More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3259 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 219 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0707  TetR family transcriptional regulator  96.35 
 
 		 219 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  80.57 
 
 		 211 aa  350  8e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  61.43 
 
 		 211 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  61.43 
 
 		 211 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  61.43 
 
 		 211 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  61.43 
 
 		 211 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  61.43 
 
 		 211 aa  255  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  61.43 
 
 		 211 aa  255  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  61.43 
 
 		 211 aa  255  3e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  60.95 
 
 		 211 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  58.17 
 
 		 261 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  57.69 
 
 		 234 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  57.69 
 
 		 234 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  57.69 
 
 		 213 aa  231  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  57.21 
 
 		 213 aa  229  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  57.21 
 
 		 213 aa  229  3e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 213 aa  228  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3587  TetR family transcriptional regulator  52.09 
 
 		 242 aa  221  7e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3439  TetR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  50.95 
 
 		 219 aa  205  6e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  49.52 
 
 		 210 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  48.33 
 
 		 223 aa  200  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  47.85 
 
 		 223 aa  198  5e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3714  TetR family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 212 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  47.85 
 
 		 223 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  48.08 
 
 		 219 aa  192  5e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  43.54 
 
 		 227 aa  179  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 210 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 210 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  42.58 
 
 		 216 aa  172  5e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 210 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 210 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  43.33 
 
 		 215 aa  166  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 215 aa  166  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  43.33 
 
 		 215 aa  166  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  43.33 
 
 		 215 aa  166  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  43.33 
 
 		 215 aa  166  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  43.33 
 
 		 215 aa  166  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  43.33 
 
 		 215 aa  166  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  43.33 
 
 		 215 aa  166  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  43.33 
 
 		 215 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  41.78 
 
 		 217 aa  164  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  41.15 
 
 		 212 aa  160  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  41.4 
 
 		 218 aa  160  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  42.11 
 
 		 217 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  42.11 
 
 		 217 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  42.11 
 
 		 217 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  42.11 
 
 		 217 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  41.4 
 
 		 218 aa  160  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  41.4 
 
 		 218 aa  160  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  42.11 
 
 		 217 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  42.33 
 
 		 213 aa  157  8e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  41.4 
 
 		 213 aa  156  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 216 aa  153  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0319  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 206 aa  142  6e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2888  TetR family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.465905  normal  0.0499957 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0502  TetR family transcriptional regulator  41.62 
 
 		 221 aa  136  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2034  TetR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 228 aa  135  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743283  decreased coverage  0.000716409 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 206 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1569  putative transcriptional regulator  36.32 
 
 		 212 aa  131  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18080  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 212 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0390  TetR family transcriptional regulator  52.31 
 
 		 230 aa  128  6e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 205 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0290  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 209 aa  125  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.547414  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0304  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 209 aa  125  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661097  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 238 aa  124  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0324  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 203 aa  123  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.720161 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4830  transcriptional regulator, TetR family  41.8 
 
 		 226 aa  121  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38380  putative transcriptional regulator  36.49 
 
 		 210 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0126427 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10080  Transcriptional regulator, TetR family  33.83 
 
 		 217 aa  119  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.530554  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1196  TetR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 235 aa  118  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0270816  normal  0.528782 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  30.62 
 
 		 215 aa  117  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1594  TetR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 210 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000148614  unclonable  0.000000209189 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3469  transcriptional regulator, TetR family  37.77 
 
 		 219 aa  116  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.930137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3715  TetR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 208 aa  115  3.9999999999999997e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3493  TetR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 211 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729173  normal  0.75311 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2446  regulator AmrR  35.07 
 
 		 209 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584689  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2056  TetR family regulatory protein  35.35 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.273802  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1902  multidrug efflux operon transciptional regulator AmrR  35.35 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00105547  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0842  regulator AmrR  35.35 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.063166  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1888  multidrug efflux operon transciptional regulator AmrR  35.35 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.103015  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0318  TetR family regulatory protein  35.35 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0868367  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1663  regulator AmrR  35.35 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.211549  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2159  TetR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 205 aa  112  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0374  TetR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 215 aa  111  8.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.120665  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 222 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4766  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 215 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1597  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 215 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.703325  normal  0.531377 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1621  TetR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 215 aa  106  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 202 aa  104  9e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 207 aa  104  9e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1362  TetR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 211 aa  103  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1141  TetR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.412477  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1519  TetR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1617  TetR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.223446  normal  0.0770376 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1542  TetR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 215 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1410  TetR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 228 aa  96.3  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.398203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  32.54 
 
 		 220 aa  95.1  7e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  32.54 
 
 		 220 aa  94  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>