriptional regulator, TetR family  39.56 
 
 		 239 aa  176  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1491  TetR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 209 aa  152  4e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4798  transcriptional regulator, TetR family  37.68 
 
 		 211 aa  131  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4880  TetR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 204 aa  124  9e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5119  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 221 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 221 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5344  TetR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 223 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 221 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5169  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 221 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0458  TetR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 204 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5006  TetR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 204 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5056  TetR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 204 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4186  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 206 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0462  putative transcriptional regulator  35.61 
 
 		 215 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04820  TetR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 215 aa  115  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4757  regulatory protein, TetR  32.24 
 
 		 220 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0842681 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4103  TetR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 215 aa  112  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0350269  normal  0.346351 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5146  transcriptional regulator PhaD  32.47 
 
 		 204 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3571  TetR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 227 aa  111  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.713371  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0527  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 204 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0603321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3899  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 215 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3991  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 215 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66850  TetR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5798  putative transcriptional regulator  32.08 
 
 		 205 aa  109  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0267  HTH-type transcriptional regulator, tetR-family  28.84 
 
 		 214 aa  109  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4675  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 215 aa  108  6e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0419  transcriptional reguator, TetR family  31.16 
 
 		 220 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3937  transcriptional regulator, TetR family protein  29.83 
 
 		 220 aa  105  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.353211  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0099  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  hitchhiker  0.000212753 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0108  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 213 aa  102  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0103  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 225 aa  102  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.462043 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0214  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 218 aa  100  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705047  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0066  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 215 aa  101  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000605842  hitchhiker  0.0000133916 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 217 aa  99  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3900  TetR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 215 aa  98.6  6e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.113348  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4479  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 215 aa  97.4  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.2045 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0102  TetR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 218 aa  97.8  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.478027 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4339  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 215 aa  97.1  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4284  transcriptional regulator, TetR family  25.97 
 
 		 215 aa  97.1  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000936887 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0059  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 215 aa  97.1  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273669  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00128  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 211 aa  94  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3614  regulatory protein, TetR  29.38 
 
 		 215 aa  91.3  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0129268  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002240  transcriptional regulator TetR family  25.77 
 
 		 211 aa  91.3  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2735  TetR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 242 aa  86.7  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.329672  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0204  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 191 aa  82  0.000000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4170  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 220 aa  79.3  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0130344  normal  0.052898 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01158  transcriptional regulator PhaD  32.58 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.334041  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1293  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 213 aa  75.9  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313328  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0205  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 208 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.555741  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1089  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 227 aa  70.1  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.485393  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5452  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 220 aa  68.6  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.44369 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1638  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 206 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.181149  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1968  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 211 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000902359 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3792  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 211 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.161831 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 194 aa  52.4  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3822  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 219 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.526815  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_1657  regulatory protein, TetR  36 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.184352 
 
 
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NC_007492  Pfl01_4148  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190862  normal  1 
 
 
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NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 192 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
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NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 206 aa  51.6  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
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NC_013595  Sros_5376  putative transcriptional regulator, TetR family  35.23 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0545475 
 
 
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NC_013739  Cwoe_4876  transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217727  normal  1 
 
 
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NC_010501  PputW619_1534  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 211 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.114781  normal  0.468022 
 
 
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NC_008463  PA14_25800  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 212 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.2464 
 
 
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NC_010322  PputGB1_1499  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 211 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.508077  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_2204  putative transcriptional regulator  34.67 
 
 		 212 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
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NC_013037  Dfer_0117  transcriptional regulator, TetR family  27.87 
 
 		 208 aa  49.3  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.712391  normal  1 
 
 
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NC_011830  Dhaf_1960  transcriptional regulator, TetR family  24.88 
 
 		 199 aa  48.9  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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